Liste des posters 2022
Cliquez sur l’icône pour visualiser le résumé du poster.
► Les posters seront exposés pendant toute la durée du congrès du lundi 12 décembre 8h30 au mardi 13 décembre 17h00. Aucun poster ne sera renvoyé, les posters non récupérés seront détruits.

► L’ensemble du comité d’organisation et du comité de programme a décidé de valoriser les posters en proposant chaque jour une séance spécifique de visite des posters. Pendant cette séance programmée de 14h00 à 15h00, il est demandé aux présentateurs de se tenir devant leur poster le jour correspondant à la visite de leur session pour présenter au jury leur travail en une minute et répondre aux éventuelles questions.
A l'issue des 2 sessions, les membres du jury procèderons à la sélection des Prix Posters qui seront remis lors de la Session de Remise des Prix le mardi 13 décembre de 15h45 à 16h15. Les lauréats se verront attribuer un montant de 750 euros.
- Lundi 12 décembre 14h00-15h00 : Séance de visite de posters des sessions PA-01 à PA-10 : c'est à dire du poster P-001 au poster P-143
- Mardi 13 décembre 14h00-15h00 : Séance de visite de posters des sessions PA-11 à PA-23 : c'est à dire du poster P-144 au poster P-266.
► Afin de faciliter la lecture des posters, les dimensions suivantes sont conseillées : 80 cm de large sur 100 à 120 cm de haut.
 Le matériel de fixation sera fourni sur place.

   Prix Posters du public

Nouveauté cette année, l’ACAI crée les Prix posters du public.
Son fonctionnement est très simple : consultez dès à présent les pdf des posters mis en ligne sur cette plateforme ou l’application smartphone du congrès (disponible prochainement).
Dès le lundi 12 décembre, rendez-vous sur l’espace Posters du congrès afin de consulter les posters affichés et de discuter avec leurs auteurs.
Allez ensuite sur l’application du congrès, créez votre Profil puis, dans la rubrique Posters, « Likez » vos 2 posters préférés (fin du vote mardi 13/12 à 15h00).
Le jury du prix posters se réunira mardi 13 décembre à 15h00 afin de délibérer sur les 2 meilleurs posters.
Si votre choix est le même que celui du jury, vous participerez au tirage au sort et remporterez peut-être une inscription gratuite pour le prochain congrès de la RICAI. Les gagnants seront annoncés lors de la séance de remise des prix mardi 13/12 à 15h45 en salle Bordeaux.

Objectif - Introduction
Of note, few studies have focused on the efficacity of mecillinam against carbapenem resistant Enterobacterales (CRE), despite they mostly cause urinary tract infections.
We evaluate mecillinam susceptibility on a huge collection of CRE including carbapenemase producers (CPE) and non-CPE (ESBL and AmpC producers with decreased outer-membrane permeability)
 

Materiels
A total of 8,310 non-duplicate clinical CRE, including 4042 OXA-48-like-, 1094 NDM-, 411 VIM-, 174 KPC-, 42 IMI-producers, 153 multiple carbapenemase producer and 45 isolates producing other types of carbapenemases (IMP, GES-5, …) were included in the study. Whole genome sequencing was performed on all CPE using Illumina technology. Susceptibility categorization to mecillinam was determined by disk diffusion (mecillinam disks at 10 mg, I2A, France) according to EUCAST recommendations. The results were interpreted according to the EUCAST guidelines (S ≥ 15 mm).
 

Resultats
Significantly higher susceptibility rates were observed for carbapenem-resistant (CR)-Proteus spp. (85%) and CR-E. coli (84%), which are the two most common species responsible for urinary tract infections (UTIs), than for Klebsiella pneumoniae (67%), E. cloacae complex (75%), Citrobacter spp. (65%), Serratia spp. (34%) and M. morganii (12%). Susceptibility rates were of 84%, 71% and 91% for OXA-48-like-, NDM-, and IMI-producers and 70% for CRE non-CPE. Mecillinam was less active on VIM- and KPC-producers (14% and 0%, respectively).
 

Conclusion
Mecillinam might be an alternative for the treatment of infections due to carbapenem resistant Enterobacterales , particularly UTIs, except for VIM- and KPC-producers and for M. morganii, Serratia spp species.
 

Mots cles
Mecillinam, carbapenemase, urinary tract infection
 

Objectif - Introduction
Les performances d’identification à l’espèce du nouveau système de spectrométrie de masse VITEK®MS PRIME (VMS-P) ont été comparées à celles du MALDI Biotyper® microflex-LT (MBT) en place dans notre laboratoire depuis 11 ans.

Materiels
La répétabilité de chaque système MALDI-TOF a été évaluée en utilisant 16 souches de référence (14 bactéries et 2 levures). Cultivées sur 20 milieux gélosés différents, chaque souche a été spottée 10 fois sur une cible VMS-P et 10 fois sur une cible MBT. Des isolats cliniques bactériens et fongiques ont été identifiées par les deux systèmes via un spot unique sur chaque cible dédiée. Ces isolats correspondaient à: i) des colonies de bactéries cultivées 24/48h, ii) des colonies de levures cultivées 48h et iii) des micro-colonies cultivées 3/4 h sur gélose au sang à partir d’un flacon d’hémoculture positif. Aucun prétraitement ou extraction n’a été effectué sur ces micro-colonies. Les résultats des identifications fournies par les deux systèmes ont été comparés sur Excel software.

Resultats
Pour la répétabilité, 1 190 spots ont été analysés par chaque système. Une identification correcte à l’espèce a été obtenue pour 94,0 % (MBT) et 98,4 % (VMS-P ; p<0,01) des spots. Sur 1 432 isolats cliniques, 84,7 % (MBT) et 88,1 % (VMS-P ; p = 0,01) ont conduit à une identification incluant respectivement 124 et 123 taxons différents. Pour un même isolat, quand une identification était fournie conjointement par les deux systèmes, la concordance entre les deux identifications était de 97,9 %. Pour chaque système le taux d’échec technique était similaire et inférieur à 4 % des isolats analysés. Une identification avec un haut degré de confiance a été obtenue pour 65,4 % (MBT) et 84,4 % (VMS-P ; p<0,01) des isolats cliniques. Une identification des isolats à partir de micro-colonies issues d’hémoculture, a été obtenue pour 55,5 % (MBT) et 70,2 % (VMS-P ; p=0,01). La procédure CE-IVD a fourni une identification pour 58 % (MBT) et 100 % (VMS-P ; p<0,01) des isolats.

Conclusion
Pour une utilisation de routine quotidienne, le MBT et le VMS-P ont montré des performances similaires. Cependant, il a été observé avec le VMS-P : i) une meilleure répétabilité, ii) des valeurs de confiance plus élevées, et iii) une plus grande capacité à identifier les micro-colonies d'hémocultures, en particulier les bactéries Gram-positives.

Mots cles
VITEK®MS PRIME, MALDI Biotyper® microflex-LT

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Cefiderocol, Enterobacterales, Pseudomonaceae, Antibiorésistance

Tableau 1.

Détermination des performances diagnostiques des différentes techniques de détermination de la sensibilité au Céfidérocol.

Objectif - Introduction
Un haut niveau de résistance aux aminosides (AG) (HNRA) est défini par une CMI≥256 mg/L à l’amikacine, la tobramycine et la gentamicine et a été fréquemment associé à une multirésistance notamment chez P. aeruginosa (Pa).
L’objectif de ce travail est d’évaluer l’activité de 16 antibiotiques, incluant de nouvelles bêta-lactamines, la plazomicine, l’apramycine, la colistine et la fosfomycine sur une collection d’isolats de Pa à HNRA.

Materiels
Entre 2011 et 2021, 119 isolats uniques de Pa présentant un HNRA ont été caractérisés au laboratoire du GH Saint-Louis/Lariboisière. Le phénotype HNRA a été confirmé par des CMI à l’amikacine, la tobramycine et la gentamicine déterminées par Etest (bioMérieux). Les CMI à 16 antibiotiques ont été mesurées par microdilution en milieu liquide (Sensititre, Thermo Fisher Scientific) et la CMI de la plazomicine a été mesurée par Etest (Liofilchem) pour les 92 souches non productrices de méthylases. Les résultats ont été interprétés selon les règles du CA-SFM 2022 V.1.0.

Resultats
Au total, 73/119 (61,3%) isolats étaient définis comme «difficile à traiter». Les CMI₅₀ à la pipéracilline-tazobactam, la ceftazidime et l’aztréonam étaient ≥64 mg/L. Les CMI₅₀ du ceftazidime-avibactam (CZA), ceftolozane-tazobactam (CZT) et céfidérocol (FDC) étaient de 16mg/L, ≥16mg/L et 0,5 mg/L respectivement. L’imipénème, l’imipénème-relebactam, le méropénème et le méropénème-vaborbactam avait des CMI₅₀ de ≥16mg/L, 4mg/L, ≥32mg/L et 16mg/L, respectivement. La plazomicine et l’apramycine avaient des CMI₅₀/CMI₉₀ de 16/32 mg/L.
Une résistance à CZA, CZT, et FDC était observée pour 67 (56,7%), 85 (72%) et 2 (1,7%) des HNRA Pa. Aucune souche n’était résistante à la colistine mais on observait une résistance pour 118 (99,2%) et 63 (52,9%) des isolats HNRA à la ciprofloxacine et la fosfomycine. Il n’existe pas de concentrations critiques [c] établies à l’apramycine pour Pa mais 106 (89%) des isolats avaient une CMI≤16mg/L ([c] proposée pour les entérobactéries par le CASFM vétérinaire).

Conclusion
Notre étude rapporte de nombreuses co-résistances chez les Pa HNRA mais le céfidérocol et la colistine gardent une activité sur plus de 95% des souches. L’activité de l’apramycine paraît intéressante car cette molécule pourrait être active sur les souches productrices de méthylases contrairement à la plazomicine.

Mots cles
Pseudomonas aeruginosa, aminoside, multirésistance

Objectif - Introduction
L'isolement de souches d’H. influenzae résistantes aux céphalosporines de 3ème génération (C3G-R) est de plus en plus rapporté dans le monde, compliquant la prise en charge thérapeutique des patients infectés. L’objectif de ce travail était de décrire la prévalence des souches d’H. influenzae C3G-R responsables d’infections respiratoires au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse (CNGMO).

Materiels
Il s’agissait d’une étude rétrospective descriptive ayant inclus toutes les souches non répétitives d’H. influenzae isolées dans les prélèvements respiratoires des patients suivis au CNGMO entre janvier 2016 et décembre 2020. Une souche répétitive a été définie par une souche isolée chez le même patient avec un même profil à l’antibiogramme à moins de 30 jours d’intervalle. L’identification bactérienne a été faite par le système Api NH (Biomérieux). L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée selon les normes du CA-SFM, actualisées chaque année. La concentration minimale inhibitrice (CMI) du céfotaxime a été déterminée par la bandelette E-test® pour les souches résistantes à l’amoxicilline-acide clavulanique.

Resultats
Durant la période d’étude, 235 examens cyto-bactériologiques de crachats étaient revenus positifs à H. influenzae parmi 437 prélèvements positifs, soit une prévalence de 53,8%. Cette prévalence avait une tendance significative à la hausse en fonction des années, passant de 50% en 2016 et 2017 à 76% en 2020 (p=0,03). Les taux de résistances aux β-lactamines étaient de 53,6% pour l’ampicilline, 31,8% pour l’amoxicilline-acide clavulanique et de 4,3% pour le céfotaxime. Les 10 souches C3G-R avaient une CMI50 de 0,25mg/L et une CMI90 de 0,75 mg/L [0,19-1mg/L]. En dehors de 3 souches C3G-R isolées en 2016 (4,7%), la résistance au céfotaxime avait une tendance significative à la hausse entre 2017 (0%) et 2020 (12,5%) (p=0,01). Les taux de résistance aux fluoroquinolones étaient de 9,7% pour l’ofloxcine, 8,5% pour la ciprofloxacine et de 7,6% pour la lévofloxacine. Les taux de résistances associées étaient faibles pour la tétracycline (3,4%) et la rifampicine (1,7%) et élevé pour le cotrimoxazole (52,3%).

Conclusion
La prévalence d’H. influenzae était élevée dans les infections respiratoires bactériennes diagnostiquées au CNGMO avec isolement de plus en plus fréquent de souches C3G-R, imposant un meilleur usage des antibiotiques.

Mots cles
Haemophilus influenzae, résistance aux C3G

Objectif - Introduction


Materiels

• Etude rétrospective, multicentrique (3 centres), entre le 01/01/2016 et le 31/07/2022
• Inclusion des souches d’Enterobacterales testées pour la temocilline par la méthode des disques : une souche par patient et par an de même profil de résistance
• Interprétation avec les diamètres critique de 20mm (CA-SFM/EUCAST 2020) et 17mm (CA-SFM/EUCAST 2021 v2).

Resultats

• de 10,8% à 4,2% (soit -61,2%) chez E. coli
• de 14,1% à 7,5% (soit -46,7%) chez K. pneumoniae
• de 20,0% à 11,0% (soit -45,2%) chez E. cloacae complex
• de 3,6% à 1,2% (soit -67,8%) chez P. mirabilis

Le pourcentage de résistance à la temocilline devient inférieur à 10% pour toutes les espèces sauf C. freundii et E. cloacae complex.

La distribution des diamètres d’inhibition semble montrer une sous-représentation des souches ayant un diamètre de 18 et 19 mm (figure 1).

Conclusion

 

Mots cles
Temocilline, diamètre critique, Negaban

Figure 1. Taux de résistance à la temocilline avec les diamètres critiques de 17 et 20 mm

Objectif - Introduction
Etudier la concordance entre les résultats de l'interprétation du système VITEK2 Advanced Expert System (AES) en cas de phénotype mixte au choix et ceux de la méthode phénotypique MASTDICS Combi AmpC, ESBL & Carbapenemase detection set D72C chez les entérobactéries catégorisées SFP ou R par l'automate à au moins l'une des céphalosporines de 3^ème génération (C3G) suivantes : ceftriaxone, cefotaxime et ceftazidime

Materiels
Etude prospective entre janvier et août 2022 et comparaison du ou des phénotypes proposés avec les résultats de la méthode phénotypique en disques pour les entérobactéries catégorisées SFP ou R par aux C3G.

Resultats
485 isolats testés.
Chez E. cloacae complex (ECC) (n=140) :

• Phénotype BLSE/CEPHALOSPORINASE HN (n=97) : 54 BLSE détectées (55.7 %).
• Phénotype CEPHALOSPORINASE HN (n=25) : aucune BLSE détectée.
• Phénotype BLSE (dont CTX-M LIKE) (n=15) : 9 BLSE détectées (69.2 %).

Chez E. coli (EC) (n=103) :

• Phénotype BLSE/HYPERPRODUCTION SHV-1 (n=72) : aucune BLSE détecté si CMI CEFOXITINE > 8 mg/L (n=64). Une BLSE a été détectée chez un seul des 8 isolats CEFOXITINE-S (12,5 %).
• Phénotype BLSE/CEPHALOSPORINASE HN (n=17) : 4 BLSE détectées (23.5 %).
• Phénotype HYPERPRODUCTION SHV-1 (et/ou OXA-1) (n=13) : aucune BLSE détectée.

Chez C. freundii complex (n=71) :

• Phénotype BLSE/CEPHALOSPORINASE HN (n=42) : 7 BLSE détectées (16.7 %).
• Phénotype BLSE (n=21) : 13 BLSE détectées (61.9 %).
• Phénotype CEPHALOSPORINASE HN (n=6) : aucune BLSE détectée.

Chez K. aerogenes (KA) (n=50) :

• Phénotype BLSE/CEPHALOSPORINASE HN (n=47) : 1 BLSE détectée (2.1 %).

Chez Klebsiella oxytoca (KO) (n=42) :

• Phénotype PENICILLINASE NATUREL À HAUT NIVEAU (K1) (n=19) : aucune BLSE détectée..

Chez Klebsiella pneumoniae (n=37) :

• Phénotype CÉPHALOSPORINASE ACQUISE (SAUF ACC-1) ou BLSE - IMPERMÉABILITÉ (CÉPHAMYCINES) (n=27) : 3 BLSE détectées (11.1 %).

Conclusion
Le laboratoire a revu ses modalités de validation des antibiogrammes avec une validation du mécanisme de résistance proposé par l’AES sans confirmation phénotypique pour les couples taxon/phénotype AES suivants :

• ECC / CEPHALOSPORINASE HN ;
• EC Cefoxitine-R / BLSE-HYPERPRODUCTION SHV-1 (rendu SHV-1) ;
• EC / HYPERPRODUCTION SHV-1 (et/ou OXA-1) ;
• KO / PENICILLINASE NATUREL À HAUT NIVEAU (K1).

Ces nouvelles modalités de validation permettent d’améliorer de 24 heures le délai de rendu définitif de l’antibiogramme.

Mots cles
BLSE, AMPc, AES, méthode phénotypique, résistance

Objectif - Introduction
La mise à disposition d’outils simples d’utilisation pour la caractérisation des mécanismes responsables de la résistance des Enterobacterales aux céphalosporines de 3ème génération (C3G) et aux carbapénèmes, est un enjeu majeur afin d’optimiser la prise en charge thérapeutique et la mise en place des mesures d’hygiène nécessaires. Dans ce contexte nous avons évalué les performances du test D72C MAST® pour la détection de Céphalosporinase hyperproduite (AmpC), de β-lactamases à spectre étendu (BLSE) et de Carbapénémases chez les Enterobacterales.

Materiels
Le test D72C MAST® a été évalué sur une collection de 102 souches d’Enterobacterales produisant différents mécanismes de résistance (BLSE (39), Ampc (45), Carbapénémase (17), autres β-Lactamases (17)) préalablement déterminés par séquençage Illumina et analyse à l’aide des bases de données CARD et Resfinder.
Ce test repose sur un antibiogramme par diffusion composé d’un ensemble de 6 disques combinés :
-Disque A : Cefpodoxime (CFP) 10µg
-Disque B : CFP + inhibiteur BLSE (IB)
-Disque C : CFP + inhibiteur AmpC (IA)
-Disque D : CFP + IB + IA
-Disque E : CFP +IB + inducteur AmpC
-Disque F : Carbapénème
 
L’interprétation est réalisée à partir des diamètres mesurés pour les différents disques à l’aide d’un calculateur fourni par le fabricant.

Resultats
Les sensibilité et spécificité du test pour la détection des mécanismes de résistances étaient respectivement de :
-71.1% et 98.2% pour les AmpC,
-74.4% et 93.7% pour les BLSE.
Pour la détection des Carbapénémases la sensibilité était de 88.2%. L’algorithme n’affirme pas la production de Carbapénémases mais suggère la réalisation de tests complémentaires, la spécificité n’a donc pas pu être calculée.
L’algorithme recommandait la réalisation de tests complémentaires pour 26.5% des souches. Parmi elles, toutes les souches productrices de BLSE étaient correctement détectées.
Seuls 5 faux positifs ont été détectés (BLSE (4), AmpC (1))

Conclusion
Notre étude confirme l’intérêt du test D72C MAST® pour la détection des principales β-Lactamases retrouvées chez les Enterobacterales. L’utilisation de tests complémentaires notamment pour la détection de Carbapénémases peut rester nécessaire, en particulier pour les souches produisant plusieurs β-Lactamases.

Mots cles
Enterobacterales, résistance, D72C, AmpC, BLSE, Carbapénémase.

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
cystite, Escherichia coli, fosfomycine

Objectif - Introduction
La fosfomycine est un antibiotique majeur dans le traitement des infections urinaires et la lutte contre l’antibiorésistance. Son niveau de résistance vis-à-vis de Escherichia coli reste faible (Rapport Primo 2021 PACA < 2,9%). Le CASFM 2021 a modifié les CMI critiques la catégorisant (8 mg/L contre 32 mg/L en 2020). La gamme de CMI de la carte Vitek®2 AST-N372 ne permet pas d’obtenir un résultat inférieur à 16 mg/L (CMI calculée). La crise sanitaire a retardé la mise à jour des réactifs fournisseurs ainsi que durement impacté l’organisation des laboratoires (LABM) rendant l’association de 2 techniques pour la réalisation d’un antibiogramme (ATB) difficilement applicable à grande échelle. Le risque consécutif est l’absence de son rendu dans les ATB urinaires. Notre objectif était d’évaluer le % de discordances catégorielles majeures (DM) et très majeures (DTM) entre techniques Vitek® et diffusion sur le couple E.coli/fosfomycine orale.

 

Materiels
L’étude a été menée en juillet 2022 (objectif de 200 souches de E.coli issues d’ECBU) selon un recrutement fait au hasard chaque jour à partir de milieu CPSE® monomicrobien. La technique diffusion a été réalisée à partir des boites de pureté associées à chaque ATB Vitek®. Les données brutes ont été traduites en concordance, DM et DTM et les images des diamètres tracées.
Les % maximum de DM et de DTM attendus étaient respectivement de 5 et 1% (méthode Quamic 2019)

 

Resultats
Les DM et DTM étaient respectivement de 2 % (Cf. tableau 1 ).
Les 2 DM étaient liées à une lecture difficile (diamètre proche de 24 mm, cf. Image 1). Deux cercles autour de l'antibiotique suggèraient la présence de 2 souches pour 1 DTM.
Les 2 patients concernés par les DTM étaient un sujet masculin pour lequel la fosfomycine est masqué (ATB ciblé) et une jeune femme sujette à des cystites à répétition.
 

Conclusion
Les % de discordances sont acceptables, permettant au LABM de rendre la fosfomycine à partir de la technique Vitek® en attendant la mise à jour des réactifs. Les DM résultent d’une incertitude de mesure sur des valeurs seuils (baisse des CMI à 8 mg/L sans modification associée des diamètres critiques). Disposer de la fosfomycine sur l’ATB urinaire de la femme est un impératif majeur issu de la balance entre exigences techniques et service médical rendu, et objectivé par un compte rendu interprétatif.

Mots cles
fosfomycine, résistance, infections urinaires
 

Tableau et figure 1 : Etude des concordances catégorielles et distribution des diamètres

Objectif - Introduction
The difficulties of testing the sensitivity to colistin are linked to several factors: low diffusion in agar, cationic properties, existence of hetero-resistant strains and a reference method, micro-dilutions in liquid medium, difficult to use in routine. The aim of this study is to evaluate several phenotypic tests compared to the reference method, in order to specify their performance.

Materiels
The study involved 107 clinical strains of various species including 48 K. pneumoniae, 14 E. coli, 2 E. cloacae, 25 P. aeruginosa and 18 A. baumannii. The minimum inhibitory concentration of colistin was determined by the method of micro-dilutions in liquid medium (MIC umic). COL-APSE medium, selective for colistin resistance, the mic disk diffusion method with EDTA, the “RapidPolymyxin NP test” and Colispot, were used in the same time. The results obtained were compared with the MIC values ??(gold standard). The detection of the mcr1 genes was carried out by PCR

Resultats
Forty-three strains were resistant to colistin with extreme values ??ranging from 4 to 64 mg / l [34K. pneumoniae, 4E. coli and 5P. aeruginosa]. The mcr-1 gene was found in 3 strains of E. coli. The sensitivity and specificity of the different methods used increased the performance of Colispot and of the “RapidPolymyxin NP test”. However, the latter is not applicable for non-fermenting Gram-negative bacilli (GNB).

Conclusion
This study showed  the reliability of Colispot for the detection of  colistin resistance to in GNBs. This easy-to-apply, inexpensive method that does not require specific equipment, can be used routinely for the screening of colistin resistant GNB strains.

Mots cles
Colistine resistance, mcr-1, Colispot,  Gram-negative bacilli

Objectif - Introduction
L’émergence de bactéries Gram-négatives multirésistantes à l’origine d’infections nosocomiales est un problème croissant dans le monde entier. Les options thérapeutiques limitées ont conduit à une utilisation clinique accrue de la Colistine et de ses tests de détermination de CMI associés. Toutefois, actuellement, peu de méthodes disponibles sont fiables liées aux problèmes de diffusion de la molécule dans les milieux gélosés, à ses interférences avec les cations et son adhérence au plastique. De ce fait, l’EUCAST/CASFM recommande uniquement la méthode de micro-dilution en milieu liquide (BMD) pour déterminer la CMI à la Colistine. L’objectif de cette étude est d’évaluer la reproductibilité de cette méthode BMD. 

Materiels
152 souches comprenant 84 Enterobacterales, 39 Pseudomonas aeruginosa et 29 Acinetobacter baumannii ont été testées sur 5 lots de BMD fabriqués à partir des mêmes matières premières. Les résultats ont été analysés en terme de taux de concordance en CMI (EA) entre chaque lot de BMD.

Resultats
Après validation de la fabrication des lots de BMD par les souches contrôle qualité définies  par l’EUCAST/CASFM, les résultats EA à ± 1 dilution, entre les différents lots de BMD, n’atteignent majoritairement pas >=95% de concordance (72,4% à 100% selon les groupes de germe). Ces résultats démontrent ainsi une faible reproductibilité de la méthode de BMD. Cette variabilité de résultats engendre également des changements de catégorisation des souches selon les concentrations critiques EUCAST/CASFM 2022.

Conclusion
Bien que la BMD soit l’unique méthode recommandée par l’EUCAST/CASFM, cette étude montre la médiocre reproductibilité obtenue pour cette méthode de référence. Cette étude démontre également toute la difficulté à développer des tests de détermination de CMI à la Colistine.

Mots cles
colistine
BMD
reproductibilité

Objectif - Introduction
Les recommandations actuelles placent les fluoroquinolones (FQ) en première ligne dans le traitement des infections urinaires (IU) masculines. Cependant, les FQ actuellement utilisées ont une activité limitée sur les entérocoques alors qu’ils sont responsables de 5 à 20% de ces infections. Une nouvelle FQ anionique plus active, la délafloxacine (DLX), a récemment été commercialisée et pourrait avoir un intérêt dans la prise en charge des IU masculines à entérocoques. L’objectif de ce travail a donc été d’étudier l’activité in vitro de la DLX sur une collection de souches d’entérocoques responsables d’IU masculines.

Materiels
Un total de 110 entérocoques à l’origine d’IU masculines a été collecté entre janvier et décembre 2021, comprenant 83 souches isolées au CHU de Rennes et 27 reçues au CNR des Entérocoques. La collection incluait 86 souches d’Enterococcus faecalis (78 %) et 24 souches d’Enterococcus faecium (22 %). Le disque de 10 µg de norfloxacine (NFX) a été utilisé pour le dépistage de la résistance aux FQ. Les CMI de la DLX et comparateurs (lévofloxacine [LVX], moxifloxacine [MXF]) ont été déterminées par microdilution en milieu liquide selon les recommandations d’EUCAST. Les CMB ont également été déterminées par dénombrement sur milieu gélosé (-3 Log10 de l’inoculum initial).

Resultats
Pour E. faecalis, 74 souches sensibles (86 %) et 12 souches résistantes (14%) à la NFX alors que toutes les souches d’E. faecium y étaient résistantes. Sur E. faecalis, la DLX montrait des CMI50 et CMI90 de 0,125 et 0,5 mg/L, soit une activité au moins 8 et 2 fois supérieure à celle de la LVX et de la MXF, respectivement (Tableau 1). Sur les souches NFX-résistantes, les CMI50 et CMI90 de la DLX étaient plus élevées (1 et 2 mg/L) mais significativement plus basses que celles de la LVX (>8 mg/L) et de la MXF (8 mg/L). Les CMB étaient en général 2 à 4 fois plus élevées que les CMI. Sur E. faecium, les CMI50/CMI90 et CMB50/CMB90 des 3 FQ testées, y compris la DLX, étaient élevées (>8 mg/L).

Conclusion
La DLX a la meilleure activité in vitro sur les souches d’E. faecalis, notamment NFX-sensibles. En revanche, l’activité est très limitée sur E. faecium. Grâce à cette activité accrue et sa bonne diffusion prostatique, la DLX pourrait être une alternative dans le traitement des IU masculines à E. faecalis et des études cliniques devront le confirmer.

Mots cles
Fluoroquinolones, délafloxacine, Enterococcus.

Objectif - Introduction
Les antibiogrammes de Campylobacters peuvent être réalisés par diffusion en milieu gélosé ou par détermination des CMI. L’objectif était d’évaluer sur des souches cliniques de C. jejuni et C. coli les résultats obtenus par détermination de CMI par dilution en milieu liquide en plaque Sensititre.
 

Materiels
Une sélection de 71 souches de Campylobacters (56 C. jejuni et 15 C. coli) reçues au CNRCH entre 2018 et 2019 ont été inclues ainsi que 5 souches d’un CQ externe envoyé par l’ECDC en 2021 et la souche de CQ C. jejuni CCUG11284. Le profil de sensibilité de ces souches était connu : antibiogramme obtenu par diffusion en milieu gélosé et résistome déterminé par WGS. Les souches ont été testées sur plaques Sensititre EUCAMP3 commercialisées par ThermoFischer, selon les recommandations du fournisseur. Les plaques ont été lues à 24h et 48h d’incubation.
 

Resultats
Les profils de sensibilité à la ciprofloxacine (CIP), tétracycline (TET), érythromycine (ERY) et gentamicine (GN) étaient concordants à 48h avec les résultats attendus à la fois pour les souches R et S. Pour la CIP et l’ERY les résultats étaient illisibles à +24h pour respectivement 7 et 9 cas. Une souche exprimant la méthyltransférase ermN associée à la résistance à l’ERY était vue S à 24h mais correctement catégorisée R à 48h. Les trois souches de C. coli exprimant ermB ont bien été catégorisée R même à 24h. Pour la GN et la TET les résultats étaient illisibles à +24h pour respectivement 9 et 11 cas.
Une souche de C. coli possédant une chloramphenicol acetyl-transferase a bien été lue R  au chloramphénicol (CHL) sur plaque Sensititre. Pour l’Ertapénème (ETP), la CMI étaient illisibles à 24h pour 22 souches. En considérant le cut-off pour ETP R>1mg/L, 9 souches ont été catégorisées R à 48h soit 11,7%. Ce pourcentage de résistance est très supérieur aux données du CNRCH pour cette molécule.
 

Conclusion
Les antibiogrammes de C. jejuni et C. coli sur plaque Sensititre sont concordants avec les résultats attendus (phénotypiques et génotypiques). Elles doivent cependant être lues à 48h afin de disposer de l’ensemble des CMI et de ne pas sous-estimer des mécanismes de résistance s’exprimant plus lentement (ermN par exemple). Le CNRCH investigue actuellement les discordances observées pour ETP.
 

Mots cles
Campylobacter, antibiogramme, CMI, milieu liquide

Objectif - Introduction
Lors des antibiogrammes automatisés Vitek2^® (cartes bioMérieux AST-N240), nous avons observé une sensibilité à la ciprofloxacine et une résistance à la lévofloxacine de certaines souches de P. aeruginosa isolées au CHU de Nantes. Ce phénotype questionne sur la possibilité d’utiliser les quinolones (FQ) en thérapeutique lors d’infections sévères.
 

Materiels
Entre 2019/2020, 46 souches (43 patients dont les dossiers ont été revus) ont été sélectionnées sur la base de ce phénotype ainsi que 10 témoins (4 résistants aux FQ, 4 sensibles et 2 souches ATCC). Une détermination des CMI de FQ (ciprofloxacine, lévofloxacine, moxifloxacine et délafloxacine) par méthode manuelle (E-Test) a été conduite selon les recommandations du CA-SFM. Une investigation génotypique par PCR/séquençage des gènes codant pour l’ADN-gyrase et la topo-isomérase a été menée.
 

Resultats
Les patients âgés en moyenne de 55 ans étaient majoritairement hospitalisés dans les services de Réanimation, d’Hématologie et d’Oncologie. Les prélèvements provenaient des sphères ORL et urinaire. Une concordance de 96% entre méthodes manuelle et automatisée a été observée. Les CMI90 pour la ciprofloxacine, lévofloxacine, moxifloxacine et délafloxacine étaient respectivement de 0,5 / 4 / 12 et 2 mg/L. Seules 4 souches présentaient des mutations silencieuses dans les gènes gyrA (n=1) et parE (n=3), non décrites dans la littérature. Seule une souche présentait une mutation dans le gène gyrB et aucune mutation dans le gène parC n’a été détectée.
L’analyse de la résistance aux autres antibiotiques suggère une implication de la pompe d’efflux MexAB-OprM (90% des souches étant résistantes à la ticarcilline/acide clavulanique et à l’aztréonam). 

Conclusion
Le Vitek2^® détecte bien ce phénotype confirmé en E-test qui n’est pas dû à un mécanisme de modification de cibles. Il fait probablement intervenir un mécanisme d’efflux (bas niveau de résistance aux FQ). La ciprofloxacine reste la FQ qui présente les CMI les plus basses mais la délafloxacine présente une CMI90 basse avec une sensibilité de plus de 96% selon l’E-COFF. Toutefois, en clinique, il parait prudent de proposer un commentaire sur le compte-rendu bactériologique devant ce phénotype signalant le risque d’échec thérapeutique par sélection de mutant résistant en cas de traitement par FQ.
 

Mots cles
Pseudomonas aeruginosa, fluoroquinolones, Vitek2, résistance, modification cible, efflux

Objectif - Introduction
The growing threat of antimicrobial resistance in Pseudomonas aeruginosa relies on the capacity of this microorganism to develop resistance to any available antibiotic. Overexpression of the intrinsic chromosomally-located AmpC ß-lactamase gene is one of the main mechanism responsible for ß-lactam resistance in that species. This study aimed to evaluate the in-vitro activity of anti-pseudomonal ß-lactam molecules associated with the recently-developed and commercially-available ß-lactamase inhibitors avibactam, relebactam and vaborbactam against P. aeruginosa strains overproducing their AmpC.

Materiels
MIC values of ceftazidime, cefepime, meropenem, imipenem and ceftolozane with or without ß-lactam inhibitor were determined for 50 clinical AmpC-overproducing P. aeruginosa. All isolates producing ESBL or carbapenemases were excluded. MIC breakpoints of 8 mg/l were used for ß-lactams and corresponding combinations containing ceftazidime, cefepime and meropenem, while 4 mg/l was used for those containing imipenem and ceftolozane. The concentration of all ß-lactamases inhibitors was fixed at 4 mg/l, except for vaborbactam (8 mg/l).

Resultats
The susceptibility rates to ceftazidime, cefepime, meropenem, imipenem and ceftolozane were 12%, 22%, 36%, 8% and 74% respectively. When combined with avibactam, those rates increased to 58%, 62%, 60%, 44%, and 80%, respectively. The highest rates were found with relebactam-based combinations, being 76%, 64%, 66%, 76% and 84%, respectively. Associations with vaborbactam did not display a significant increased susceptibility rate compared to ß-lactam alone, 14%, 26%, 38%, 8%, and 72%, respectively. 

Conclusion
Those results showed that all combinations including relebactam have a higher in-vitro activity compared to others ß-lactam/ß-lactamase inhibitor combinations against clinical isolates of P. aeruginosa with ampC gene overexpression. The best activity was achieved with the ceftolozane-relebactam combination, that might therefore be considered as an excellent clinical alternative against AmpC overproducers, including those isolates being resistant to carbapenems, ceftolozane-tazobactam, ceftazidime-avibactam and imipenem-relebactam. 

Mots cles
β-lactamase inhibitors, antimicrobial resistance, vaborbactam, relebactam, avibactam, Pseudomonas aeruginosa, AmpC overproducing, cephalosporins, ceftolozane, carbapenem.

Objectif - Introduction
Face à la diffusion préoccupante des Entérobactéries multi-résistantes et dans une volonté d’épargner les carbapénèmes, l’utilisation de nouvelles molécules à large spectre représente une alternative thérapeutique importante. Dans ce contexte, nous avons évalué les performances de bandelettes Etest en comparaison avec une technique en microdilution permettant de tester la sensibilité d’une nouvelle cycline, l’éravacycline.

Materiels
131 souches d’Entérobactéries (39 E. coli et 92 K. pneumoniae) ont été utilisées pour comparer les différents réactifs. La sensibilité des souches à l’éravacycline a été déterminée à l’aide de plaques de CMI en microdilution Sensititre (Thermo-Fisher) (méthode de référence) et à l’aide de bandelettes Etests (Biomérieux) (Sensible : CMI ≤ 0,5 mg/L, Résistant : CMI > 0,5 mg/L). Les paramètres suivants ont été calculés :
- Concordance catégorielle (CA, Category agreement, % de catégorisation identique à la méthode de référence),
- Concordance essentielle (EA, Essential agreement, % de concordance de CMI par rapport à la CMI de référence à une dilution près),
- Erreurs majeures (ME, Major error, souche S rendue R) et très majeures (VME, Very major error, souche R rendue S).

Resultats
Les CMI des 131 souches étaient distribuées entre ≤ 0,06 mg/L et 8 mg/L. Seulement deux souches avaient une CMI à 8 mg/L et aucune souche n’avait de CMI ≥ 16 mg/L. La concordance de CMI était de 99,24 %, avec 3,82 % d’erreurs majeures (5/131 souches S rendues R : 4 avec une CMI à 0,75 mg/L et 1 avec une CMI à 1 mg/L) et 1,53 % d’erreurs très majeures (2/131 souches R rendues S avec une CMI à 0,5 mg/L chacune), soit une concordance catégorielle de 94,66 %, conforme aux recommandations de la FDA (CA ≥ 90%).

Conclusion
Les performances des bandelettes Etests paraissent bonnes en termes de concordance essentielle, cependant pour les souches ayant des CMI proches du breakpoint, elles présentent une légère tendance à la sur-estimation de la CMI par rapport à la microdilution.

Mots cles
Eravacycline, CMI, Etest, microdilution, Entérobactéries
 

Objectif - Introduction
Le délai avant antibiothérapie efficace est déterminant dans la prise en charge des bactériémies à bacilles à Gram négatif (BGN). L’ASTar® (QLinéa) permet l’obtention automatisée d’antibiogramme phénotypique directement à partir des flacons d’hémocultures positifs. Combiné à des techniques d’identification rapide, le délai d’obtention de l’antibiogramme définitif est réduit à 6 heures. L’objectif de cette étude était d’évaluer les performances de l’ASTar® dans la détermination de la sensibilité aux antibiotiques des BGN, en comparaison avec la technique conventionnelle utilisée dans notre laboratoire (Vitek 2®, Biomérieux).

Materiels
De mars à avril 2022, un antibiogramme par ASTar® a été réalisé sur 53 flacons d’hémocultures avec présence de BGN à la coloration de Gram. Un antibiogramme sur automate Vitek2® a été réalisé à partir des colonies isolées après identification par spectrométrie de masse. Les critères d’exclusion de l’analyse étaient le caractère polymicrobien et les germes non inclus dans le panel de l’ASTar® . La détermination des concordances essentielles (CE) et catégorielles (CC) pour chaque antibiotique du panel de l’ASTar® a été réalisée.

Resultats
Parmi les 53 flacons d’hémocultures sélectionnés, les résultats des antibiogrammes ont pu être comparés pour 46 souches dont 36 entérobactéries (4 BLSE) et 10 Pseudomonas aeruginosa. Les résultats préliminaires montrent pour les entérobactéries des CE entre ASTar® et Vitek2® de 100%, 100% et 97,22% et des CC de 100%, 94,12% et 97,22% respectivement pour le céfotaxime, la pipéracilline/tazobactam et l’ertapénème. Concernant P. aeruginosa, les CE sont de 90%, 70% et 90% et les CC de 100%, 60% et 80% respectivement pour la ceftazidime, la pipéracilline/tazobactam et le méropénème.
 

Conclusion
Ces résultats sont prometteurs quant aux performances de l’ASTar®. La concordance modérée de la pipéracilline/tazobactam chez P. aeruginosa est à investiguer en utilisant la méthode de référence de microdilution en milieu liquide, rapportée concordante lors des essais de validation effectués par QLinéa. La méthode de comparaison n’a néanmoins pas été réalisée directement à partir des flacons positifs. L’ASTar® pourrait être un outil d'intérêt dans la prise en charge des bactériémies à BGN pour un laboratoire prenant en charge les hémocultures 24h/24.

Mots cles
Antibiogrammes rapides, Hémocultures, Bacilles à Gram négatif, ASTar®.

Objectif - Introduction
Le marché français de la spectrométrie de masse se partage entre deux fournissseurs Bruker et Biomérieux. Il existe très peu de données sur l’AUTOF-MS100 (Autobio, Eurobio). Pour évaluer ses performances et sa praticabilité, il a été testé au laboratoire du CHU de Poitiers.

Materiels
1/ Prospectivement, les bactéries pour lesquelles un antibiogramme était réalisé du 21/04 au 20/05/22 ont été identifiées sur VITEK MS (Biomérieux) et AUTOF-MS1000 en parallèle. Pour l’AUTOF-MS1000, les résultats sont classées comme fiables au genre pour un score entre 6 et 9 et à l’espèce pour un score >9. Pour le VITEK MS les identifications > 98% ont été considérées fiables à l’espèce, l’automate ne propose pas d’identification au genre.
2/ Rétrospectivement, 90 souches complexes, initialement en échec sur VITEK MS et identifiées par séquençage de l'ADNr16S, ont été testées sur l’AUTOF MS1000.

Resultats
1/ 902 bactéries (52 genres et 115 espèces) ont été incluses: 615 (68.2%) Gram négatifs (534 Enterobacterales, 51 bacilles non fermentaires, 181 autres), 267 (29.6%) Gram positifs (111 Staphylococcaceae, 111 Streptococcaceae et 46 autres) et 20 (2.2%) anaérobies strictes.
Les identifications rendues fiables par chaque système sont présentées dans le tableau 1.
La comparaison des résultats donne 797 bactéries concordantes à l’espèce (88.4%), 67 concordantes au genre (7.4%) et 10 (1.1%) en échec sur les deux MALDI. 28 résultats discordants ont été relevés entre l’AUTOTOF et le VITEK MS :  7 bactéries identifiées à l’espèce (0.8%) et 3 au genre (0.3%) avec l’AUTOTOF alors que le VITEK MS est en échec, et inversement,  18 bactéries (2%) en échec sur l’AUTOTOF alors que le VITEK MS rend une identification fiable.
Les deux automates montrent une très bonne concordance globale : 96.9% (874/902) pour un indice Kappa de 0.84.
 2/ Sur 90 souches complexes l’AUTOF MS1000 a rendu 29 identifications correctes (32.2%) dont une majorité à l’espèce (n=15 ;16.7%).

Conclusion
Si le VITEK MS présente un taux d’identification à l’espèce plus performant et un logiciel d’interprétation plus simple, l’AUTOF MS1000 est moins encombrant et plus rapide; sa base de données plus étendue permet l’identification de germes supplémentaires. L’AUTOTOF MS1000 est donc un automate performant et  facile à utiliser, adapté au travail de routine d’un laboratoire de bactériologie.

Mots cles
Spectromètrie de masse, AUTOF MS1000, identification, performances.
 

Tableau 1 : Identifications rendues fiables par les deux automates

Objectif - Introduction
L’examen cytologique des fluides biologiques est réalisé classiquement en microscopie optique : numération des éléments sur cellule de comptage et formule leucocytaire sur un frottis coloré au May Grünwald Giemsa, à partir d’un seuil de leucocytes défini pour chaque type de liquide. Ces 2 étapes sont chronophages et nécessitent un personnel entrainé. Nous avons donc évalué, pour ces deux analyses, les performances analytiques de l’automate de cytologie en flux UF-4000 (Sysmex), utilisé en routine pour la cytologie urinaire.
 

Materiels
Nous avons inclus 123 liquides de ponction : 80 liquides cérébrospinaux (LCS) de dérivation, 7 liquides pleuraux, 10 liquides d’ascite, 24 liquides de dialyse péritonéale et 2 liquides articulaires. L’examen cytologique de chaque échantillon a été réalisé en parallèle par le Sysmex et la méthode manuelle. Les formules simplifiées différenciant les cellules polynucléées (CPN) d’une part et les cellules mononucléées d’autre part (CMN : lymphocytes + monocytes) ont été lues par les 2 méthodes. La comparaison a été réalisée par une régression linéaire pour le comptage des leucocytes et un test kappa pour la concordance des formules.
 

Resultats
La numération cellulaire a montré une bonne corrélation entre les 2 méthodes (R²=0.95). Il a été noté une tendance à majorer légèrement le comptage des leucocytes pour les numérations basses (<50/µL). Ainsi, l’utilisation du Sysmex seul aurait entrainé la réalisation de formules additionnelles pour 15/123 liquides, en tenant compte des seuils de déclenchement de formule.
Pour les 70 échantillons ayant bénéficié d’une formule leucocytaire, la concordance était bonne (kappa : 0.71).  Sur les 10 inversions de formule observées (14%), 7 (dont 3 LCS) ont montré un taux de CPN ou de CMN > 70% sur une seule des 2 méthodes, et ont été considérées comme des discordances majeures.
 

Conclusion
La bonne corrélation de la numération cellulaire entre l’automate et la méthode de référence permet de supprimer totalement le comptage manuel, et d’utiliser la cytométrie en flux pour cibler les échantillons devant bénéficier d’une formule leucocytaire, permettant un gain de temps dans le rendu du résultat. Par contre, le nombre de discordances majeures nous semble trop élevé pour envisager une suppression de la formule manuelle, qui devra être confrontée aux résultats de l’automate.
 

Mots cles
examen cytologique; liquides de ponction; cytométrie en flux

Objectif - Introduction
L’instauration précoce d’un traitement antibiotique adapté dans la prise en charge des bactériémies est primordiale tant au niveau clinique que médico-économique. Malheureusement, le profil de sensibilité aux antibiotiques de la bactérie en cause n’est généralement disponible qu’après 1 ou 2 jours après la positivité du flacon d’hémoculture. Afin de réduire le temps d’obtention d’un antibiogramme, des méthodes rapides innovantes ont été développées comme l’automate dRAST (QuantaMatrix) qui génère des résultats d'antibiogramme phénotypiques directement sur hémoculture positive en quelques heures. Le but de cette étude a été d’évaluer de façon prospective les performances analytiques du système dRAST en milieu hospitalier.

Materiels
Les flacons d’hémoculture positifs entre janvier et juin 2021 (un par patient) ont été prospectivement inclus au CHU de Rennes. Seuls les flacons monomicrobiens (staphylocoques, entérocoques, entérobactéries ou Pseudomonas aeruginoa), positifs le matin et pour lesquels une identification rapide au MALDI-TOF (protocole maison) était réalisée, ont été inclus. Les résultats obtenus avec le système dRAST (plaque Gram- et plaque Gram+) ont été comparés avec ceux de l’antibiogramme en diffusion directement réalisé à partir du bouillon d’hémoculture (protocole CA-SFM) ou par détermination des CMI par la méthode de référence de microdilution en milieu liquide (Sensititre, ThermoFisher). La catégorisation a été faite selon les recommandations 2021 du CA-SFM.

Resultats
Au total, 99 flacons positifs à BGN ont été inclus dont 94 entérobactéries (60 E. coli, 7 K. pneumoniae, 7 E. cloacae complex, 6 P. mirabilis et 14 autres) dont 7 E-BLSE et 5 Pseudomonas (dont 4 P. aeruginosa). Pour les 88 flacons positifs à cocci à Gram positif, il y avait 82 staphylocoques (35 S. aureus, 28 S. epidermidis, 10 S. capitis, 9 autres) dont 62 méti-R et 6 entérocoques (3 E. faecalis, 3 E. faecium) dont 1 ERV. Sur 1393 comparaisons pour la plaque Gram-, il y avait 6 VME, 57 ME et 32 mE soit une CA globale de 93,2 %. Sur 1022 comparaisons pour la plaque Gram+, il y avait 17 VME, 70 ME et 25 mE soit une CA globale de 89,0 %.

Conclusion
Le système dRAST, seul système à tester les Gram+, présente des performances globales acceptables (CA ≥89 %) mais certaines optimisations devront être réalisées pour l’interprétation de certaines molécules critiques.

Mots cles
Bactériémie, Antibiogramme rapide, dRAST

Objectif - Introduction
Determination of minimal inhibitory concentrations (MICs) using broth dilution methods is labor-intensive in Ureaplasma spp. and Mycoplasma hominis. We evaluated the use of commercial customized MICRONAUT-S plates (Biocentric-Bruker), designed on request for antimicrobial susceptibility testing (AST), in comparison to MIC determination according to the CLSI guidelines. We then investigated the susceptibility of Ureaplasma spp. and M. hominis to tetracyclines, fluoroquinolones and macrolides in France in 2020.

Materiels
MICs for 60 strains of Ureaplasma spp. and M. hominis were determined in parallel using the customized MICRONAUT-S plates and the CLSI broth dilution assay used as reference. For the resistance prevalence study, clinical specimens detected positive for Ureaplasma spp. and/or M. hominis were collected in France between September 15 and October 15, 2020 and 151 Ureaplasma spp. and 50 M. hominis isolates were grown from them. MICs of tetracycline, doxycycline, levofloxacin, moxifloxacin, erythromycin, azithromycin, and clindamycin were determined using the MICRONAUT-S plates. The tet(M) gene and fluoroquinolone resistance-associated mutations were searched.

Resultats
All the MICs obtained with the MICRONAUT-S plates were in accordance with the CLSI broth dilution assay results, with no more than 2-fold dilution difference using an inoculum of 105 color-changing units/ml incubated during 24 h for Ureaplasma spp. and 48 h for M. hominis. 
Among the 50 M. hominis isolates, tetracycline, levofloxacin and moxifloxacin resistance rates were 8% (4/50), 2% (1/50) and 2% (1/50), respectively. No clindamycin resistance was observed. Among the 151 Ureaplasma spp. isolates, tetracycline and levofloxacin resistance rates were 2% (3/151) and 5.3% (8/151), respectively. No moxifloxacin nor erythromycin resistance was observed. All tetracycline-resistant isolates harbored the tet(M) gene and all levofloxacin-resistant isolates harbored a mutation in the parC gene. 

Conclusion
The customized MICRONAUT-S plates are useful for AST of human mycoplasmas. Tetracycline and fluoroquinolone resistance are limited in France in mycoplasmas. Compared to the 2010-2015 previous report, a significant decrease in tetracycline resistance and a significant increase in levofloxacin resistance were observed in ureaplasmas whereas M. hominis resistance was unchanged.

Mots cles
MIC determination
Ureaplasma spp.
Mycoplasma hominis

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Cystites récidivantes ; Uropathogenic Escherichia coli ; HYDROXYCHLOROQUINE

Objectif - Introduction
Développée pour cibler les bactéries à Gram négatif résistantes aux carbapénèmes et/ou multirésistantes, la ceftazidime-avibactam comporte une céphalosporine de troisième génération connue associée à un nouveau non-β-lactame inhibiteur de β-lactamases. Cette étude a pour objectif d’évaluer l’activité in vitro de la ceftazidime-avibactam sur les souches d’entérobactéries isolées au laboratoire de bactériologie-virologie du CHU Ibn Rochd de Casablanca.

Materiels
Il s’agit d’une étude longitudinale descriptive prospective menée du 28 mai au 25 juin 2022, portant sur les entérobactéries isolées à partir des prélèvements à visée diagnostique, reçus au laboratoire de bactériologie-virologie et hygiène hospitalière du CHU Ibn Rochd-Casablanca. L’isolement et l’identification des souches ont été réalisés selon les techniques standards de bactériologie. La sensibilité à la ceftazidime-avibactam a été déterminée par l’antibiogramme par diffusion sur milieu gélosé selon les recommandations du CA-SFM 2022. Les données épidémiologiques et bactériologiques des souches testées ont été collectées à partir de la base de données du logiciel ?Kalisil″ du laboratoire.

Resultats
Au cours de la période d’étude, 271 souches d’entérobactéries ont été isolées. Le taux de sensibilité à la ceftazidime-avibactam était de 91% vs 74% concernant la ceftazidime seule. R. terrigena était l’espèce la plus résistante à la ceftazidime-avibactam avec un taux de 69%, suivie d’E. cloacae avec un taux de 14%, puis K. pneumoniae avec 6% et E. coli avec 5%. Parmi les souches isolées, 24% (n=66) étaient productrices de BLSE dont 29% (n=19) étaient résistantes à la ceftazidime-avibactam, et 10,7% (n=29) étaient résistantes à l’imipenème dont 44,8% (n=13) étaient résistantes à la ceftazidime-avibactam.

Conclusion
Cette évaluation in vitro de l’activité de l’association ceftazidime-avibactam sur les entérobactéries multirésistantes, principalement : E.coli, K.pneumoniae, et E cloacae a montré une bonne activité inhibitrice de cette molécule qui peut constituer une  alternative thérapeutique pour le traitement des infections dues à ces germes.
 

Mots cles
ceftazidime-avibactam, antibiogramme, entérobactéries

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Mycobactérie non tuberculeuse, gélose, contamination, sensibilité

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
spondylodiscite, tuberculose, diagnostic moléculaire

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
tuberculose ganglionnaire, diagnostic moléculaire

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Tuberculose, extra-pulmonaire, biologie moléculaire

Objectif - Introduction
Nous avons voulu évaluer les performances d’identification de mycobactéries tuberculeuses (MT) et non tuberculeuses (MNT) des spectromètres de masse VITEK MS (bioMérieux, base de données V3.2) et AUTOF MS1000 (Eurobio scientific) nouvellement arrivé sur le marché, en comparaison aux méthodes moléculaires (GenoType, Hain Lifescience et séquençage hsp65).

Materiels
A l’aide des kits VITEK® MS Liquid Myco Supplemental et Mycobacterium/Nocardia (bioMérieux), 70 souches cliniques de MT (n= 15) et MNT (n=55) préalablement identifiées par méthode moléculaire ont été extraites après culture sur milieu MGIT™ Bactec. Les résultats d’identification ont été analysés selon les critères recommandés par les fournisseurs. Le VITEK MS rend des identifications fiables à l’espèce ou au groupe d’espèces uniquement ; en absence de réponse le résultat est classé comme échec technique. Pour L’AUTOF MS1000 un score ≥ 9 classe l’identification comme fiable à l’espèce, un score entre 6 et 9 classe l’identification comme fiable au genre et un score < 6 est considéré comme un échec. 

Resultats
Sur les deux systèmes une grande majorité des résultats étaient des échecs. Pour l’AUTOF MS 1000, concernant les mycobactéries une identification au genre était insuffisante. Dans ce cas, les identifications proposées qui étaient souvent multiples, n’ont pas été retenues (plusieurs identifications différentes proposés avec un score entre 6 et 9).
Parmi les 15 souches de MT, seule 1 souche a été correctement identifiée par AUTOF MS1000 contre 6 par VITEK MS. En ce qui concerne les MNT,19 souches ont été correctement identifiées par AUTOF MS1000 et 21 par le Vitek MS (Tableau 1).
 
 

Conclusion
Les performances d’identification par AUTOF MS1000 et VITEK MS se sont avérées décevantes. L’extraction reste longue et la sensibilité était globalement mauvaise pour l’identification des principales espèces pathogènes, ces automates ne rendant bien souvent qu’une identification au genre insuffisante. Les performances pourraient être améliorées en testant des cultures d’âges différents tout en majorant cependant le temps technique.

Mots cles
mycobactéries, spectromètre de masse, identification, performances

Tableau 1 : Identifications correctes obtenues avec chacun des systèmes

Objectif - Introduction
Antimicrobial therapy is important for case management of diphtheria, but knowledge on the emergence of multidrug-resistance in Corynebacterium diphtheriae is scarce.

Materiels
We report on the genomic features of two multidrug-resistant toxigenic isolates sampled in France three years apart.

Resultats
Both isolates were resistant to spiramycin, clindamycin, tetracycline, kanamycin and trimethoprim-sulfamethoxazole. Genes ermX, cmx, aph(3”)-Ib, aph(6)-Id, aph(3’)-Ic, aadA1, dfrA15, sul1, cmlA, cmlR and tet(33) were clustered in two genomic islands, one consisting of two transposons and one integron, the other being flanked by two IS6100 insertion sequences. One isolate additionally presented mutations in gyrA and rpoB and was resistant to ciprofloxacin and rifampicin. Both isolates belonged to sublineage 40 (SL40), together with 25 isolates from 11 other countries (https://bigsdb.pasteur.fr/diphtheria).

Conclusion
SL40 is a cosmopolitan toxigenic sublineage of C. diphtheriae, a subset of which acquired multidrug resistance. Surveillance of diphtheria should consider the risk of dissemination of multidrug resistant strains and their genetic elements.

Mots cles
diphtheria, multidrug resistance, resistance islands, genomic epidemiology

Objectif - Introduction
La daptomycine (DAP) a été récemment ajoutée dans la galerie VITEK® 2 staphylocoques P668 (bioMérieux). La résistance à la DAP reste rare mais sa détection est capitale. Nous avons donc cherché à comparer les performances de cette galerie pour la DAP vs 2 autres techniques commerciales : CMI en bandelette Etest® (bioMérieux) et CMI en milieu liquide Sensititre (ThermoFisher).

Materiels
82 souches de staphylocoques, dont 54 résistantes à la méticilline, ont été testées : S. aureus, n= 39, dont ATCC29213, et staphylocoques à coagulase négative (SCN), n=43. 70 souches avaient été initialement identifiées comme résistantes à la DAP (DAP-R, CMI > 1 mg/L, le plus souvent en Etest). Trois techniques de détermination de la sensibilité à la DAP ont été comparées, avec lecture à 24h d’incubation (sauf VITEK2) :
- galerie VITEK2 P668,
- bandelette Etest sur gélose MHE (BioRad),
- microdilution Sensititre FR1STENT, considérée ici comme la référence.
Les résultats ont été interprétés selon les recommandations du CA-SFM 2021 et les deux techniques comparées en termes de « Categorical Agreement » (CA), d’« Essential Agreement » (EA), d’erreurs majeures (EM) et très majeures (ETM).

Resultats
Au total, en Sensititre, 40/82 souches étaient DAP-R et 25/82 avaient une CMI égale à la concentration critique (1 mg/L).
Pour 3 souches, aucun résultat VITEK2 P668 n’a pu être obtenu (échec). Sur les 79 autres souches, la galerie P668 en catégorisait 45 DAP-R. Le CA et l’EA avec le Sensititre étaient respectivement de 82,3 et 92,4%, avec 10,3% d’ETM et 25% d’EM. Les 14 souches discordantes S/R ou R/S avaient toutes des CMI à 1 ou 2 mg/L en Sensititre.
En Etest, 68/82 souches étaient catégorisées DAP-R. Le CA et l’EA avec le Sensititre étaient respectivement de 65,9 et 90,2%, avec 0% d’ETM et 66,7% d’ETM. Les 28 souches discordantes étaient toutes des fausses DAP-R en Etest ; 22/28 avaient une CMI à 1 mg/L en Sensititre.

Conclusion
Malgré la sélection de souches majoritairement résistantes à la daptomycine et/ou avec des CMI proches de la concentration critique, cette étude montre globalement une bonne corrélation entre la galerie VITEK2 P668 et la microdilution pour la daptomycine. Par contre, la bandelette Etest semble surestimer la CMI (effet inoculum ?) avec de nombreuses CMI trouvées R à 1,5 mg/L (n=22), non confirmées par les 2 autres techniques dans 59% des cas.

Mots cles
Daptomycine, staphylocoques, CMI, VITEK, Sensititre, Etest

Concordance des résultats pour la daptomycine (DAP) de la galerie VITEK2 P668 (bioMérieux), de la bandelette Etest (bioMérieux) et de la plaque Sensititre FR1STENT (ThermoFisher) sur une collection de 82 souches de staphylocoques, d

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Streptocoque viridans, synergie, amoxicilline, ceftriaxone

Objectif - Introduction
Le streptocoque du groupe B (SGB) est le principal agent étiologique des infections materno-fœtales (IMF). Les infections néonatales à SGB constituent un problème de santé publique. Elles sont associées à une morbi- mortalité importante.
Les objectifs de notre étude étaient d’étudier le profil épidémiologique du portage du SGB chez les femmes enceintes et des infections invasives néonatales à SGB, ainsi que la distribution des sérotypes, l’appartenance au clone hyper-virulent ST-17 et la sensibilité aux antibiotiques des souches isolées.

Materiels
Il s’agit d’une étude transversale (mars-juin 2021) portant sur 200 prélèvements vaginaux (PV) réalisés chez des femmes enceintes à 35-37 SA et d’une étude rétrospective (2012 – 2020) incluant toutes les infections néonatales invasives à SGB colligées aux services de Néonatologie et de Pédiatrie.

Resultats
Le taux de portage vaginal du SGB était de 27%. L’âge des femmes, la parité et la profession n’ont pas été démontrés comme des facteurs de risque de ce portage. Pour l’examen bactériologique, le nombre de prélèvements ayant une culture positive sur gélose au sang, gélose au sang après enrichissement, gélose CHROMagar, et gélose CHROMagar après enrichissement étaient de 40, 50, 52 et 54 respectivement. 98 infections invasives néonatales à SGB ont été colligées. Les infections étaient précoces (INP) (≤6j) et tardives (INT) (>6j) dans respectivement 83,7% et 16,3% des cas. 85,7% des cas ont présenté une bactériémie isolée et 14,3% une méningite. L’INP se traduisait dans 91,5% des cas par une bactériémie isolée. La méningite était plus fréquemment associée à l’INT (43,8%). La mortalité intra-hospitalière était de 7,9%.
Tous les isolats étaient sensibles aux bêtalactamines. Le taux de résistance aux macrolides était élevé (>40%). Le sérotype III était associé aux souches invasives (42,6%) et le sérotype V était associé aux souches de portage (57,4%). Le SGB de sérotype III ST-17 était associé aux INT (66,7%) et plus fréquent en cas de méningites (45,5%).

Conclusion
Le taux de portage trouvé dans cette étude explique l’incidence élevée des IMF à SGB dans notre région. L’incidence et la sévérité des infections néonatales à SGB incitent à un dépistage systématique du portage et une antibioprophylaxie adéquate en intra-partum.

Mots cles
Streptocoque du groupe B/ Périnatalité/ Epidémiologie/ Sérotypes/ Sensibilité aux antibiotiques

Objectif - Introduction
L’identification moléculaire des entérocoques basée sur la mise en évidence spécifique du gène ddl codant pour les D-alanine-D-alanine ligases est largement utilisée pour confirmer l’identification des espèces Enterococcus faecalis (E.faecalis) et Enterococcus faecium (E.faecium). Le but de notre travail est de confronter les résultats de cette technique génotypique et des techniques phénotypiques d’identification afin d’évaluer leur conformité.

Materiels
Cette étude rétrospective porte sur 100 souches non redondantes de E.faecalis et E.faecium isolées à partir de prélèvements pathologiques parvenus au laboratoire de microbiologie du CHU Charles Nicolle de Tunis sur une période allant de Janvier 2019 au Juin 2022. L’identification phénotypique a été réalisée par des méthodes conventionnelles, des galeries d’identification de type API 20 Strep et  VITEK® 2 Compact System L’identification génotypique s’est basée sur la détection du gène ddl (faecalis/faecium) par des PCRs  conventionnelles simplexes. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée  selon les recommandations actualisées de l’EUCAST.

Resultats
Notre étude a inclus 100 souches d’entérocoques. Une première identification  phénotypique par VITEK® 2 Compact System  et  par galerie API 20 Strep a conclu à 52 souches de E.faecalis et 48 souches de E.faecium. L’étude de la sensibilité à l’imipénème pour ces souches a monté une sensibilité  de 100%  chez E.faecalis et  une  résistance de 100% chez E.faecium. Dans un deuxième temps, on a procédé à l’identification génotypique. Pour 90 souches, les résultats phénotypiques et génotypiques étaient concordants. La totalité des souches identifiées phénotypiquement comme E.faecium, soit 48 souches, portaient le gène ddlfaecium(100%). Cependant, seulement 42 souches (80,7%) identifiées phénotypiquement comme E.faecalis portaient le gène ddlfaecalis, tandis que 10 souches (19,3%) exprimaient le gène ddlfaecium.

Conclusion
Les résultats de notre étude reflètent les limites de l’utilisation du gène ddl comme cible pour l’identification génotypique des entérocoques. Nous envisageons alors de poursuivre notre travail par l’amplification et le séquençage de l’ARN ribosomal 16S afin de confirmer l’identification des souches discordantes.

Mots cles
Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, PCR, identification phénotypique

Objectif - Introduction
Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium are common causes of nosocomial infections. The emergence of multidrug-resistant enterococci (MDR), particularly vancomycin-resistant enterococci (VRE) is a major health problem requiring the search for new effective antimicrobial agents. Bacteriocins are a class of antimicrobial peptides deserving consideration as alternatives to antibiotic therapies. The objective of this study was to evaluate the antimicrobial activity of a collection of chemically synthesized bacteriocins against pathogenic clinical isolates of enterococci.
 

Materiels
We screened 84 bacteriocins from the PARAGEN collection (Syngulon), against 14 clinical isolates of E. faecium (n=10) and E. faecalis (n=4) from the Cliniques universitaires Saint-Luc. Their minimal inhibitory concentration (MIC) was determined by broth microdilution in 96-well plates and the time-lapse microscopy method (oCelloScope, BioSense Solutions, Danemark) to follow the kinetic growth. The oCelloScope measures live cell imaging over time. Growth inhibition of the strains in the presence of bacteriocins was evaluated for 24 hours using the UniExplorer software.

 

Resultats
Isolates were recovered from urinary tract infection UTI (n=3), blood (n=3), rectal swabs (n=3), abdominal infections and wound (n=4), including 6 wild-type phenotype, and 8 VRE (4 vanA and 4 vanB). Out of 84 bacteriocins tested, 7 showed antimicrobial activity against both species. Their MIC against the 14 clinical isolates were 1 mg/L (range from 0.78 mg/L to 1.56 mg/L). Based on the growth kinetic data, bacteriocins started their action in the first minutes.

Conclusion
This study reported for the first time the in vitro antimicrobial activity of chemically synthesized bacteriocins against wild type and VRE E. faecium and E. faecalis harbouring vanA and vanB genes. These bacteriocins have interesting high antibacterial activity with a low MIC of 1mg/L. The time-lapse microscopy has proven to be a useful tool for the rapid MIC determination by combining growth curves with images and video over time. The fast-killing efficacy of the bacteriocin is consistent with the membrane permeabilization and pore formation in the bacterial membrane. These results open new opportunities for the investigation of synergistic effect of bacteriocin and antibiotics against resistant bacteria.
 

Mots cles
Bacteriocin, MDR, VRE, AMR, Enterococcus, MIC, oCelloScope

Objectif - Introduction
L'amélioration des pratiques de prescription et d’usage des antibiotiques, des programmes de lutte contre les infections dans les hôpitaux, de la surveillance de la résistance, la découverte de nouveaux traitements et de nouveaux outils de diagnostic rapides sont des solutions à combiner pour proposer des traitements plus précis et limiter les conséquences de la résistance aux antibiotiques. Historiquement, les plantes sont à l'origine de nombreux médicaments efficaces. La diversité des plantes offre de nombreuses molécules phytochimiques présentant des propriétés anti-inflammatoires, anti-cancéreuses et anti-microbiennes. Quinze plantes médicinales de Guadeloupe sont inscrites à la pharmacopée française mais les propriétés pharmacologiques de nombreuse plantes utilisées en médecine traditionnelle restent à investiguer. L'objectif de ce travail était d'explorer le potentiel antibactérien d’extraits de plantes médicinales.

Materiels
L’activité antibactérienne de cinq extraits bruts de plantes médicinales de Guadeloupe a été testée à l’aide de la méthode de diffusion par disques sur gélose imprégnés à 3 mg de chaque extrait pour observer l’inhibition de croissance de six espèces bactériennes.

Resultats
Les résultats préliminaires montrent un effet inhibiteur sur plusieurs espèces bactériennes notamment A. baumanii et un effet marqué de T. riparia sur S. aureus. L’effet inhibiteur de Z. caribaeum, observé sur trois espèces de notre étude, n’avait jamais été décrit auparavant. Des résultats nouveaux avec l’extrait de M. jalapa sur E. coli et S. aureus résistants à plusieurs antibiotiques ont été mis en évidence.

Conclusion
La détermination des concentrations minimales inhibitrices permettra de confirmer les résultats préliminaires et d’identifier les extraits de plante à large spectre d’inhibition. L’identification de molécules phytochimiques responsables de l’effet antibactériens observé ouvrira la voie à des alternatives de traitement des maladies infectieuses à germes résistants aux molécules usuelles.

Mots cles
Bactérie, inhibition, résistance, plante

a moyenne en mm ±sd

Objectif - Introduction
The continuous emergence of bacterial resistance remains a major public health issue and has challenged the research community to develop novel antibiotic agents. Metal nanoparticles (NPs) are the most promising as antibiotic agents such as gold (Au), silver (Ag) and copper (Cu). It is difficult to compare the antimicrobial activity of NPs due to the lack of complete characterization in protocols. The aim of this study is to determine the antibacterial activity of NPs.

Materiels
We synthesized, characterized (UV-vis, DLS and TEM), and studied the antibacterial activity of AuNPs and AgNPs (12 nm) using the broth microdilution method against a large panel of reference strains or clinical isolates (antibiotic resistant bacteria): e.g. E. coli (ATCC 25922), P. aeruginosa (ATCC 27853 + efflux pumps), S. aureus (ATCC 25923); methicillin-susceptible S. aureus (MSSA, ATCC 29213), methicillin-resistant S. aureus (MRSA), S. epidermidis (MSSE and MRSE) as well as non-fermenting Gram-negative bacteria.

Resultats
The results show that the AuNPs exhibit only a slight antibacterial activity against S. aureus (≈ 54% for WT, ≈ 45% for MSSA and ≈ 23% for MRSA of bacterial growth inhibition at the highest concentration tested) and E. coli (≈ 30% for WT, ≈ 65% for penicillinase). In contrast, AgNPs possess antibacterial activity against strains of E. coli (WT, penicillinase and AmpC; MIC = 256 μmol/L) and S. aureus (MIC = 128 μmol/L against WT strain). The AgNPs also exhibit antibacterial activity against the MSSE strain (MIC = 64 μmol/L) and inhibit bacterial growth of ≈ 90% for the MRSE strain. Antibacterial activity was also observed against P. aeruginosa with a MIC = 256 μmol/L and 64 μmol/L against WT and efflux pumps-producing strains, respectively. No antibacterial activity was observed against A. baumannii strains. To confirm these results, the bacteria were treated with AgNO3 and sodium citrate, separately. The data reveal that sodium citrate does not exhibit antibacterial activity unlike AgNO3 which has activity against : E. coli, MIC = 8 μmol/L; S. aureus, MIC = 16 μmol/L; S. epidermidis, MIC = 64 μmol/L; P. aeruginosa, MIC = 32 μmol/L; A. baumannii, MIC = 32 μmol/L. 

Conclusion
These data are promising, and the study should be continued on a wide range of bacteria.

Mots cles
Nanoparticles, Silver, Gold, antibacterial activity, antibiotic-resistant bacteria, clinical isolates

Objectif - Introduction
Les cathéters veineux, dispositifs médicaux implantés les plus utilisés en routine hospitalière, peuvent être colonisés/infectés par le microbiote cutané. Pour prévenir ces complications, l'utilisation des antiseptiques (ATS) est recommandée (malgré une variabilité d'efficacité préventive et d'impact sur le microbiote). Certaines études suggèrent un lien entre exposition aux ATS et émergence de l'antibiorésistance, restant à déterminer. Cette étude a pour objectif de déterminer l'efficacité et l'impact de ces ATS (Chlorhexidine -CHG, Hypochlorite sodique -DAK, Polyvidone iodée -PVI et Éthanol -OH) sur des souches bactériennes de référence (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus Sensible/Résistant à la Méticilline). 

Materiels
Les CMI/CMB aux différents ATS de souches bactériennes a été déterminée avant réalisation de courbes de bactéricidies séquentielles (sTKC) permettant d'évaluer l'impact d'exposition successives. Au moyen de géloses contenant des ATS, les bactéries à sensibilité diminuée ont pu être mise en évidence. Pour les souches exposées aux ATS (concentration subinhibitrices) ou les souches de sensibilité diminuée, les antibiogrammes (ATBg, microdilution ou diffusion) ont été réalisés et interprétés selon les recommandations du CA-SFM. 

Resultats
Les sTKC ont montré une sensibilité diminuée aux ATS lors du deuxième passage pour les couples EC-CHG, PA-CHG, SASM- PVI, EC-OH. Des bactéries de sensibilité diminuée ont pu être observées pour tous les couples ATS - bactéries : i/avec CHG,en proportion majeure pour PAO1, et en proportion minoritaire pour les SAMS, SARM et EC, ii/avec OH, DAK et PVI, en proportion majeure pour toutes les bactéries (portion croissante suivant les passages pour SARM et PVI). Les ATBg réalisés ont montré une sensibilité diminuée aux bétalactamines pour le couple PAO1-CHG et EC-DAK tandis qu'aucune différence n'a pu être observée quel que soit l’ATS d'exposition pour les SASM/SARM. 

Conclusion
L'ensemble des données obtenues supporte l'émergence de résistance aux ATS mais aussi de résistance croisée aux ATB en cas d'exposition sub-inhibitrice aux ATS. Ces données, bien qu'obtenues sur des souches de références, et devant être prochainement confirmées sur souches d'isolement clinique, soutiennent l'idée d'un besoin de bon usage, rigoureux et consensuel, des ATS cliniques.
 

Mots cles
Bactéries; Antiseptiques;  Antibiotiques; Résistance croisée

Objectif - Introduction
L’émergence des souches de Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium (E. faecalis et E.faecium)  hautement résistantes à la gentamicine (HNG)  responsables essentiellement des infections nosocomiales  représentent une menace d’échec thérapeutique largement décrite. La présente étude a pour objectif d’identifier les mécanismes impliqués dans cette résistance chez les espèces E. faecalis et E. faecium isolées au laboratoire de microbiologie de l’hôpital Charles Nicolle de Tunis.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective (Janvier 2019 – Juin 2022) ayant inclut 106 souches non redondantes de E. faecalis et E. faecium HNG. L’identification bactérienne a été effectuée selon les méthodes conventionnelles. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été réalisée selon les recommandations actualisées de l’EUCAST. Une PCR conventionnelle simplex a été effectuée à la recherche des cinq gènes responsables d’une résistance de haut niveau à la gentamicine les plus mentionnés dans la littérature.

Resultats
Un total de 106 souches a été étudié provenant essentiellement de prélèvements urinaires (79%), mais aussi de pus (11,3%) et  des hémocultures (4,7%). Sur les cinq gènes de résistance de haut niveau à la gentamicine recherchés, seulement deux étaient exprimés par ces souches : le gène aac(6′)-Ie-aph (2′′)-Ia et le gène aph (3′′)-IIIa. Les gènes aph (2′′)-Ib,  aph (2′′)-Ic et aph (2′′)-Id étaient totalement absents. Au moins un de ces gènes était détecté chez 96 souches (90,5%). Le gène aac(6′)-Ie-aph (2′′)-Ia prédominait avec une positivité chez 92 souches (95,8%) suivi par le gène aph (3′′)-IIIa retrouvé seulement chez 26 souches (27%).
Une co-expression de ces deux gènes était retrouvée chez 22 souches (22,9%) :11 E.faecalis et 11 E.faecium, dont deux présentaient phénotypiquement une résistance de bas niveau à la gentamicine. La résistance de HNG est associée à l’association la résistance aub trimethoprime-sulfamethoxazole (16%), à la norfloxacine (15%) et à la nitrofurantoine (6,5%).

Conclusion
Devant une prévalence des souches de E. faecalis et E. faecium HNG de plus en plus importante, l’étude épidémiologique des souches résistantes figure parmi les moyens de lutte contre la diffusion de ces souches.

Mots cles
Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, gentamicine , résistance bactérienne aux médicaments

Objectif - Introduction
S.aureus est l'un des agents les plus fréquemment responsables de sepsis en Algérie. Le but de notre étude est de déterminer le profil épidémiologique des cas de sepsis à S.aureus ainsi que la sensibilité des isolats aux antibiotiques, afin d’optimiser la prise en charge thérapeutique probabiliste du malade.

Materiels
 
Il s’agit d’une étude rétrospective réalisée sur une durée de 5 ans (2018-2022), portant sur les souches de S.aureus responsables de sepsis et isolées, au minimum, sur deux flacons d’hémoculture, menée dans différents services d’hospitalisation au CHU.
Les différentes données cliniques ont été recueillies à partir des fiches de renseignements des patients. L'étude statistique a été réalisée à l'aide du logicel Excel 2020.

Resultats
Entre 01-01-2018 et 13-07-2022, 75% de la population inclue dans notre étude était des adultes. Le sexe ratio (M/F) était de 1,6. La porte d’entrée était inconnue dans 61,6% des cas, cutanée 14,14%, 8% des malades portaient un matériel étranger (cathéter d’hémodialyse dans 62,5% des cas). 9% des malades étaient atteints d’endocardite infectieuse certaine, 3% avaient une infection osseuse associée et 1% étaient atteints d’une pneumopathie. 24% des prélèvements provenaient du service de la cardiologie, suivis de 12% du service de dermatologie et 12% du service de néonatologie.
32% des souches isolées étaient des SARM (36% en 2018, 25% en 2019, 30% en 2020, 28,6% en 2021 et 42% en 2022). Le taux de résistance était de 23% à l’érythromycine, 19% à clindamycine, 33% à l’amikacine, 30% à kanamycine, 30% aux fluoroquinolones, 19% à l’acide fucidique et 0% aux glycopeptides.

Conclusion
Le sepsis à S.aureus est une infection grave mettant en jeu le pronostic vital et associée à différentes complications sévères, telles que l'endocardite infectieuse. L'émergence de souches résistantes, en particulier les SARMs est un phénomène alarmant qui impose une réévaluation des protocoles de traitement antibiotique empirique vu la difficulté de prise en charge thérapeutique malgré leurs sensibilités aux glycopeptides, ainsi que l'absence d'alternatives thérapeutiques en Algérie.

Mots cles
sepsis, staphylococcus aureus, SARM.

Objectif - Introduction
Investigation of urine samples remains a core focus for microbiology laboratories and has largely remained manual in nature. Biomed 21 Dijon undertook an evaluation to assess a modular combination of new technologies to streamline operations. Firstly, the DxM Autoplak was evaluated for streaking of samples, and secondly the APAS Independence was evaluated for the reading and interpretation of culture plates. In this evaluation, the performance of DxM Autoplak to streak BioRad UriSelect 4 and BioMérieux CPSE was compared, and the APAS Independence with CPSE Analysis Module was compared to the routine reading of the UriSelect plate. 

Materiels
Initial DxM Autoplak streaking verification was performed according to ISO 15189 standard where the quality and accuracy was assessed against manual streaking using 60 samples. Similar studies were performed comparing the performance of UriSelect 4 media and CPSE media. Once these performances were verified, comparison of 1) DxM Autoplak + APAS Independence with CPSE Analysis Module and 2) UriSelect 4 + DxM Autoplak streaking as the reference method, was performed using 1520 routine urine samples. A key interest was to assess the performance of the APAS Independence + CPSE Analysis Module to reliably classify E. coli growth when the growth was significant. 

Resultats
DxM Autoplak successfully fulfilled the criteria required for ISO 15189 tests (no cross contamination, bacterial viability preservation, repeatability & reproducibility) and demonstrated an excellent repeatability and standardization of the streaking. The APAS Independence + CPSE Analysis Module demonstrated over 94% of concordance with visual reading and more than 95% of correct classification of E.coli. The discrepancies that occurred were only minor in nature and would not impact on any clinical reporting

Conclusion
DxM Autoplak was a suitable alternative to manual streaking of urine culture plates. The use of the APAS Independence + CPSE Analysis module delivered a high level of agreement with the current routine method using UriSelect 4, and demonstrated the ability to segregate E.coli classification with a high degree of accuracy. A Full WorkStation Automation solution of the DxM Autoplak and APAS Independence was installed and operational in 7 days which included training, instrument setup, and verification activities. 

Mots cles
Automation, Automated plates reading, Automated streaking

Objectif - Introduction
L’analyse bactériologique des liquides de ponction (LP) est une étape clef dans la prise en charge diagnostique et thérapeutique du patient. Elle comprend une analyse cytologique, un examen direct (ED) par coloration de Gram et une mise en culture. Depuis quelques années, des méthodes automatisées de numération des LP se développent, capables également de fournir une numération des bactéries présentes dans le prélèvement. Notre travail a évalué les performances du module « body fluid » de l’automate de cytométrie en flux UF-4000 (Sysmex) pour la détection de bactéries dans les LP par comparaison à la culture.

Materiels
Cette étude rétrospective au CHU de Rouen a porté sur 952 ascites, 307 liquides céphalo-rachidien (LCR) dont 270 sur dérivation ventriculaire, 47 liquides de dialyse péritonéale (LDP), 181 pleuraux et 247 articulaires. Nous avons comparé la numération bactérienne de l’UF-4000 en bactéries/µL avec la culture. Des courbes ROC ont été tracées afin d’établir un seuil de détection pour chaque LP et déterminer la sensibilité (Se), spécificité (Spe), valeur prédictive positive (VPP) et négative (VPN), et rapport de vraisemblance positive (RVP) pour chaque seuil.

Resultats
La numération bactérienne par l’UF-4000 était corrélée quantitativement avec le nombre de colonies en culture et significativement plus faible dans les LP stériles (médiane 55/µL) qu’en cas de culture positive (médiane 232/µL) (test de Mann-Whitney p<0,00001). Pour chaque liquide, des valeurs seuils de détection bactérienne ont été définies à partir des courbes ROC : 80 bactéries/µL pour les LCR, 100 pour les ascites et LDP, 250 pour les pleuraux et 1000 pour les articulaires. Pour tous les liquides, les aires sous la courbe de la détection bactérienne vs la culture étaient supérieures à 0,80, les indices de Youden > 0,55, les Spe > 0,75 et les VPN > 95%. Les Se variaient de 0,70 à 0,86 avec des RVP variant de 3 à 31

Conclusion
La détection bactérienne par l’UF-4000 des LP est spécifique, rapide et corrélée avec la culture. Cette méthode pourrait donc à terme être utilisée en complément des méthodes standards afin de rapidement pouvoir exclure une infection, voir éviter la réalisation d’un ED chronophage et peu sensible en cas de numération bactérienne inférieure aux valeurs seuils proposées.

Mots cles
Liquides de ponction
Numération bactérienne
Cytométrie en flux
UF-4000
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
antibiogramme ciblé – infection urinaire- ECBU

Objectif - Introduction
L’analyse biologique des liquides articulaires (LA) est un élément crucial pour le diagnostic des arthrites septiques. Les recommandations insistent sur l’importance de la cytologie des LA pour ce diagnostic. Cependant aucun seuil discriminant n’a été établi. 
La « méthode de référence » pour la numération cellulaire est un compte manuel à l’aide d’une cellule Kova. Cet examen est long et nécessite un personnel qualifié et expérimenté. Nous avons évalué, sur une période de 7 mois, les performances de l’Iris iQ®200 et comparé ces résultats à la méthode microscopique manuelle

Materiels
De Novembre 2021 à Juin 2022, tous les LA provenant d’une articulation native, prélevés sur tube sec ou hépariné ont été inclus. La numération leucocytaire a été effectuée manuellement sur cellule Kova et parallèlement avec l’Iris iQ®200. Pour l’analyse par l’Iris iQ®200, une première étape de fluidification suivie de deux dilutions de l’échantillon étaient nécessaires. L'analyse iQ®200 consiste à effectuer un comptage microscopique des cellules en faisant passer un petit volume de chaque dilution à travers une cellule de mesure placée devant l'objectif du microscope. Une caméra vidéo enregistre 500 champs par échantillon

Resultats
Sur la période d’étude, 186 LA ont été inclus, 55 % sur tube sec et 45 % sur tube hépariné. Les caractéristiques des patients inclues ainsi que les données cliniques et biologiques sont présentées dans le Tableau 1. Le coefficient de corrélation entre ces 2 méthodes était satisfaisant 0.8634 (Figure 1). Cependant, la méthode du Bland Altman, montre une surestimation de la valeur leucocytaire en utilisant l’Iris iQ®200 par rapport à la méthode manuelle lorsque que celle-ci est élevée (Figure 2)

Conclusion
L’utilisation de l’Iris iQ®200 pour la cytologie des LA semble être une bonne alternative à la méthode de référence. Cette technique est facile d’utilisation et rapide. Cependant, un point de vigilance doit être apporté sur une probable surestimation de la valeur des leucocytes en cas de liquides articulaires purulents

Mots cles
Liquides articulaires- Iris iQ®200 Elite – numération leucocytaire

Objectif - Introduction
Les échantillons urinaires représentent 75 % de la routine de notre laboratoire de bactériologie et peuvent être impliqués jusque dans 40% des infections nosocomiales.
L’automatisation des plateaux techniques de microbiologie pour la prise en charge des prélèvements urinaires a fortement évoluée ces dernières années avec l’utilisation de systèmes d'incubation et d'imagerie automatisés, combinés à l’utilisation de milieux chromogéniques.
Avec l’avènement de l’intelligence artificielle, la possibilité de rendre des résultats cliniques plus rapides devient réellement concrète et permet ainsi une meilleure prise en charge du patient.

Materiels
8848 échantillons urinaires ont été ensemencés sur gélose CHROMID®CPS, pris en charge par la chaine WASPLab® puis analysés par le logiciel PhenoMATRIX™  après une lecture précoce à 12h d’incubation en comparaison avec une lecture visuelle des images.
Les échantillons ont été classés en 6 catégories principales selon les règles d’interprétation du laboratoire: Négatif, Escherichia coli,  groupe KESC  (Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Citrobacter), réincubation+24h/pousse fine, réincubation+24h + PVX/COS et envoi en lecture.

Resultats
Parmi les 8848 échantillons, 5174 (58,5%) ont été classifiés par PhenoMATRIX™.
3934 ont été identifiés comme négatif par les utilisateurs et 3936 par PhenoMATRIX™, équivalent à une sensibilité de 99.95%.
Concernant les échantillons positifs, la sensibilité et la spécificité de PhenoMATRIX™ pour la détection des E.coli (N=808) était respectivement de 99,9% et 99.25%. Concernant les KESC (N=113), la sensibilité et la spécificité de PhenoMATRIX™ était respectivement de 99,9% et 96.5% .Le pourcentage global de concordance sur l’ensemble des catégories était de 97.4%.

Conclusion
Les excellentes performances obtenues par la lecture à temps précoce des CHROMID®CPS associée à l’utilisation du PhenoMATRIX™ permettent de gagner jusqu’à 6h dans le diagnostic des infections urinaires avec une sensibilité de détection des E.coli de 100% et apportent une réelle valeur ajoutée pour la mise en place rapide d’un traitement adéquat pour le patient.

Mots cles
Géloses chromogènes (CHROMID®CPS Elite), Automatisation (WASPLab®), Intelligence artificielle (PhenoMATRIX™), Temps d’incubation réduit

Objectif - Introduction
L’identification rapide des bactéries directement à partir des flacons d’hémocultures positifs permet désormais une première réadaptation rapide de l’antibiothérapie des bactériémies. L’obtention en quelques heures d’un antibiogramme complet pourrait encore améliorer les pratiques en accélérant la mise en place de l’antibiothérapie définitive. Le panel Gram négatif du système automatisé ASTar® (Q-Linea) contient 23 antibiotiques (dont le ceftazidime-avibactam et le ceftolozane-tazobactam). Il permet d’obtenir des résultats de CMI par microdilution en milieu liquide (6 à 14 dilutions consécutives testées) en environ 6 heures pour 14 espèces de BGN. Nous avons évalué les performances de ce système sur 54 hémocultures positives à BGN: 41 hémocultures prospectives et 13 hémocultures artificielles contenant des souches porteuses de mécanismes de résistance variés (7 CTX-M, 1 céphalosporinase déréprimée, 1 OXA-48, 1 NDM, 1 VIM).
 

Materiels
L’antibiogramme a été initié dès l’obtention du Gram. L’identification rapide des bactéries a été réalisée par spectrométrie de masse MALDI-TOF sur culot d’hémoculture positive (protocole maison avec lyse par saponine à 5%). Les résultats obtenus ont été comparés aux 2 techniques de référence du laboratoire: antibiogramme par diffusion réalisé directement à partir du flacon d’hémoculture et antibiogramme automatisé en microdilution (BD Phoenix®) réalisé à partir de sub-culture. 

Resultats
Un antibiogramme ASTar® a été obtenu pour 50/54 (93%) flacons : 42 Enterobacterales, 2 Acinetobacter spp et 6 Pseudomonas aeruginosa (antibiogramme en échec pour 4 hémocultures prospectives : 3 Bacteroides spp et 1 K. pneumoniae). Les taux de concordance de catégorisation et le nombre d’erreurs très majeures (ETM), majeures (EM) et mineures (Em) sont présentés dans le tableau 1. Parmi les erreurs les plus fréquentes, 2 ETM ont été observées pour l’amikacine, 2 EM pour le cefepime, l’aztréonam et la piperacilline-tazobactam, et 2 Em pour la ceftazidime et la ciprofloxacine.

Conclusion
Le système ASTar semble performant et adapté pour l’obtention d’antibiogramme en 6h à partir de flacons d’hémocultures positifs à BGN. Ces premiers résultats devront être complétés par des études plus larges.

Mots cles
Hémocultures; Antibiotiques; Rapid antimicrobial susceptibility testing (RAST); Diagnostic rapide

Objectif - Introduction
La prise en charge du patient bactériémique est une urgence thérapeutique nécessitant la mise en place rapide d’une antibiothérapie probabiliste qui sera réévaluée et adaptée aux résultats de l’antibiogramme (ATB) 18-24 heures après la positivité de l’hémoculture (HC). Notre objectif est d’évaluer les performances de l’automate ASTar (Q-LINEA, Thermofischer) qui permet d’obtenir un ATB en 6h à partir des HC positives à Bacilles à Gram Négatif (BGN).

Materiels
Notre étude a été menée en avril 2022 dans le laboratoire de Bactériologie des hôpitaux Saint Louis-Lariboisière (Paris). Soixante-quatre HC positives à BGN ont été étudiées dont 33 HC non répétitives incluses prospectivement et 31 créées artificiellement avec des souches de BGN caractérisées par leur mécanisme de résistance. Les CMI obtenues par l’ASTar ont été comparées aux résultats des diamètres obtenus par la technique de diffusion réalisées sur flacon d’HC (disque biorad, Adagio). En cas de discordance, une CMI en Etest (Biomérieux) ou microdilution en milieux liquide (UMIC, Biocentric) a été réalisée. Les CMI et les diamètres d’inhibition ont été interprétés selon l’EUCAST/CASFM 2021.

Resultats
Les résultats ont été obtenus pour 44 entérobactéries, 9 P. aeruginosa, 5 A. baumannii et 1 H. influenzae et étaient invalides pour 5 HC. Un large panel de phénotypes de résistances était représenté dont 23 profils sauvages, 7 céphalosporinases hyperexprimées, 10 carbapénémases, 7 BLSE et 12 autres phénotypes. Au total, 955 sensibilités aux antibiotiques ont été analysées, avec 0,5% d’erreurs très majeures (ETM), 1,1% d’erreurs majeures, 1,9% d’erreurs mineures et un taux de concordance à 96,5%. On retrouve 2/53 (3,8%) ETM avec la Pipéracilline-Tazobactam chez E. coli et E. cloacae probablement liée à une sensibilité limite avec des CMI à 8mg/L (Astar) et 16mg/L (Etest) proche du seuil critique. Un défaut du système expert a entrainé 5,3% ETM pour les aminosides (3,4% pour l’Amikacine et 1,9% pour la Tobramycine chez S. marcescens).

Conclusion
L’ASTar rend un résultat, en moyenne, 18,6h plus tôt que la méthode de référence avec d’excellentes performances. Une identification préalable de l’espèce bactérienne est nécessaire pour tout rendu d’ATB. L’impact clinique de cette nouvelle méthode d’ATB doit être évaluée afin de trouver sa place dans la pratique clinique au laboratoire.

Mots cles
BGN, antibiogramme rapide, résistances, hémocultures

Discordances observées entre les résultats de sensibilité aux antibiotiques obtenus avec l'ASTar et la méthode de diffusion en disques

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Antibiogramme, hémoculture, Reveal, adaptation thérapeutique

Objectif - Introduction
Le système automatisé FAST^TM (Qvella) permet d’obtenir une suspension bactérienne de fort inoculum (Liquid Colony™) à partir d’une hémoculture positive (HCP) pour réaliser en quelques minutes une identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF et un antibiogramme. Nous avons évalué prospectivement les performances de ce système (F) et d’un protocole maison (M).

Materiels
100 flacons d’HCP provenant de patient hospitalisés entre avril et juillet 2022 ont été testés. Une suspension bactérienne de fort inoculum a été obtenue à partir de 2ml (F : cartouche automatisée) ou d’1mL d’HCP (M : lyse avec 200µL saponine 5%, centrifugation et lavage du culot, suspension dans 50µL d’eau stérile). 1µL de suspension liquide a été déposé pour l’identification. Puis une suspension bactérienne à 0.5 Mc Farland (1 Mc Farland si bactérie anaérobie) a été réalisée pour ensemencer un antibiogramme par diffusion (et un antibiogramme automatisé BD Phoenix^TM en cas de Staphylocoque ou Entérocoque). Le panel d’antibiotiques a été choisi en fonction de l’identification (ou du Gram en cas d’échec). Les résultats obtenus ont été comparés aux techniques de référence du laboratoire: ID par MALDI-TOF sur subculture, antibiogramme par diffusion réalisé directement à partir du flacon (BGN, entérocoques, streptocoques et staphylocoques) ou à partir de subcultures (autres espèces dont les anaérobies) et antibiogramme automatisé BD Phoenix^TM réalisé à partir de sub-culture (Staphylocoque et Entérocoque).

Resultats
Une identification fiable a été obtenue pour 83/93 (89%) HCP monomicrobiennes (Tableau 1) et il y avait 7 hémocultures polymicrobiennes. Un antibiogramme par diffusion a pu être lu et interprété pour 85/91 HCP monomicrobiennes (dont 5 bactéries anaérobies). Un antibiogramme automatisé a été obtenu pour 33/36 (système FAST^TM) ou 30/36 (protocole maison) HCP à staphylocoque ou entérocoque. Les taux de concordance de catégorisation clinique et le nombre d’erreurs observées sont listées dans le Tableau 1.
 

Conclusion
Le système Fast^TM et le protocole maison sont performants pour la réalisation d’une identification et d’un antibiogramme direct, à partir de flacons d’HCP monomicrobiens pour toutes les bactéries identifiées. Le système FAST^TM permet un gain de temps technique en réalisant de façon automatisée les étapes de préparation de la colonie liquide.

Mots cles
bactériémie, sepsis, identification rapide, antibiogramme

Tableau 1 : Résultat d’identification et d’antibiogramme sur colonie liquide obtenus directement à partir des flacons d’hémocultures monomicrobiens

Objectif - Introduction
Lors de bactériémies, la détermination du profil de résistance de la bactérie incriminée représente une étape cruciale. La rapidité de l’obtention de l’antibiogramme conditionne la bonne adaptation du traitement antibiotique et l’optimisation de la prise en charge des patients bactériémiques. Un antibiogramme standard à partir du flacon d’hémoculture requiert une durée d’incubation moyenne de 18 heures. Le dRAST® (QuantaMatrix Inc., Séoul) est une méthode commerciale permettant l’obtention d’antibiogrammes rapides avec mesure de CMI, dès 4 heures d’incubation, directement à partir de flacons d’hémocultures positives.

Materiels
Cette étude a pour but d’évaluer l’automate dRAST® dans les conditions de routine du laboratoire de bactériologie du CHU de Reims. 80 antibiogrammes rapides dRAST® ont été réalisés sur les flacons d’hémocultures positives à bacilles Gram négatif ou cocci Gram positif du 23 juin au 28 juillet 2022, en parallèle de la réalisation d’un antibiogramme standard (en milieu gélosé ou avec VITEK® 2 XL).

Resultats
Parmi les 80 antibiogrammes dRAST®, 65 ont pu être analysés : 25 Staphylococcus, 5 Enterococcus, 33 entérobactéries, 1 Acinetobacter junii et 1 Stenotrophomonas maltophilia. Pour chaque catégorie de bactéries, 3 groupes ont été différenciés en fonction du niveau de concordance de l’antibiogramme dRAST® avec l’antibiogramme standard : 1) parfaitement concordant 2) présence de discordances mineures, concernant des antibiotiques non utilisés en première intention dans les bactériémies 3) présence de discordances majeures, concernant des antibiotiques de première ligne utilisés sur les bactériémies et pouvant avoir un impact sur la prise en charge du patient (exemples de discordances majeures : discordance concernant la Pipéracilline-Tazobactam chez les entérobactéries ; discordance sur la méticillino-résistance chez les Staphylococcus) (Tableau 1). 

Conclusion
Pour chaque discordance analysée, des tests complémentaires ont été effectués afin de trouver des mesures de corrections spécifiques et ainsi d’optimiser la place du dRAST® au sein d’un laboratoire dans des conditions de routine.

Mots cles
Hémoculture, bactériémie, antibiogramme rapide

Tableau 1 : Comparaison et évaluation de la concordance entre l’antibiogramme rapide dRAST et l’antibiogramme standard (en milieu gélosé ou avec VITEK® 2 XL) à partir de flacons d’hémocultures positives.

Objectif - Introduction
Dans la prise en charge des bactériémies à BGN, l’identification du germe dans la journée est maintenant la norme mais ne renseigne en rien sur les résistances acquises qui restent en constante augmentation (C3G, pipéracilline-tazobactam, pénèmes…). Une CMI rapide et fiable d’emblée serait un critère majeur dans le choix de la β-lactamine la plus appropriée pour le patient.

Materiels
Au CHU de Poitiers, tout nouvel épisode de bactériémie à BGN a été inclus prospectivement entre le 01/03/2022 et le 24/08/2022. Dès la visualisation de BGN à la coloration de Gram, 100µL du flacon (BACT/ALERT® bioMérieux) d’hémoculture positif étaient directement ensemencés à l’écouvillon sur géloses MH (BioRad) avant dépôt des bandelettes (ETEST® bioMérieux) des différentes β-lactamines. L’incubation dans l’étuve automatisée (WASPLab® COPAN), en air ambiant à 35°C, durait seulement 6h avec une photographie programmée à H3, H4, H5 et H6 (Figure 1). Les CMI ont été comparées à la technique usuelle des ETEST® (inoculum standardisé sur culture de 18h puis lecture après 18h d’incubation). Les CMI étaient lues par 2 biologistes (et par un 3e si discordance) selon les critères du CA-SFM 2021. Les taux d'accord essentiel (EA)/catégoriel (CA), d'erreurs mineures (mE)/majeures (ME)/très majeures (VME) ont été interprétés selon les recommandations de la FDA (CA >90% ; ME <3% ; VME <1,5%).

Resultats
Les 212 bactériémies se répartissaient en 2 groupes: 178 Enterobacterales (112 E. coli) dont 15 résistantes aux C3G et 34 P.aeruginosa ayant une croissance plus lente en subculture. Les performances de MIC-RAST (Tableau 1) ne relevaient aucune ME ni VME, sous réserve d’une croissance suffisante permettant une parfaite lisibilité de l’ellipse d’inhibition, soit à partir de H4 pour les Enterobacterales et H6 pour P. aeruginosa (en gras dans le Tableau 1).

Conclusion
Cette étude associe l’adaptation d’une technique parfaitement connue des laboratoires à la modernité d’une étuve automatisée permettant de réduire encore le délai d’administration d’une antibiothérapie efficace. Ainsi dès la positivité d’un flacon à BGN (Figure 2), MIC-RAST procure une CMI fiable et sa catégorisation (S, SFP ou R) en 4 heures pour les Enterobacterales et en 6 heures pour P. aeruginosa. Pour quelques dizaines d’euros, l’enjeu d’une optimisation thérapeutique dans la journée peut donc être tenu.

Mots cles
MIC-RAST, CMI, bactériémie, hémoculture, résistance

Figure 1 : Lecture des 4 temps d’incubation et lisibilité de l’ellipse d’inhibition.

Tableau 1 : Performances de MIC-RAST pour les flacons positifs à Enterobacterales et à P. aeruginosa.

Figure 2 : Intégration de MIC-RAST dans l’adaptation thérapeutique d’une bactériémie à BGN.

Objectif - Introduction
Pour déployer l’antibiogramme ciblé sur plus de 180 laboratoires en Occitanie nous avons optimisé les capacités d’intelligence artificielle (IA) de 2 middleware de bactériologie. Nous décrivons notre retour d’expérience sur 3 plateaux techniques et plus de 180 00 antibiogrammes en 2021.  

Materiels
Middelware et configuration :  
Bacexpress - Vitek XL, Adagio (BW); Midisya - Vitek XL, Sirscan (MW); Bacexpress - Phoenix, Adagio (BB)  
Répartition des 180 590 antibiogrammes par middelware et plateau technique: 96 543 (BW), 49 510 (MW), 34 537 (BB). 
Algorithme de ciblage et germes :   
Urines : E.coli, P.mirabilis, entérobactéries groupe 2 et 3, Pseudomonas aeruginosa, staphylocoques, entérocoques, streptocoques : 72 728 (BW), 34 615 (MW), 30 367 (BB).  
Autres prélèvements (hémoculture, coproculture, ORL, pus, pulmonaires, génitaux, cutanés) :  9 657 (MW). 

Resultats
L’utilisation d’algorithmes communs mis en place sur 2 middlewares et déployés sur 3 plateaux techniques a permis le ciblage de plus 143 847 antibiogrammes sur l’année 2021 (81,6%).  
Les règles du CA-SFM et les recommandations de la SPILF sont facilement paramétrables en fonction de l’âge, du sexe, des renseignements cliniques, de l’espèce bactérienne et de la nature du prélèvement.  
Ces ciblages concernaient les prélèvements soit urinaires (BW 75,3 % et BB 87,9%), soit urinaires + autres prélèvements (MW 89,4%). 
L’acceptation des ciblages par les prescripteurs était > 99,9% sur les prélèvement urinaires (BW, MW, BB), mais également sur les autres types d’échantillons (MW). Les rares demandes de rajout d’antibiotique ont permis un échange clinico-biologique et une réévaluation des patients par un référant en bactériologie, ils sont majoritairement associés à un défaut de renseignements cliniques plus qu’à une faille sur un algorithme. 

Conclusion
Le ciblage est maintenant automatisable sur des volumes importants (> 150 ATB par jour) en exploitant les capacités d’IA des middelware de bactériologie. Cette automatisation facilite grandement le travail des microbiologistes avec une très bonne acceptation des prescripteurs. Sa généralisation, aux autres espèces qu’Escherichia coli et aux autres types de prélèvements, est possible (MW) et doit contribuer à l’amélioration du bon usage des antibiotiques en pratique de ville et en établissement de soins privés.  

Mots cles
Antibiogramme ciblé, automatisation, middleware, IA 

Objectif - Introduction
Very recently, a novel immunochromatographic detection test, namely carbapenem-resistant K.N.I.V.O Detection K-Set (Goldstream, Beijing Gold Mountainriver Tech Development Co., Ltd.), has been launched onto the European market (CD-XPERT SA, Marcel Grandjean, Luxeuil, France). The K.N.I.V.O Detection K-Set is intended for the detection of the five major carbapenemases (KPC, NDM, IMP, VIM, and OXA-48-like). Here, we evaluated this new immunochromatographic test for the rapid detection of carbapenemase producers in multidrug-resistant Gram-negatives.

Materiels
This study was performed using a representative collection of well-characterized carbapenemase and non-carbapenemase producers of the various clinical Gram-negative species (n=252) from the National Reference Center for Emerging Antibiotic Resistance for Switzerland. This collection included 189/252 Enterobacterales, 1/252 Empedobacter falsenii, 33/252 Acinetobacter baumannii, and 29/252 Pseudomonas aeruginosa. The K.N.I.V.O Detection K-Set assay was performed according to the manufacturer’s recommendations.

Resultats
The K.N.I.V.O Detection K-Set allowed the detection of all KPC, OXA-48-types, NDM, VIM, and IMP-producers (except IMP-2, -8, -13,-19). Noteworthy, this test was able to detect double carbapenemase-producing isolates such as NDM-1 and OXA-48-types, KPC-2 and VIM-1. No false positive was observed among the isolates tested. All the results were obtained within 10-15 min of incubation at room temperature. The overall sensitivity and specificity were found to be 96.8 % (CI95 93.6-98.4%) and 100 % (CI95 79.6-100%), respectively.

Conclusion
This test is rapid, easy to perform, and showed an overall good specificity and sensitivity towards different variants of the five most common carbapenemases identified in Gram-negative bacteria. However, it failed to detect a few IMP producers mostly identified in P. aeruginosa. It is suitable for microbiology laboratories with the use of the broad-spectrum carbapenemase screening rapid tests based on biochemistry.

Mots cles
Carbapenemase, immunochromatographic assay, carbapenem-resistant Enterobacterales, K.N.I.V.O. Detection K-Set Assay

Objectif - Introduction
Les tests rapides immunochromatographiques ont révolutionné la caractérisation phénotypique des carbapénèmases puisque en moins de 15 min sont détectées les cinq principales enzymes incriminées chez les BGN. Toutefois, il est possible que certains isolats coproduisent deux carbapenèmases. L’objectif de ce travail est d’évaluer la capacité de ce test à caractériser ces carbapénèmases chez des souches coproduisant deux enzymes. 

Materiels
Une collection de 34 BGN coproduisant deux carbapénèmases a été constituée : 18 K.pneumoniae coproduisant NDM + OXA-48, 13 Acinetobacter baumannii coproduisant NDM + OXA-23, une souche d’Acinetobacter baumannii coproduisant NDM + OXA-24 et une autre coproduisant NDM + OXA-58. Enfin une souche de Pseudomonas aeruginosa coproduisant VIM + IMP. Ces souches ont toutes été confirmées comme coproduisant deux carbapénèmases en recherchant les gènes correspondants par PCR. Toutes ces souches ont été testées avec le test OKNVI RESIST-5 de Coris bioconcept®. Les bandes ont été lues au max avant 15 min (temps limite de lecture recommandé). Le test OXA-23 K-SeT a également été testé avec les souches d’Acinetobacter baumannii.

Resultats
Chez K.pneumoniae seulement 10 souches ont été correctement caractérisées. Si la bande OXA-48 était visible dès les premières minutes pour les 18 souches, seulement 10/18 ont montré une bande NDM clairement visible avant 15 minutes. Les souches restantes (n=8) n’ont montré qu’une très faible bande NDM difficilement visible après 15 minutes alors qu’elles ont été confirmées comme NDM (+) par PCR.
Chez A.baumannii, la bande NDM n’a été clairement visible que chez 12/15 souches. Trois isolats NDM+ OXA-23 ont montré une très fine bande NDM qu’après 15 minutes. Les tests OXA-23 K-SeT ont permis de détecter l’OXA-23 chez toutes les souches (13/13).
La seule souche de P.aeruginosa coproduisant VIM + IMP a été très bien détectée avec deux bandes correspondantes visibles dès les premières minutes.

Conclusion
Ces tests rapides ont clairement facilité la détection des carbapénèmases chez les BGN même chez certains isolats émergents qui produisent plus d’une carbapénèmase. Toutefois, la NDM semble poser un problème de détection par ce test parmi les souches coproductrices. Pour A.baumannii, un test détectant NDM, OXA-23, OXA-24, OXA-58 et OXA-51 serait plus adapté.

Mots cles
Carbapénèmases, coproduction, OKNVI RESIST-5.

Objectif - Introduction
The early detection of CPE as well as the rapid discrimination of the carbapenemase type is a key point to implement hygiene control measures and to quickly adapt the treatment in case of infection. Lateral flow immunochromatography assays (LFIAs) offer numerous advantages, including their easiness, their relative low cost and their rapidity (15 min).
Three commercially available LFIAs able to detect the ‘big five’ carbapenemases (KPC, OXA-48-like, NDM, VIM and IMP) [NG-Test CARBA 5 (NG-Biotech), RESIST-5 K.O.N.V.I (Coris-Bioconcept) and CP-5 (ERA-Bio)] were compared.
 

Materiels
First, 74 carbapenem-resistant Enterobacterales isolates were tested, including 64 CPE (10 VIM, 17 OXA-48, 10 KPC, 10 NDM, 8 IMP, 5 multiple carbapenemase producers and 4 minor class A carbapenemase producers) and 10 non-CPE. All tests were performed on the same day from the same bacterial culture grown on Mueller–Hinton agar (Bio-Rad).
Then, to better evaluate the performances of the two best tests, NG-Test CARBA 5 and RESIST-5 K.O.N.V.I, the number of isolates was extended to 199 isolates.
 

Resultats
On the first set of 74 strains, the sensitivities were 100% (92.4%–100%), 94.9% (84.9%–98.7%) and 89.8% (78.5%–95.8%) and specificities were of 86.7% (58.4%–97.7%), 93.3% (66.0%–99.7%) and 80.0% (51.4%–94.7%) for NG-Test CARBA 5, RESIST-5 K.O.N.V.I and CP-5, respectively.
On the second set of 199 isolates, sensitivities of 99.3% (95.7%–99.9%) and 93.8% (93.8%–96.7%) and specificities of 94.6% (94.2%–98.6%) and 98.1% (88.3%–96.7%) were obtained for NG-Test CARBA 5 and RESIST-5 K.O.N.V.I, respectively. Both tests detected all KPC producers. RESIST-5 K.O.N.V.I failed to detect 4/44 NDM producers, while NG-Test CARBA 5 failed to detect only one. NG-Test CARBA 5 detected all VIM producers, whereas RESIST-5 K.O.N.V.I failed to detect 2/26 VIM and gave low intensity bands for 2 additional strains. NG-Test CARBA 5 detected all IMP-producing isolates, whereas RESIST-5 K.O.N.V.I failed to detect 3/13 isolates and gave low intensity bands for 6 additional strains. Regarding OXA-48 enzymes, both tests exhibited 100% sensitivity.
 

Conclusion
All these tests shared common features, including rapidity and simplicity, but NG-Test CARBA 5 exhibited slightly better performances compared with the other tests, mainly for the accurate detection of MBLs

Mots cles
Carbapenemase, immunochromatographic assays, rapid detection

Objectif - Introduction
The emergence and spread of carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) and more specifically those producing a carbapenemases (CPE) is a major global public-health problem. Ambler class system divides the carbapenemases in 3 classes: class A (mostly KPC enzyme), class B and Class D. Their detection is extremely valuable for providing information to guide  treatment and confirmatory testing. We evaluated the use of a set of rules (one for each class), specifically designed for the VITEK2 systems, to  screen the carbapenemase classes by using MDRO cards containing key markers.

Materiels
Three rules named KPC CARBAPENEMASE, MBL CARBAPENEMASE and OXA-48 Like CARBAPENEMASE were built including up to 14 markers. The input data comes from MIC distributions described in scientific publications and adapted to VITEK2. These rules were all integrated in VITEK 2 system v9.03 using the bioART software module. Eighty characterized (PCR and/or WGS) strains (23 KPC, 25 MBL (8 IMP, 7 VIM, 10 NDM), 18 OXA 48 like and 14 CRE non-CPE were analyzed by using VITEK2 MICs. Sensitivity, specificity and positive predictive value (PPV) were calculated for each class.

Resultats
Sensitivities were 100%, 80%, and 100% for the KPC, MBL and OXA-48 like producers, respectively.  All the missed detection were observed for VIM and IMP and were due to low ceftazidime- avibactam MICs. The specificities vary from 92% for KPC, 94% for OXA-48 like to 100% for MBL. False positives for KPC were associated to 5 CRE non-CPE. False positive for OXA-48 like were associated to 2 CRE non-CPE and 2 VIM. PPV (correct class at single choice) were 85% (17/20), 100% (20/20), 81% (17/21) for the KPC, MBL and OXA-48 like producers, respectively. The 100% PPV for MBL might prevent the use of confirmatory testing for this carbapenemase class. Overall, sensitivity and specificity were 92% and 95%, respectively.

Conclusion
The introduction of new drugs in VITEK2 systems and key drugs in MDRO cards make feasible the screening of the carbapenemase class without the need of specific tests. Results can be obtained concurrently with the regular AST for better antimicrobial guidance. Additional studies are warranted to confirm those results and to implement the knowledge in VITEK2 systems, through bioART and Advanced Expert System software.

Mots cles
KPC CARBAPENEMASE, MBL CARBAPENEMASE ,OXA 48 Like CARBAPENEMASE, VITEK 2 system

Objectif - Introduction
Evaluer rétrospectivement les performances de la spectrométrie de masse ciblée (SMC) comparé au test immuno-chromatographique de détection de Beta Lactamase à Spectre étendue (BLSE) de type CTX-M (CTXMM) dans les bactériémies à Escherichia coli (EC) et Klebsiella pneumoniae (KP).

Materiels
29 et 23 souches d’EC et de KP issues d’hémocultures, identifiées par MALDI-TOF (VITEK-MS) présentant une résistance (R) aux Céphalosporines de 3ieme génération (C3G) et un test CTXM (NGbiotech) (Columbia COS,8h) ont été sélectionnées. Après subculture COS (16-24h), une suspension a été simultanément lysée (billes) et digérée (trypsine) en moins de 15 min. Les échantillons sont injectés en 30min sur un système de chromatographie liquide couplé à un spectromètre de masse (6500+ QTRAP, Sciex). Des peptides spécifiques aux 2 espèces et spécifiques de la résistance aux bêta-lactamines sont ciblés : ACC1, ACT/MIR, CMY, CTX-M, DHA, ESC, FOX3, GES, IMI, IMP, KPC, LAP, NDM, OXA-1, OXA-23, OXA-48, OXA-9, OXY, SHV, TEM, SME, TMB, VEB, VIM.

Resultats
29/29 EC et 23/23 KP ont été correctement identifiées par SMC.
La présence de CTX-M a été confirmée par SMC pour l'ensemble des souches (33 CTX-M-15 et 7 CTXM-14). En plus de CTX-M, des BLSE additionnelles ont été détectées dans 18/39 souches : OXA-1 (n=10), TEM (n=3), ESC (n=1), OXA-48+NDM+OXA-1 (n=1), OXA-1+SHV (n=2), DHA (n=1).
Pour 10/12 souches, l’absence d’une CTX-M a été confirmée en SMC malgré une R aux C3G. Pour ces dernières, les beta-lactamases suivantes ont été détectées en SMC : DHA (n=1) ; ESC (n=3) ; ESC+TEM (n=1) ; ESC+CMY (n=1) ; TEM (n=1) ; SHV (n=1) et VIM (n=2).
2/12 souches présentaient un test CTXMM faussement négatif mais la SMC a permis de détecter CTX-M-14 et CTX-M-15. Néanmoins, le test CTXMM a été répété et s’est avéré positif sur colonies incubées sur COS pendant 20h.

Conclusion
La SMC a permis de confirmer les résultats du test immuno-chromatographique. Elle permet également la détection simultanée de beta-lactamases supplémentaires et la détermination de leurs niveaux d’expression. Le résultat est rendu en moins d’1h et peut être obtenu directement sur les hémocultures détectées positives. Ainsi, la spectrométrie de masse ciblée est un outil prometteur pour l’identification et la détection rapide de la R aux C3G dans les hémocultures.

Mots cles
Test rapide, spectrométrie de masse ciblée, CTX-M, BLSE, Entérobactéries, sepsis

Comparaison des performances du test CTXMM et la SMC

Objectif - Introduction
Emergence and acquisition of resistance to ceftazidime-avibactam (CAZ-AVI), the first-line option for treating severe infections caused by Klebsiella pneumoniae carbapenemase-producing Enterobacterales, is being increasingly reported and may represent a serious cause of notable concern. Therefore, there is a need for rapid methods for the accurate detection of CAZ-AVI susceptibility among multidrug-resistant Enterobacterales including CAZ-AVI resistant carbapenem susceptible KPC variants which turned undetectable by phenotypic carbapenemase detection assays. In the present study, we developed a novel culture-based test namely, the Rapid CAZ-AVI NP test, for rapid detection of CAZ-AVI susceptibility/resistance in Enterobacterales. 

Materiels
The principle of the rapid CAZ-AVI NP test is based on glucose metabolization upon bacterial growth in the presence of a fixed concentration of ceftazidime-avibactam (128/64 µg/ml). Bacterial growth is visually detectable by a red to yellow color change of red phenol, a pH indicator. A total of 97 non-duplicate well characterized enterobacterial isolates obtained from the medical and molecular microbiology, university of Fribourg, Switzerland were used to evaluate the test performance. The enterobacterial isolates included 32 CAZ-AVI resistant (including 5 CAZ/AVI resistant KPC producers) and 65 CAZ-AVI susceptible strains from various clinical sources and from various continents.

Resultats
The sensitivity and specificity of the test were found to be 100% and 98%, respectively, by comparison with the MIC gradient strip test (E-test) taken as the reference standard method. All results are obtained within 2 h 45 min.

Conclusion
The rapid CAZ-AVI NP test showed excellent reliability, excellent sensitivity, and specificity for the identification of CAZ-AVI resistance in Enterobacterales. This test is also rapid (gain of time of 18h as compared to regular testing of CAZ-AVI susceptibility), easily interpretable, and implemented in clinical microbiology laboratories without requiring any specific equipment.
Keywords: Susceptibility testing; rapid diagnostics; ceftazidime-avibactam; Enterobacterales 

Mots cles
Susceptibility testing; rapid diagnostics; ceftazidime-avibactam; Enterobacterales 

Objectif - Introduction
Les infections ostéo-articulaires sont des pathologies qui peuvent être responsables de complications sévères nécessitant un traitement long, une réhospitalisation, des risques de reprises chirurgicales, voire de handicap permanent. Le diagnostic microbiologique par la culture reste la référence. Cependant, il se heurte à de nombreuses limites : incomplet pour les microorganismes non ou difficilement cultivables, donnant de faux-négatifs, lent avec des délais de rendu des résultats allant jusqu’à 14 jours. Ces inconvénients ont fait explorer la piste du séquençage haut débit mais le NGS se heurte encore à un manque de sensibilité ainsi que des coûts et une expertise élevés non accessible au laboratoire de routine. Dendris a développé une technique de biologie moléculaire couplant une PCR multiplexe à une hybridation sur puce à ADN, automatisée, permettant la détection en 5 heures, d’une vingtaine de pathogènes majoritairement impliqués dans les infections ostéoarticulaires avec indication sur la présence du gène de resistance à la méticilline .
 

Materiels
Les performances de la DendrisCHIP OA ont été évaluées par rapport aux méthodes bactériologiques conventionnelles à partir de prélèvements provenant de service de chirurgie orthopédique. Lorsque nécessaire, certains résultats ont été vérifiés par une troisième technique (NGS ou PCR temps réel).
 

Resultats
Les résultats sur 333 échantillons (publiés dans MDPI Diagnostics en mai 2022) puis sur plus de 150 échantillons obtenus lors d’une étude clinique, démontrent une cohérence de 79 à 96% entre la bactériologie classique et la DendrisCHIP OA et des limites de détection en accord avec les exigences des cliniciens. Le rendu de résultats à J+1 est un atout majeur dans la prise en charge des patients.
 

Conclusion
Le DendrisKIT OA, est aujourd’hui un des premier test moléculaire syndromique sur le marché pour la recherche des infections ostéoarticulaires (marquage CE obtenu en mai 2022). Il apporte un vrai progrès médical, économique et organisationnel pour tous : laboratoire, patient et clinicien répondant ainsi à un enjeu de santé publique. Une étude multicentrique avec l’HAS et les centres de référence en infections ostéoarticulaires est en cours de discussion pour mesurer l’apport médico-économique de cette technologie.
 

Mots cles
Infections ostéoarticulaires / test moléculaire syndromique / DMDIV / DendrisCHIP
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
méningite encéphalite multiplex PCR diagnostic

Objectif - Introduction
La maladie de Whipple est une maladie infectieuse chronique rare due à Tropheryma whipplei, caractérisée par la triade : arthralgie qui précède le diagnostic de 6 à 7 ans, une diarrhée chronique avec amaigrissement et une fièvre prolongée inexpliquée. La méthode de diagnostic de référence est la reconnaissance histologique de la bactérie libre ou phagocytée dans les macrophages de la muqueuse duodénale après coloration à l’acide périodique et réactif de Schiff. La PCR sur différents prélèvements tels que le sang total, la salive, les selles ou une biopsie duodénale contribue au diagnostic. Le but de notre étude était d’automatiser la PCR Whipple sur l’automate Panther Fusion^® Open Access et de valider la méthode.

Materiels
Les oligonucléotides TW27F et TW182R et la sonde 27F-182R décrits par Fenollar et coll (JID 2008) ont été choisis.
Une selle positive a été utilisée pure pour la reproductibilité inter-opérateur, la stabilité, la contamination croisée et comparer différents prétraitements, selles dans le tampon Multitest^®, selles en fecalswab^® et selle en fécalswab^® dans le tampon Multitest^®. La selle était pure, diluée au 1/10ème, au 1/100ème, 1/1000ème et au 1/10000ème pour la sensibilité et la comparaison de méthode. La répétabilité a été effectuée avec une souche de Escherichia coli contenant un plasmide hébergeant un fragment de la cible (témoin positif).
Des prélèvements de salive, de biopsie et de LCR « spikés » avec le témoin positif ont été testés pour valider la méthode sur des matrices différentes.

Resultats
Pour la reproductibilité inter-opérateur, la répétabilité, la stabilité ainsi que la contamination croisée, les différences de Ct des tests entre eux pour chacune des opérations étaient inférieures à 1,66, correspondant à une variation égale à 0,5 log, valeur limite acceptée. La selle est sortie positive même pour la dilution au 1/10000ème. Concernant la comparaison de méthode, le résultat était positif quel que soit la dilution et la méthode. Il est à noter que les Ct étaient plus faibles avec le Panther Fusion^®, quel que soit la méthode de prélèvement utilisée, comparés à notre méthode actuelle, PCR maison sur automate Smart Cycler II^®.

Conclusion
La méthode a été validée, permettant d’automatiser la PCR Whipple quel que soit la matrice en utilisant le Panther Fusion^® Open Access avec un résultat en environ 2h30.
 

Mots cles
Whipple, automatisation, PCR, Panther Fusion^® Open Access

Objectif - Introduction
La caractérisation rapide des agents pathogènes à partir d’hémocultures positives peut améliorer la prise en charge des patients atteints de bactériémies/septicémies. Notre but était d'évaluer les performances du test d’identification de l’hémoculture BioFire®FilmArray®System en le comparant à la culture classique et  l’impact de ses résultats sur la prise en charge et le pronostic des malades

Materiels
Étude prospective incluant les hémocultures positives provenant du service de réanimation de brûles sur une période allant du 11 Janvier 2022 au 08 Mars 2022. Pour chaque hémoculture positive un test moléculaire était fait parallèlement à une culture et un antibiogramme classiques. Chez le même malade, un délai  de 3 jours entre deux hémocultures positives a été respecté avant de refaire le test moléculaire. Les germes ainsi que les gènes de résistance recherchés par le test moléculaire sont résumés dans l’annexe 1.

Resultats
Au total, 42 malades ont bénéficié de 63 tests moléculaires. Le sexe ratio H/F était de 2,5. L’âge moyen était de 35,4 ans(± 20,9). Le délai de communication des résultats du test moléculaire était d’une1h et 9 minutes contre 86het 12 min pour la culture classique, soit un gain de temps de 85h. La concordance d’identification totale était de60,3% . Ce taux passait de 67,3% en cas de culture monomicrobienne à 27,3% en cas de culture polymicrobienne. Pour la détection des mécanismes de résistance, une concordance totale de 52,5% a été retrouvée : la détection de béta-lactamase à spectre étendu, de carbapénèmase et de Staphylococcus résistant à la méticilline a été faite dans 3/6, 10/16 et 5/7 des cas respectivement. La modification de l’antibiothérapie selon le résultat du test Biofire® a eu lieu chez 28,6% malades. Celle-ci était faite en moyenne après37h et 30 min de la réception du résultat du test Biofire®.Chez 100% de ces malades une réponse favorable a été notée. Le taux de décès était significativement plus bas pour la population ayant une concordance d’identification Biofire®/culture classique (p=0,016). Le nombre de survivants était significativement plus élevé chez les patients ayant eu une bonne réponse à l’antibiothérapie suite à son adaptation au résultat Biofire®(p=0,04)

Conclusion
Notre étude a montré un gain de temps dans l’orientation de la prise en charge des malades brulés. Ceci semble améliorer le pronostic des malades.

Mots cles
Hémoculture,culture,Biofire

Annexe 1 : Les germes ainsi que les gènes de résistance recherchés par le test moléculaire

Objectif - Introduction
La résistance aux péniA chez Campylobacter jejuni et Campylobacter coli est liée à la présence dans le chromosome bactérien de la béta-lactamase (BL) blaOXA61 qui s’exprime si la mutation G63T est présente dans son promoteur. En France pour la période 2017-2021, respectivement 33,4% et 28,0% des souches de C. jejuni et C. coli étaient résistantes à l’ampicilline. Aussi la résistance à l’amoxicilline-acide clavulanique (AMC) est rarissime chez Campylobacter (0,1% au CNR toutes espèces confondues, données 2017-2021).
Le but de ce travail a été d’identifier le mécanisme de résistance à l’AMC de 3 souches de C. coli reçues au CNR entre 2017 et 2021.
 

Materiels
En plus des 3 C. coli AMC-R, ont été inclues : 5 C. coli AMP-R_AMC-S, 5 C. coli AMP-S_AMC-S dont la CCUG 11283. Onze souches de C. jejuni AMP-S_AMC-S (dont la CCUG 11284) et 10 C. jejuni AMP-R_AMC-S ont également été inclues. Les génomes ont été séquencés sur Iseq100 et analysés grâce au pipeline bioinformatique du CNRCH. Une approche par spectrométrie de masse (SM) a été conduite pour quantifier le niveau d’expression de la BlaOXA61.
Des suspensions bactériennes issues de cultures sur gélose ont été lysées aux ultrasons et les protéines digérées à la trypsine. Les digestats ont été analysés par chromatographie liquide couplée à la SM ciblée (QTRAP6500+, Sciex). La quantification relative de l’expression de la BL a été réalisé par normalisation du signal des peptides de BlaOXA61 avec le signal des peptides ribosomiques spécifiques des Campylobacter.
 

Resultats
Comme attendu, blaOXA61 + G63T a été identifiée dans le génome des souches de C. coli et C. jejuni AMP-R_AMC-S et blaOXA61 seule pour les souches AMP-S. Les 3 souches de C. coli AMP-R_AMC-R possédaient une blaOXA61 + G63T avec une délétion supplémentaire A51 dans la région promotrice. Par SM, une expression significativement plus élevée de BlaOXA61 a été mesurée pour les souches de C. coli AMP-R_AMC-R en comparaison aux souches de C. coli AMP-R_AMC-S (p=0.0159, test de Mann-Whitney). Pour C. jejuni une différence significative d’expression de BlaOXA61 entre les populations AMP-S et AMP-R est identifiée.

Conclusion
L’approche combinée génomique-protéomique a permis d’identifier le mécanisme de résistance à l’AMC chez Campylobacter. Ce mécanisme reste rarissime chez Campylobacter.
 

Mots cles
Campylobacter, résistance, génomique, spectrométrie de masse

Objectif - Introduction
Chez Pseudomonas spp, les oxacillinases de spectre élargi (ES-OXA) sont très fréquentes contrairement aux carbapénémases (CHDL), bien connues chez les Enterobacterales. Seules de rares OXAs (OXA-198 et OXA-677) possédant une activité carbapénémase ont été décrites chez des souches de P. aeruginosa. Cette étude rapporte un nouveau variant d’OXA produit par 3 souches de P. oleovorans possédant une activité carbapénémase et ES-OXA.

Materiels
Trois souches de P. oleovorans ont été isolées de dépistage rectaux chez 3 patients hospitalisés en France en 2019 et 2021. Le contenu génétique des 3 souches a été séquencé (Illumina) et le gène blaOXA codant le nouveau variant a été amplifié et cloné dans le plasmide pUCP24. Le plasmide recombinant a été transféré chez la souche de référence PAO1 et son mutant délété du gène oprD. Les CMIs des antibiotiques ont été déterminées par microdilution en milieu liquide.

Resultats
Les trois souches étaient résistantes de haut niveau aux carbapénèmes et aux céphalosporines anti-Pseudomonas. Elles appartenaient au même clone et hébergeaient un nouveau variant d’OXA, dénommé OXA-1057 présentant 84% d’identité de séquence en acides aminés avec OXA-198. L’expression du gène bla_OXA-1057 chez la souche PAO1 conduisait à une augmentation de 2 fois la CMI de l’imipénème et de 8 fois celle du méropénème (CMI = 2 mg/L). Par ailleurs, les CMIs de toutes les céphalosporines anti-Pseudomonas incluant le céfidérocol étaient augmentées de 2 à 32 fois (CMI de la ceftazidime = 8 mg/L). Seule l’addition d’avibactam et de zidébactam a permis de diminuer de 4 fois la CMI de la ceftazidime et de 8 fois celle du céfépime. A noter que la production d’OXA-1057 en l’absence de la porine OprD aboutissait à des niveaux élevés de résistance aux carbapénèmes chez la souche PAO1. Le gène bla_OXA-1057 était l’unique cassette d’un intégron chromosomique sédentaire, en aval de la séquence d’insertion IS1394.

Conclusion
Ce travail met en évidence qu’une OXA peut posséder un spectre d’activité comprenant les carbapénèmes et les céphalosporines dont celles utilisées en dernier recours chez P. aeruginosa, comme l’association ceftolozane-tazobactam et le céfidérocol. Enfin, les espèces environnementales de Pseudomonas spp. constituent des réservoirs de gènes de résistance pour d’autres espèces plus virulentes.

Mots cles
OXA-1057, Pseudomonas oleovorans, carbapénémase, ES-OXA

Objectif - Introduction
Les polymyxines qui constituent le traitement du dernier recours des infections causées par les Enterobacteriaceae productrices de carbapénémase (EPC). Cependant,L’utilisation massive de la colistine en clinique a entraîné , récemment, l’émergence mondiale d'une résistance susceptible de contribuer davantage à l'échec thérapeutique. L'objectif de cette étude était de mettre en évidence le support génétique de la résistance à la colistine des souches de Klebsiella pneumoniae productrices de carbapénémases (CPKp) isolées au CHU d'Annaba.

Materiels
Huit souches de CPKp ont été collectés chez des patients hospitalisés à l'hôpital Ibn Rochd (Annaba, Algérie). Les isolats ont été identifiés par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été effectués par la méthode de diffusion de disques . De plus, les concentrations minimales inhibitrices d'imipénem et de colistine ont été déterminées. La production de carbapénémase a été déterminée par le test Carba NP modifié. Les gènes de carbapénémases et de BLSE ont été criblés par PCR en temps réel. Pour identifier les mécanismes de résistance à la colistine, les gènes de résistance à la colistine à médiation plasmidique (mcr) ont été criblés par PCR multiplex. De plus, l'étude des mutations chromosomiques dans mgrB, pmrA/B et phoP/Q a été réalisée en utilisant la PCR standard et le séquençage. Les éléments de séquence d'insertion (IS) dans le gène mgrB ont été étudiés à l'aide du site Web ISfinder. Enfin, la relation clonale entre les souche a été déterminée par MLST

Resultats
Notre étude présente le premier rapport de résistance à la colistine et sa caractérisation moléculaire complète des souches cliniques Klebsiella pneumoniae produisant de l'OXA-48 et des BLSE dans un hôpital algérien. Il a montré une mutation ponctuelle spécifique dans pmrB et a confirmé le rôle des séquences IS interrompant mgrB dans la résistance à la colistine.

Conclusion
L'émergence de résistances aux carbapénèmes et à la colistine en Algérie est préoccupante. Le contrôle des infections doit être mis en œuvre pour éviter la propagation de clones spécifiques hébergeant une telle résistance.
 

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, résistance aux antibiotiques, Carbapénémases ,colistine

Objectif - Introduction
Acinetobacter baumannii est un pathogène nosocomial redoutable vu sa capacité à disséminer et persister durablement dans l’environnement hospitalier, sa résistance aux désinfectants et aux antibiotiques, et sa propriété biofilmogène.
L’objectif de ce travail était de déterminer les principaux gènes de virulence et caractériser le pouvoir de formation de biofilm chez les souches d’A.baumannii responsables de bactériémies dans les USIs du CHU Habib Bourguiba Sfax (HBS) Tunisie entre 2002-2020.
 

Materiels
Nous avons inclus dans notre étude 261 souches d’A. baumannii pour lesquelles les complexes clonaux (CC) ont été déterminés par PCR multiplex de Martins et al.. Les principaux gènes de virulence ont été détectés par PCR. La détermination de formation de biofilms a été réalisée par la méthode de microplaque selon Stepanovic et al.
 

Resultats
Les gènes de virulence paaE (81%), hcp (73%) et tssM (74%) étaient fortement présents chez les souches étudiées; d’autres moyennement présents, adeG (55%) et pglC (64%) et certains faiblement présents comme les gènes bauA (34%) et cpaA (19%). Les gènes hcp, tssM et paaE ont été fortement détectés dans tous les CC à l’exception du CC113/79 qui à l’inverse possédait une forte proportion des gènes adeG et cpaA. Ces 2 gènes étaient significativement associés aux 2 complexes CC113/79 et CC267/117 (p<0.001). Le gène bauA était sélectivement associé au clone CC109/1 (88%). Les souches appartenant au CC118/2, CC prédominant, étaient les moins riches en gènes de virulence avec une moyenne de 2.72 par souche par rapport à des moyennes de 3.2 à 4.62 pour les autres clones (p < 0.001).
Toutes les 261 souches étudiées étaient productrices de biofilm dont plus de 80% étaient des fortes productrices de biofilm. Les gènes pglC, cpaA étaient significativement plus fréquents chez les souches fortement (68.9%, 22.2%) que les souches faiblement productrices de biofilm (42.8%, 0%), respectivement.

Conclusion
Les souches d’A. baumannii responsables de bactériémies dans les USIs du CHU HBS sont dotées de multiples facteurs de virulence, notamment la forte production de biofilm, qui diffèrent significativement selon les CC circulants.
 

Mots cles
A. baumannii , virulence, biofilm, complexe clonal

Objectif - Introduction
La résistance aux carbapénèmes chez K. pneunomiae est en augmentation. La résistance peut être dûe à la production de carbapénèmase et/ou à une imperméabilité par défaut d’expression de certaines porines. Dans cette étude, nous nous sommes intéressés à la résistance à l’ertapénème chez cette bactérie en association avec le niveau d’expression des porines OmpK36, de OmpK35 et de 11 β-lactamases.
 

Materiels
90 souches sensibles ou résistantes à l’ertapénème du CNR de Clermont-Ferrand ont été sélectionnées. Des suspensions bactériennes normalisées à 4 McF ont été centrifugées afin de préparer un culot bactérien qui est ensuite soumis simultanément à une lyse cellulaire et une digestion enzymatique en 10 minutes dans un système à ultra-sons. Les échantillons ont ensuite été analysés par chromatographie liquide couplée à un spectromètre de masse en mode ciblé (SMC) (Sciex QTrap 6500+). Les 2 porines ont été suivies ainsi que les 11 β-lactamases les plus prévalentes (TEM, SHV, OXA1, DHA, CMY, CTXM, OXA48, VIM, NDM, IMP et KPC). Pour déterminer le niveau d’expression des protéines d’intérêt, la quantification a été normalisée avec les signaux des peptides ribosomiques spécifiques des protéines ribosomiques. Les niveaux d’expression des 2 porines ont ensuite été associées à la concentration minimale inhibitrice (CMI) de l’ertapénème.
 

Resultats
Parmi les 90 souches sélectionnées, 41 étaient résistantes à l’ertapénème. 4 et 44 souches n’exprimaient pas respectivement OmpK36 et OmpK35. De plus, 10 souches exprimaient au moins une carbapénemase et les BLSE et les pénicilinases ont été détectées dans 78 souches. Toutes les souches (n=12) n’exprimant aucune β-lactamase acquise étaient toutes sensibles à l’ertapénème. Nous avons observé une corrélation significative (valeur p =3.5x10-5 pour OmpK36 et 0,009 pour OmpK35) entre faible expression des 2 porines et résistance à l’ertapénème. La porine OmpK36 était un meilleur indicateur d’une CMI élevée que la porine OmpK35.
 

Conclusion
Comme attendu, l’absence de détection des porines OmpK35 et OmpK36 combinée à l’expression d’au moins une β-lactamase entraine une résistance à l’ertapénème. (CMI>8). La SMC permet d’évaluer finement le niveau d’expression des porines et pourrait contribuer à une meilleure compréhension de la résistance aux carbapénèmes par imperméabilité.
 

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, spectrométrie de masse ciblée, porines, ertapénème

Objectif - Introduction
OXA-48-type ß-lactamases are the most prevalent carbapenemase-type in Enterobacterales in Switzerland, predominantly found in Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. Despite the emergence of numerous OXA-48-type variants, the original variant, OXA-48, remains the most prevalent in E. coli. This study describes the epidemiology of OXA-48-producing E. coli isolates submitted to the Swiss National Reference Center for Emerging Antibiotic Resistance (NARA) between January 2019 and December 2020.
 

Materiels
Isolates were submitted to the NARA laboratory, over a 2-year period, from January 2019–December 2020. Whole genome sequencing (WGS) was performed on 55 isolates and data were analysed using the Center for Genomic Epidemiology platform (https://cge.cbs.dtu.dk) and CLC Genomics Workbench (QIAGEN, https://www.qiagen.com). Susceptibility testing was performed by disk diffusion. Long read, Nanopore, sequencing was performed on 2 isolates and hybrid assemblies were generated using UniCycler. Conjugation assays were performed using azide-resistant E. coli J53 as the recipient strain.

Resultats
Fifty-five isolates were subject to WGS and following deduplication (by patient and ST), 47 isolates remained for further analysis. Most isolates were obtained from faeces (n=28), followed by urine (n=9), tissue and fluid (n=6), screening swabs (n=2), respiratory samples (n=1), and one isolate was obtained from an unknown sample type. Susceptibility testing showed that 28 (60%), 3 (6%) and 2 (4%) isolates, were resistant to the carbapenems ertapenem, meropenem and imipenem, respectively. The 47 isolates comprised 25 STs, each with 1-3 representatives, except ST38 for which there were 14 representatives. ESBLs were identified in 24 isolates, mostly CTX-M-type genes. The blaOXA-48 genetic location (chromosomal or plasmid) could be determined for two-thirds (32/47; 68%) of isolates comprising: 13 isolates, with 13 different STs, with a pOXA-48a-like plasmid; 7 isolates, with 5 STs on a ~7.9 kb Col156-type plasmid; three isolates, of 3 STs, on a ~75 kb plasmid named p2-0113481141-OXA48; and 9 isolates were found to have blaOXA-48 encoded on the chromosome.

Conclusion
This study highlights the diverse genetic environments in which blaOXA-48 resides in E. coli in Switzerland, including some plasmid environments that have not yet been well described.

Mots cles
epidemiology, OXA-48, Escherichia coli, carbapenemase

Objectif - Introduction
Les méthyltransférases de l’ARNr 16S (RMT) confèrent un haut niveau de résistance (CMI ≥ 256 mg/L) aux aminosides (AG) (HNRA) et sont associées à la multirésistance. En France, aucune donnée n'existe concernant l'épidémiologie des RMT chez P. aeruginosa (Pa).
Objectif : identifier et caractériser des Pa producteurs de RMT isolés dans deux hôpitaux universitaires parisiens.

Materiels
Entre 2011 et 2021, 10399 isolats Pa ont été collectés au laboratoire du GH Saint-Louis/Lariboisière. Les Pa résistants à l’ensemble des AG ont été sélectionnés sur un milieu gélosé contenant de l’amikacine et de la gentamicine et dans le cas où les bactéries poussaient, les CMI aux AG (gentamicine, tobramycine et amikacine) ont été mesurées par Etest (bioMérieux). Les Pa de HNRA ont été séquencés par la technique Illumina et/ou par la technique Nanopore. Des CMI à 14 antibiotiques ont été mesurées par microdilution en milieu liquide pour 27 Pa produisant une RMT.

Resultats
Au total, 506 Pa pan résistants aux AG ont été retrouvés dont 119 possédant un HNRA incluant 27 Pa producteurs de RMT pour une prévalence de 0,3% sur la période. Les RMT étaient 20 rmtF2, 4 rmtB4, 1 rmtD3 et 1 armA. Les Pa producteurs de RMT étaient sensibles aux associations ceftazidime-avibactam, ceftolozane-tazobactam et à la colistine dans respectivement 44%, 7% et 100% des souches. Les Pa producteurs de RMT appartenaient aux ST235 (n=18), ST773 (n=3), ST316 (n=2), ST357 (n=2), ST308 (n=1) et ST709 (n=1). Les 20 Pa porteurs de rmtF2 étaient tous associés à la BLSE bla_GES-9, dont 18 appartenaient au clone à risque ST235 révélant une épidémie de clones producteurs de RMT dans un service d’hématologie. Parmi les producteurs de RMT, 4 possédaient le gène bla_NDM-1 (3 rmtB4 et 1 rmtD3) incluant deux Pa résistants au céfidérocol. Les environnements génétiques des RMT étaient spécifiques à chaque gène et présents sur le chromosome.

Conclusion
Les RMT ne semblent pas être le mécanisme principal de la HNRA chez Pa. La présence de RMT chez Pa est susceptible d'augmenter en raison de leur présence dans des clones à succès diffusés mondialement et associés à la multirésistance (ST235) ainsi que de la transmission horizontale de gènes de RMT facilitée par des éléments génétiques mobiles présents dans leur environnement.

Mots cles
P. aeruginosa, aminoside, méthylases de l’ARNr 16S, multirésistance

Objectif - Introduction
Au milieu des années 2000, un clone particulier de SARM, le ST398 a été mis en évidence chez différentes espèces animales, dont le porc. En 2008, afin d’estimer le réservoir de SARM à l’échelle des élevages porcins, une enquête de prévalence européenne avait été réalisée. Les prélèvements consistaient en des chiffonnettes de poussières à l’intérieur des bâtiments d’élevage détenant des truies. L’étude a montré que les élevages de porcs français étaient peu porteurs de SARM : 2,70% (5/185 ; IC95% [0,36 – 5,04]) avec des situations contrastées selon les pays (UE : 26,9% ; IC95% [24,4-29,3]). Dans certains pays, une forte augmentation du portage a depuis été rapportée. Afin de juger de l’évolution en France, une nouvelle enquête a été réalisée en 2021 grâce à un financement Ecoantibio du Ministère de l’Agriculture.

Materiels
Un nombre attendu de 75 élevages participants a été estimé pour mettre en évidence une augmentation minimale de la prévalence de 3% (en 2008) à 15% (en 2021). Compte-tenu de l’intervalle de temps entre les deux enquêtes, le protocole standard préconisé a évolué, ainsi que la disponibilité et la nature des réactifs. Cependant, le principe général est resté le même : un enrichissement sélectif des chiffonnettes de poussières en milieu de culture liquide suivi d’un isolement sur une gélose sélective chromogène, étapes réalisées à l’Anses. Les SARM isolés ont ensuite été séquencés.

Resultats
Les échantillons de 76 élevages, tirés au sort sur le territoire national, ont pu être analysés et 33 d’entre eux (43,4% ; IC95% [32,86 – 54,61%]) ont permis l’isolement de SARM. Les souches de 23 élevages actuellement séquencées appartiennent toutes au ST398 et possèdent le gène mecA. Les spa-types se répartissent ainsi : t011 (n=12) ; t034 (n=7) ; t571 (n=2) ; t899 (n=1) et t3041 (n=1).

Conclusion
La prévalence de SARM au sein des élevages de porcs détenant des truies en France a ainsi significativement augmenté entre 2008 et 2021 (p<0,0001), passant de 3% à plus de 40%.
Bien que les protocoles d’analyses au laboratoire ne soient pas strictement identiques entre les deux études, les différences méthodologiques ne peuvent expliquer une telle augmentation. Cela témoigne de la diffusion progressive du SARM au sein du cheptel porcin français et ce indépendamment de la forte réduction de l’usage des antibiotiques mise en œuvre au cours de la même période.

Mots cles
SARM, ST398, porc, prévalence

Objectif - Introduction
Les infections de l’arbre urinaire sont fréquemment rencontrées en médecine clinique. Le choix de l’antibiothérapie probabiliste dépend du type d’infection, des comorbidités ainsi que de l’épidémiologie microbienne et des niveaux de résistance aux antibiotiques. L’objectif de ce travail a été d’évaluer l’épidémiologie de la résistance aux antibiotiques des bactéries isolées d’urines de patients de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA) entre 2019 et 2021, et de comparer ces résultats aux recommandations actuelles.

Materiels
Les données épidémiologiques et microbiologiques ont été collectées entre 01/2019 et 12/2021 via le système de surveillance BALYSES pour l’AP-HM et via le réseau PACASurvE pour la région PACA. Ce réseau est composé de 17 centres hospitaliers et 285 laboratoires de biologie médicale privés de 5 départements. Les souches sans antibiogrammes ont été exclues. Les données ont été analysées avec le logiciel Microsoft Excel et les analyses statistiques réalisées en utilisant le test du Chi2 (p<0,05).

Resultats
Entre 2019 et 2021, 170778 antibiogrammes ont été inclues à partir des données de 145 laboratoires de la région. Les bactéries majoritairement retrouvées étaient E. coli (56,6%), K. pneumoniae (10,5%) et E. faecalis (6,9%). Le niveau de résistance aux antibiotiques pour E. coli et K. pneumoniae était statistiquement plus élevé à l’hôpital qu’en ville, pour tous les antibiotiques testés. La résistance à la fosfomycine et à la nitrofurantoine était de 1,5% et 0,89% pour E. coli, contre 30,9% et 19,4% pour K. pneumoniae. La résistance à la ciprofloxacine était de 7,6% pour E. coli et de 21,8% pour K. pneumoniae. Les souches multi-résistantes étaient plus fréquemment isolées des patients institutionalisés en EHPAD (24.9% vs 6,35 pour E. coli et 29,2% vs 17,6% pour K. pneumoniae, p<0.001). La prévalence des K. pneumoniae multi-résistantes était plus élevée dans les Bouches-du-Rhône (21,7%) que dans les autres départements (9,1-15%) (p<0,01).

Conclusion
L’écologie microbienne et le niveau de résistance aux antibiotiques varient selon les contextes épidémiologiques et cliniques. Ces résultats montrent l’intérêt d’un suivi local de l’épidémiologie microbienne et de l’adaptation des recommandations nationales à l’échelle locale.

Mots cles
Infections urinaires, surveillance, microbiologie clinique, résistance aux antibiotiques, épidémiologie

Objectif - Introduction
Depuis 2017, de nombreux laboratoires français participent aux enquêtes annuelles nationales de surveillance de la résistance du gonocoque aux antibiotiques ENGON menées par le Centre National de Référence des IST bactériennes. Dans ce cadre, la résistance du gonocoque (NG) à l’azithromycine (AZM) est en augmentation et tend à se rapprocher de 10% en 2020 en France. Le pourcentage de souches résistantes à haut niveau de résistance à l’AZM (CMI ≥16 mg/l) a atteint 0,71% en 2020.
L’objectif de notre étude était d’explorer les mutations responsables de la résistance à haut niveau chez le gonocoque en ciblant le gène codant pour l’ARNr 23S chez les souches de gonocoque isolées entre 2018 et 2021.  

Materiels
Les souches ont été séquencées par séquençage haut débit (NGS) et analysées par le pipeline NG-AR2T (Neisseria gonorrhoeae genome Assembly, Resistome, Typing and Tree). Vingt-et-une souches isolées entre 2018-2021 qui avaient une CMI AZM≥4mg/l et/ou une mutation dans l’ARNr 23S ont été incluses dans cette étude. En parallèle, le gène codant l’ARNr 23S a été amplifié et séquencé par séquençage Sanger.

Resultats
Sur les 21 souches étudiées, 16/21 (76,2%) possédaient une mutation du gène rrl. L’exploration des 5 isolats hautement résistants (CMI≥256 mg/L) retrouvait les mutations A2059G (4/5) ou A2058G (1/5) dans l’ARNr 23S. Pour les 16 autres isolats CMI <256 mg/L, la mutation C2611T de l’ARNr 23S était observée pour 11/16 souches avec 4 cas où on constatait une discordance phénotype/génotype (CMI < 1 mg/L avec la mutation retrouvée en NGS non détectée en séquençage Sanger). Les souches étaient toutes sensibles à la ceftriaxone.

Conclusion
L’émergence en France de gonocoque avec un haut niveau à l’AZM est en adéquation avec les augmentations décrites en Europe depuis 2018. La pression de sélection liée à l’utilisation de l’AZM depuis 2012 pourrait être responsable de ces émergences car nous rapportons les mutations A2059G et A2058G responsables de haut niveau de résistance à l’AZM qui n’avaient pas encore été décrites en France. Notre étude conforte l’importance de nouvelles recommandations de traitement des gonorrhées reposant sur une monothérapie par ceftriaxone.
 

Mots cles
Neisseria gonorrhoeae – Azithromycine – Résistance – ARNr 23S

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Mycoplasma genitalium; macrolides; fluoroquinolones, infection sexuellement transmissible, parC
 

Objectif - Introduction
L’émergence de bactéries hautement résistantes notamment les bacilles à GRAM négatif producteurs de carbapénémases (BGNPC) constitue actuellement une menace préoccupante au plan mondial.  L’objectif était de déterminer la prévalence de BGNPC en milieu hospitalier.

Materiels
Il s’agit d’une étude transversale menée de janvier à décembre 2021 au service de biologie médicale du CHU d’Angré. Les souches bactériennes ont été isolées de produits biologiques provenant de malades hospitalisés. L’identification a été faite selon les méthodes bactériologiques standards. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques s’est faite à l’aide d’une méthode automatisée (VITEKMD2 Compact®). Les souches présentant une sensibilité diminuée à au moins une des carbapénèmes ont fait l’objet de détection moléculaire. Les gènes codant pour la production de 5 carbapénémases (KPC, NDM, IMP, VIM, OXA 48) ont été recherchés par PCR.  

Resultats
Sur 2383 échantillons collectés et analysés, 179 souches de bacilles à GRAM négatif ont été isolés. Les principales espèces étaient Escherichia coli (69/179 soit 38,55%), Klebsiella pneumoniae (63/179 soit 35,20%), Enterobacter spp (19/179 soit 10,61%), et Pseudomonas aeruginosa (10/179 soit 5,59%). Ainsi, les entérobactéries prédominaient à 92,74% (166/179).  La prévalence de BGNPC était de 8,94% (16/179). Les gènes se répartissaient comme suit : blaOXA-48 (25%), blaNDM (18,75%), blaVIM (12,50%), blaIMP (12,50%) et blaKPC (6,25%). Cependant, trois souches (18,75%) exprimaient 2 gènes. Une même souche (6,25%) exprimait 3 gènes. Ces souches productrices de carbapénémases étaient résistantes à plusieurs antibiotiques. La résistance associée à la gentamycine était de 81,25% et de 31,25% à l’amikacine. Cette résistance était de 62,5% pour la ciprofloxacine et de 68,75% pour la levofloxacine. La multirésistance était observée dans 75% (12/16) des cas.

Conclusion
La prévalence de BGNPC est relativement élevée dans notre étude. Le gène blaOXA-48 prédominait. La détection de ces bactéries hautement résistantes émergentes devrait se poursuivre afin de contribuer aux stratégies de lutte contre la résistance antimicrobienne.

Mots cles
Bacilles à GRAM négatif- carbapénémases - PCR- milieu hospitalier - Abidjan

Objectif - Introduction
La colonisation des micobiotes, en particulier digestif, par des Bactéries Multi-Résistantes (BMR) constitue un facteur de risque d’infections avec ces bactéries. Cependant, dans une même unité de soin et donc exposés au même risque de colonisation, certains patients ne se colonisent pas. La présence de bactériophages lytiques dans leur microbiote digestif pourrait empêcher cette colonisation.

L’objectif de cette étude était de caractériser les souches de Klebsiella pneumoniae (Kp) multirésistantes (MR) circulantes dans un service de réanimation et de rechercher la présence, dans les selles de patients hospitalisés dans ce service de réanimation, de phages dirigés contre ces souches.
 

Materiels
Dans le cadre d’une étude clinique non interventionnelle (CRC Phago-BMR) réalisée notamment dans un service de réanimation à l’Hôpital Tenon en 2018, 16 souches de Kp MR ont été isolées de prélèvements cliniques et/ou de dépistages rectaux. Les génomes de ces souches ont été séquencées par la technologie Illumina. La présence de phages lytiques dirigés contre ces souches a été recherchée dans 62 selles (correspondant à 39 patients). L’extraction des phages à partir des selles a été réalisée après filtration sur filtre 0,45 et 0,22 µm par précipitation au PEG et traitement par du chloroforme. Les extraits contenant possiblement des phages ont ensuite été enrichis avec chacune des Kp MR avant d’être testés par la méthode des spot tests permettant de mettre en évidence des plages de lyse.

Resultats
L’analyse génomique des souches de Kp a montré une diversité des souches isolées (13 ST différents). Sur les 16 souches séquencées, 15 étaient productrices d’une BLSE de type CTX-M-15 dont 3 étaient de ST307 et de sérotype capsulaire K102. Une souche présentait à la fois les gènes bla_CTX-M-15 et bla_NDM-1. La présence de bactériophages lytiques dirigés contre la souche CRCKp14 (CTX-M-15, ST307) a pu être mise en évidence dans 6 extraits de selles. Aucun des 6 patients n'était colonisé par cette souche.

Conclusion
Un protocole permettant la recherche à haut débit de bactériophages isolés de selles a été mis au point. La recherche de phages dans les selles d’un plus grand nombre de patients et l’inclusion d’un plus grand nombre de souches de Kp MR permettra de mieux comprendre le lien entre la présence de phages et l’absence de colonisation par des Kp MR.

Mots cles
Bacteriophages
Klebsiella pneumoniae
Multirésistance

Objectif - Introduction
L’émergence et la dissémination des carbapénémases (CASEs) représentent une menace de la santé publique.Il est impératif d’avoir des mesures solides de prévention et de contrôle d'infection afin d’éviter des situations d’épidémies hospitalières.L’objectif de la présente étude était de dresser le profil épidémiologique et moléculaire des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (ERC).

Materiels
C'est une étude descriptive transversale prospective menée au laboratoire de microbiologie à l’hôpital Charles Nicolle de Tunis du 01/01/2021 au 30/06/2021. Elle porte sur les ERCs isolées à partir de prélèvements reçus au laboratoire.L’identification bactérienne a été réalisée selon les méthodes conventionnelles et l'étude de la sensibilité aux antibiotiques selon les recommandations de L’EUCAST.La détection phénotypique des ß-lactamases a été effectuée en utilisant le test à la cloxacilline (céphalosporinases hyperproduites:CPASE HP), le test de double synergie (BLSE) et le CIM test (CASEs).La détection des gènes de ß-lactamases a été réalisée par des PCRs conventionnelles.

Resultats
Durant la période d’étude, 37 souches d’ERCs ont e?te? isole?es parmi un total de 1120 entérobactéries (3,3%).Elles provenaient majoritairement des urines (51%), des hémocultures (16%) et des prélèvements respiratoires (16%).Ces souches étaient représentées par K.pneumoniae (87,38%) suivi d'E.coli (16,22%) et seulement 2 souches d'E.cloacae (5,41%) ont été identifiées. Parmi les 37 souches d’ERC, 26 étaient productrices de CASEs (70%).La production de CASE était seule chez 7 souches (27%), l’association CASE+BLSE a concerné 14 souches (53,8%),une CASE+BLSE+CPASE HP a intéressé 4 souches (15,3%) et une seule souche produisait une CASE+CPASE HP. Parmi les 26 souches productrices de CASEs, 21 (80,77%) étaient porteuses du bla_NDM, 8 (30,77%) de bla_OXA48, 9 (34,63%) de bla_KPC et 3 (11,54%) de bla_PER.Un total de 21(80,77%) isolats produisait plus qu’un type de CASEs. La résistance associée à la colistine a été notée chez 21,62% des souches avec des CMIs entre 0,2 et plus de 32 mg/L et celle à la tigécycline chez 43,24% des souches.

Conclusion
L’émergence des ERCs devient alarmante.L’usage rationnel des antibiotiques et le respect strict des règles d’hygiène sont les seuls moyens dont nous disposons actuellement  pour lutter contre la diffusion de ces germes.

Mots cles
Entérobactéries Carbapénèmes Epidémiologie Mécanisme de résistance

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Epidemiologie ; BLSE ; SARM ; DROM ; Résistance

Objectif - Introduction
Data collection and monitoring of carbapenemase-producing (CP) Gram-negative bacteria (GNB) are often limited. This study determined CP-GNB prevalence in Gabon and the resistance genetic origins. 

Materiels
From January 2016 to March 2018, 869 clinically significant GNB isolates from inpatients and outpatients and 19 fecal samples (inpatients) were analyzed in the main hospitals of Gabon. Fecal samples were screened using ChromID® CARBA SMART selective chromogenic medium bi-plates. Species were identified by MALDI-TOF mass spectrometry. Antibiotic susceptibility was tested using the disk diffusion method on Müller-Hinton agar, and resistance genes assessed by multiplex PCR and sequencing. 

Resultats
Overall, 1.61% (14/869) of clinical isolates and 5.26% (1/19) of fecal samples were CP-GNB. CP-GNB rate was higher among inpatients (2.98%) than outpatients (0.33%), in intensive care units (28.57%; 4/14), and in urine samples (35.71%; 5/14). The most common CP-GNB were Klebsiella pneumoniae (53.33%) and Acinetobacter baumannii (26.67%). blaOXA-48 was the predominant carbapenemase-encoding gene (40%), followed by blaNDM-5 (33.33%). The Acinetobacter baumannii multilocus sequence types ST2 and ST78, Enterobacter cloacae ST78, Escherichia coli ST2, Klebsiella pneumonia ST48 and ST147 were found. 

Conclusion
These data indicate that carbapenemase-producing bacteria are present in clinical samples and in carriagein Gabon. Preventive measures are needed to avoid the spread of resistance genes.

Mots cles
carbapenemases, Gram-negative bacteria, clinical samples, MLST, Gabon 

Objectif - Introduction
La colistine est souvent utilisée dans le traitement d'une variété d'infections bactériennes à Gram négatif. Cependant, depuis quelques années, la résistance à la colistine chez les entérobactéries a émergé dans de nombreux pays y compris l'Algérie.
Nous rapportons dans cette étude, le taux de résistance à la colistine chez les entérobactéries et leur profil de sensiblité aux autres antibiotiques isolées au niveau de l’EHS centre pierre et marie curie d'Alger (Algerie) 
 
 

Materiels
Toutes les souches d’entérobactéries isolées à partir des différents prélèvements reçus au niveau de laboratoire ont été incluses dans l’étude.
 
La méthode de microdilution en milieu gélosé a été réalisée pour le dépistage de la résistance à la colistine et la méthode de microdilution en milieu liquide pour la confirmation.
 
 L’étude de la sensibilité aux autres antibiotiques a été faite par la méthode de diffusion sur milieu gélosé ou sur milieu liquide par automate (BD Phœnix).
 
Les antibiogrammes et les valeurs des CMI ont été interprétés selon les recommandations du CLSI.

Resultats
Sur un total de 922 souches d’entérobactéries isolées au laboratoire du CPMC, 11 étaient résistantes à la colistine (1.19%), incluant 7 Klebsiella pneumoniae, 3 Escherichia coli et 1 Enterobacter cloacae.
 
 La CMI à la colistine était ≥ 4mg/l pour l’ensemble des souches étudiées (de 4 à 64 mg/l).
 
Concernant la résistance aux autres antibiotiques : 9 souches étaient résistantes à l’amoxicilline-Ac clavulanique et à la ciprofloxacine, 8 étaient résistantes au cotrimoxazole et 7 aux furanes.
 
Par ailleurs, 6 étaient résistantes aux C3G dont 3 étaient productrices de BLSE et une était sécrétrice de carbapénèmase seule.

Conclusion
Cette étude met en évidence une faible prévalence de la résistance des entérobactéries à la colistine. Cependant, un tiers de ces souches étaient des bactéries multi-résistantes.
 
Des mesures de prévention urgentes doivent être mises en place pour éviter la dissémination de telles souches qui, de par leur résistance aux antibiotiques rend très compliqué le traitement des infections qu’elles occasionnent.
 

Mots cles
Résistance, colistine, entérobactéries, carbapénèmase, bactéries multi-résistantes.

Objectif - Introduction
La résistance des Entérobactéries par production de carbapénèmase est un phénomène de plus en plus préoccupant, du fait du risque d’impasse thérapeutique et donc d’une surmortalité surtout dans les situations cliniques graves ainsi que leur haut potentiel de diffusion. Objectif de cette étude est d’identifier le profil des carbapénémases détectées chez les isolats d’Entérobactéries productrices de carbapénèmases (EPC) chez les patients hospitalisés au CHU de Marrakech

Materiels
Il s’agit d’une étude descriptive étalée sur une durée de 18 mois de janvier 2021 à juin 2022. Ont été inclus toutes les infections documentées à Entérobactérie de sensibilité diminuée aux carbapénèmes isolées des prélèvements bactériologiques à visée diagnostique effectués chez les patients pris en charge aux différents services du CHU Med VI de Marrakech. La détection des carbapénèmases a été effectuée par des tests immunochromatographique (NG- test Carba 5 et/ou Test Carba Coris) permettant la détection rapide des cinq carbapénémases majeures (KPC, Oxa-48 like, VIM, IMP, NDM).

Resultats
Ont été colligé durant cette période 200 infections documentées à Entérobactéries présentant une sensibilité diminuée aux carbapénèmes. Toutes les souches étaient résistantes à l’Ertapeneme et 45 % ont présenté une résistance à l’Imipenème. La production d’au moins une carbapénèmase a été retrouvé chez 82% des isolats (n :164). Les carbapénèmases identifiées ont été principalement dominé par les NDM chez 44% des isolats (n :73), suivi par l’OXA-48 (40 %, n :65) et une coproduction d’OXA-48 et de NDM (15%). Au sein de ces EPC, c’est Klebsiella pneumoniae qui a dominé le profil (55%) suivi par Enterobacter cloacae (18%). La bactériémie était le principal site d’isolement des EPC (42%) suivi par les infections suppuratives (26%) et notamment les surinfections chez les patients brulés. Les EPC ont été détectés principalement chez les patients hospitalisés en réanimation (53%), dont les deux tiers en réanimation néonatale

Conclusion
L'émergence des infections à EPC constitue une menace croissante pour les prestations des soins de santé et la sécurité des patients. L'utilisation des tests rapides a amélioré la détection des patients infectés ou colonisés par des EPC et ainsi la mise en place rapide de mesures pour limiter leur diffusion et une prise en charge thérapeutique adaptée

Mots cles
carbapénèmases, résistance, entérobactéries

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Néonatologie - bactériémie - multirésistance

Objectif - Introduction
La surveillance de la résistance aux carbapénèmes est un enjeu majeur de santé publique. Si la prévalence des bactéries productrices de carbapénémases reste faible et stable en France, son augmentation constante depuis 2010 dans les pays du sud et de l’est de l’Europe est préoccupante et nécessite une surveillance épidémiologique. L’objectif de ce travail est de décrire l’épidémiologie des carbapénémases chez les bactéries à Gram négatif depuis 2012 au sein de l’AP-HM.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective entre mars 2012 et mai 2022 au sein des 4 hôpitaux de l’AP-HM. Tous les patients porteurs d’Acinetobacter spp. producteur de carbapénémases ou d’une entérobactérie productrice de carbapénémases ont été inclus. Les données ont été recueillies à partir du logiciel du laboratoire et du dossier patient informatisé.

Resultats
Une activité carbapénémase a été détectée sur 356 souches provenant de 302 patients. Le sex ratio est de 2,1 avec une moyenne d’âge de 59 ± 20 ans. En moyenne, 2,9 souches ont été identifiées chaque mois (min 0 ; max 10). Il s’agissait d’une colonisation (N = 254) dans 80% des cas d’une infection dans 20% des cas (N = 105), avec une prédominance de bactériémies (N = 32), d’infections urinaires (N = 25) et respiratoires (N = 17). Concernant les souches d’entérobactéries (N = 265), on retrouve principalement Klebsiella pneumoniae (52%), Escherichia coli (21%) et Enterobacter cloacae (11%). Chez K. pneumoniae, la carbapénémase OXA-48 est majoritairement identifiée (N = 105), tout comme chez E. coli (N = 40), chez E. cloacae (N = 22) et chez les autres entérobactéries (N = 36/40). La métallo-bêta-lactamase NDM est retrouvée chez 20 souches de K. pneumoniae, 14 E. coli et 3 E. cloacae. KPC n’a été retrouvée que chez K. pneumoniae (N = 6) alors que VIM n’a été retrouvée que chez E. cloacae (N = 3) et Serratia marcescens (N=1). Acinetobacter spp. est retrouvé chez 91 patients, il s’agit majoritairement d’A. baumannii (N = 86), chez qui OXA-23 est prédominante (N = 59). On retrouve ensuite OXA-58 (N = 11), NDM (N = 10) et OXA-24 (N = 8). IMP n’a été retrouvée que sur une seule souche d’A. baumannii.

Conclusion
Le nombre de souches identifiées et la répartition du type de carbapénémase reste relativement stable sur la période étudiée. On remarque cependant l’émergence récente des carbapénémases VIM et IMP à l’AP-HM.

Mots cles
Surveillance, Carbapénémases, epidémiologie

Objectif - Introduction
The explosive development of nosocomial infections, due to bacteria that are highly resistant or even totally resistant to antibiotics, constitutes a major public health issue at the national and international level. Between November and December 2019, in the microbiology laboratory at Charles Nicolle Hospital (CNH), following the consecutive isolation, of 18 highly resistant clinical strains of K. pneumoniae (HRKp), microbiological investigations were carried out in order to '' explore the clonality of these strains and identify of involved β-lactams resistance mechanisms.

Materiels
Bacterial identification was done by conventional methods. The study of antibiotic susceptibility and MICs of colistin were performed according to the EUCAST recommendations. Pulsed field electrophoresis (PFGE) was used to study the clonality of the strains. β-lactams and colistin (mcr)s resistance genes were looked for by PCR.

Resultats
The 18 HRKp were isolated from 12 patients hospitalized in the anesthesia, intensive care unit (n = 9), internal medicine (n = 4), emergency department (n = 3) and surgical intensive care unit (n = 2). Seventeen strains were resistant to all antibiotics tested except fosfomycin; the last strain was toto-resistant. All strains produced at least one carbapenemase [blaOXA-48 (n = 12), blaNDM (n = 13), blaVIM (n = 3)], often associated with an extended spectrum β-lactamase [blaCTX-M-groupeI ( n = 10)] or to a cephalosporinase [blaFOX (n = 1) and blaCMY (n = 1)]. No strain harbored mcr1 gene. The strains belonged to 2 different clones [A (n = 11) and B (n = 7)].

Conclusion
Faced with this alarming situation, epidemiological and microbiological investigations were carried out to confirm clonal dissemination, identify the source and take the necessary actions to stop transmission (isolation of patients and strict compliance with hygiene rules).

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, carbapenem resistance,  clonal relatedness 

Objectif - Introduction
Les entérobactéries résistantes aux carbapénèmes(ERC),classées parmi les bactéries hautement résistantes émergentes, sont problématiques sur le plan thérapeutique et épidémiologique.Les patients allogréffés de cellules souches hématopoïétiques(ACSH), population à haut risque infectieux,sont fortement exposés à ce type de bactéries.Notre objectif était de déterminer l’épidémiologie de la colonisation à ERC chez les ACSH et d’étudier le support génétique de la résistance aux carbapénèmes.

Materiels
Notre étude descriptive rétrospective a inclus tous les patients ACSH hospitalisés au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse(CNGMO) de Tunis et colonisés par une ou plusieurs souches non répétitives d’ERC entre janvier 2015 et décembre 2019.L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été faite selon les normes du CA-SFM. La recherche de gènes codant pour les carbapénèmases(OXA-48,KPC,NDM,VIM,IMP,GES,IMI) a été faite par PCR.

Resultats
Quatre-vingt-un épisodes de colonisation à ERC ont été recensés chez 55 patients(26,1% du total des ACSH), atteints essentiellement de leucémie aigüe(64%)et d’aplasie médullaire(18%).Des antécédents d’hospitalisation dans les 3 mois précédant ont été notés dans 80 épisodes(99%).Une antibiothérapie préalable, une neutropénie sévère et une corticothérapie ont été retrouvées dans94%,76%et46% des cas, respectivement.Parmi les 55 patients seulement six patients(11%) ont présenté une infection à ERC à la suite de la colonisation.Les infections étaient à type de bactériémies(n=4), d’infection urinaire(n=1) et d’infection respiratoire(n=1). Les ERC responsables de colonisation étaient essentiellement retrouvée dans les selles(85%). Elles étaient productrices de carbapénémases dans 90% des cas. Elles appartenaient essentiellement aux espèces K. pneumoniae(61/81) et E. coli(10/81).Les taux de résistances aux antibiotiques étaient de 100% pour l’ertapénème,de 37% pour l’imipénème,de 42% pour l’amikacine,de 88% pour la ciprofloxacine et de 27% pour la fosfomycine. L’étude moléculaire a montré que le gène bla_OXA48 était le plus fréquent (n=49,60,5%),suivi de bla_NDM(47souches,58%) et de bla_IMI (n=16,20%).

Conclusion
Faible taux d’infection à ERC chez les patients colonisés et prédominance des gènes bla_OXA48 et bla_NDM chez les souches productrices de carbapénémases.

Mots cles
entérobacteries résistantes aux carbapénèmes,carbapénemase, infection,colonisation, allogreffe

Objectif - Introduction
La résistance des Entérobactéries aux carbapénèmes est un problème majeur de santé publique particulièrement en unité de soins intensifs néonatale vue la fragilité du terrain, entraînant de véritables situations d’impasse thérapeutique. L’objectif de ce travail est de mettre le point sur  la résistance aux carbapénèmes chez les Entérobactéries dans les bactériémies néonatales et suivre leur évolution entre 2019 et 2021.
 

Materiels
Il s’agit d’une étude descriptive s’étalant sur une période de 3 ans (2019-2021). Ont été inclues toutes les bactériémies néonatales documentées à Entérobactérie de sensibilité diminuée aux carbapénèmes au CHU Mohamed VI de Marrakech.
L’identification a été réalisée par la spectrométrie de masse (MALDI-TOF). La sensibilité aux antibiotiques a été réalisée par antibiogramme automatisé « BD Phoenix M50 » selon les recommandations de l’EUCAST. La détection des carbape?ne?mases majeures a été? effectuée par des tests immunochromatographiques (NG- test Carba 5 et/ou Test Carba Coris) et/ou par PCR.
 

Resultats
Sur un total de 1634 bactériémies néonatales documentées, 28% souches d’Entérobactéries ont présenté une sensibilité diminuée aux carbapénèmes. Ce pourcentage a augmenté de 11% entre 2019 et 2021.  Klebsiella pneumoniae a dominé le profil avec une prévalence de 70%, suivi d’Enterobacter cloacae (17%).
La production d’au moins une carbapénèmase a été retrouvé chez 88 % des isolats. Les carbapénèmases les plus fréquemment identifiés étaient NDM-1 (31%) et OXA-48 (32%).
Une co-résistance élevée significative aux différentes familles d’antibiotiques a été objectivée : 85% aux Fluoroquinolones, 95%, au Trimétoprime/Sulfaméthoxazole,42% à la Tigecycline,  96% à la gentamicine  et 4% à l’amikacine. L’évolution clinique a été marquée par un taux de décès estimé à 36% .

Conclusion
Les résultats de cette surveillance soulignent la grande problématique des bactériémies néonatales à Entérobactéries productrices de carbapénèmase au sein de notre institution.  La rationalisation de l’usage des antibiotiques, la mise en place d’un système de surveillance des bactéries multi-résistantes et d’une politique de prévention bien ciblée, sont des mesures dont la mise en œuvre urgente est fortement recommandée .

Mots cles
Entérobactéries-Carbapénèmes-Résistance bactérienne -Carbapénèmase- Unité de soins intensifs néonatale .

Objectif - Introduction
Les carbapénèmes sont de plus en plus utilisés dans le traitement des infections à Pseudomonas aeruginosa (PA) multi-résistants. Le but de cette étude était de déterminer le taux de résistance aux carbapénèmes chez les souches de PA isolées chez les patients au Centre National de Greffe de Moelle Osseuse (CNGMO) et de chercher les gènes de carbapénèmases.

Materiels
Notre étude rétrospective a inclus 319 souches de PA isolées de prélèvements divers chez les patients hospitalisés au CNGMO entre janvier 2008 et décembre 2018. La détermination de sérotype a été effectuée par la technique d’agglutination sur lame à l’aide d’antisérums spécifiques (Biorad). L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été effectuée selon les normes du CA –SFM, 2017. La recherche de production de carbapénémases chez les souches résistantes à l’imipénème et au méropénème a été faite moyennant le CIM test et le test à l’EDTA ainsi que par la recherche de gènes de carbapénémases (blaVIM, blaNDM, blaKPC, blaIMP, blaIMI, blaGES, blaOXA48) par PCR. Les gènes codant pour les intégrons de classe 1,2 et 3 (intI1, intI2 et intI3) ont été aussi mis en évidence par PCR. Le séquençage a été réalisé pour les souches possédant le gène blaVIM et les séquençes ont été traitées par le logiciel DNA star.

Resultats
Durant la période d’étude, 319 souches non répétitives de PA ont été isolées essentiellement dans les prélèvements respiratoires (41,4%) et les selles (32,6%). Elles étaient résistantes à la pipéracilline-tazobactam (17,24%), à la ceftazidime (15,36%), à l’imipenème dans (26,3 %), au méropénème dans (24,7%), à la ciprofloxacine (20,7%) et à l’amikacine (18,9%). Parmi les 77 souches résistantes à l’imipénème et au méropénème, 4 souches avaient le test à l’EDTA et le CIM test positifs et possédaient toutes le gène blaVIM. Ces souches avaient les sérotypes P11 (n=2), P15 (n=1) et P6 (n=1) et ont été isolées dans les selles (n=2), les urines (n=1) et au niveau du cathéter veineux central (n=1). Le séquençage des gènes blaVIM a montré qu’ils s’agissaient de blaVIM-2. Seul l’intégron de classe 1 a été retrouvé chez 41,5% des souches résistantes aux carbapénèmes et chez les 4 souches porteuses de blaVIM-2.

Conclusion
Faible taux de production de carbapénémases chez les souches résistantes aux carbapénèmes codées par le gène blaVIM-2.

Mots cles
Carbapénèmases, Pseudomonas aeruginosa, résistances aux antibiotiques

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats
Overall 46 CRAB isolates were identified in clinical specimens (n=26/26), rectal swabs (n=17/36) and environmental swabs (n=3/63). Most of them (n=41/46) were clonally related and were found in the different ICUs. All CARB isolates harboured bla_OXA-51-like and bla_OXA-23 genes, whereas bla_VIM-2 gene was detected in 42 isolates (91.3%). The phenotypic carbapenemase activity was found in all of the 46 strains, using Tris CIM test with a 100% sensibility for OXA-23 and VIM carbapenemases detection, justifying its performance in routine use.

Conclusion


Mots cles
Intensive care units, Carbapenems resistance, Acinetobacter baumannii, VIM-2 and OXA-23

Objectif - Introduction
 L’objectif de cette étude était de décrire le profil épidémiologique et la sensibilité aux antibiotiques des Salmonella Non Typhoidiques (SNT) responsable d’infections invasives (SNTi) chez l’enfant à Tunis.

Materiels
Il s’agit d’une étude rétrospective descriptive, ayant inclus les SNTi chez les enfants hospitalisés à l'hôpital d'enfants Bechir Hamza de Tunis entre le 1er janvier 2000 et le 31 décembre 2021. L’identification a été faite par les méthodes conventionnelles et les galeries Api (bioMérieux). L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été faite par la méthode de diffusion en milieu gélosé, selon les recommandations de l’EUCAST-CA-SFM. Le sérotypage a été réalisé au Centre national des Salmonelles, Shigelles et Vibrio à l’Institut Pasteur de Tunis.

Resultats
Durant la période d’étude, 206 souches de  SNTi ont été colligées. L’âge moyen des enfants était de 21,9 mois avec des extrêmes de 1jour à 180 mois. Le sex-ratio était de 1,3. Plus de la moitié des infections étaient survenues durant la saison chaude (55%). Les souches ont été essentiellement isolées à partir d’hémocultures dans 141 cas (68,1%, N=141). S. Enteritidis était le sérotype le plus fréquent suivi de S. Typhimurium (61,1% et 11,4% des cas respectivement).
La résistance aux fluoroquinolones était de 51,6%, avec une augmentation significative entre 2006 et 2014 (p=0,024). Cette résistance était principalement retrouvée chez S. Enteritidis. S. Livingstone était le principal sérotype résistant aux C3G (66,7%) (p<0,0001), par la production d’une céphalosporinase plasmidique. Cette résistance était de 5,1% chez les SNTi, en dehors de S. Livingstone.

Conclusion
On assiste actuellement à l’émergence de souches de sensibilité diminuée aux fluoroquinolones, posant un réel problème de santé publique. Une surveillance étroite et une meilleure connaissance de l’épidémiologie sont nécessaires afin de contrôler l'émergence de la résistance aux antibiotiques pour les SNTi.  

Mots cles
Salmonella  non typhoïdique - épidemiologie – infection invasive – antibiotique - enfant.

Objectif - Introduction
La lymphogranulomatose vénérienne (LGV) est une infection sexuellement transmissible causée par les génotypes les plus invasifs de Chlamydia trachomatis (Ct) L1, L2 ou L3. Elle est responsable de rectites et est majoritairement retrouvée chez les patients HSH (homme ayant des rapports avec des hommes). Le diagnostic repose sur la détection de l’ADN bactérien par PCR en temps réel en utilisant des sondes spécifiques du sérovar L. L’objectif de cette étude est d’évaluer la prévalence des LGV au sein du GH Saint Louis/Lariboisière (APHP) grâce au nouveau kit commercial de VIASURE (CerTest  Biotec, Espagne).

Materiels
Nous avons évalué, de façon rétrospective sur l’année 2021, la prévalence de souches L parmi les prélèvements rectaux positifs à Ct (avec un CT< 35). La détection de Ct a été réalisée par le test Cobas® CT/NG sur l’automate Cobas 6800 (Roche, France). Les prélèvements positifs ont ensuite été analysés par le kit commercial VIASURE « Chlamydia trachomatis (LGV) Real Time PCR Detection » selon les recommandations du fabricant. Les acides nucléiques ont été extraits directement à partir des échantillons par le kit DSP Virus/Pathogen sur le QIAsymphony (Qiagen, Allemagne).
 

Resultats
Onze mille cent cinquante-huit prélèvements ont été reçus pour le diagnostic d’infection à Ct en 2021. Parmi les 2013 prélèvements rectaux testés, 163/2013 (8.1%) étaient positifs à Ct et 108 ont été screenés pour la recherche de LGV. Le sérovar L a été détecté dans 15,7% (17/108) des cas. Tous les patients LGV + étaient des HSH d’âge moyen 34 ans (min :27ans ; max: 62 ans) et 53 % étaient séropositifs pour le VIH.
La détection du sérovar L par le kit Viasur était plus tardive que la détection de Ct par le kit CT/NG Cobas ® (moyenne du cycle Threeshold CT de 29,9 vs 26,3).
 

Conclusion
Le diagnostic de LGV au sein du GH Saint Louis/Lariboisière retrouve des données similaires à celle observées lors des enquêtes nationales Anachla menées par le CNR des IST bactériennes (prévalence de 15,7% vs 16,9% en 2021). Le kit commercial VIASURE Chlamydia trachomatis (LGV) Real Time PCR Detection est d’utilisation aisée pour la recherche du sérovar L sur les prélèvements rectaux connus positifs à Ct.
 

Mots cles
Lymphogranulomateuse vénérienne, Chlamydia trachomatis, diagnostic, PCR en temps réel, épidémiologie
 

Objectif - Introduction
Le résumé ci-dessous résume les principales caractéristiques épidémiologiques des infections à Campylobacters en France sur la période 2017-2021.
 

Materiels
Le CNR travaille avec un réseau de laboratoires privés et hospitaliers. Ces laboratoires font parvenir au CNRCH leurs souches accompagnées d’une fiche de renseignements cliniques et microbiologiques. A réception, le CNRCH confirme l’identification et étudie in vitro la sensibilité aux antibiotiques. Les données présentées ci-dessous sont établie sur 42 735 souches répertoriées entre 2017 et 2021.
 

Resultats
Les trois principales espèces répertoriées sont C. jejuni (83,8%), C. coli (13,1%), C. fetus (1,1%). Aliarcobacter butzleri arrive en 4ème position (1,1%). C. jejuni et C. coli sont majoritairement isolés de selles : 98,8% et 99% respectivement. Les infections invasives à C. jejuni ne concernent que 1 % des isolats de C. jejuni versus 57% des C. fetus.
L’étude de la répartition mensuelle des souches isolées confirme la saisonnalité estivale habituelle et très marquée des infections à Campylobacters en particulier pour C. jejuni et C. coli.
Le sex-ratio H/F était 1,26 en moyenne. Les infections à Campylobacters touchent toutes les tranches d’âge avec 29,03% de cas pédiatriques (<15 ans).
Les hospitalisations ne représentaient que 17,63% des cas et les consultations 64,44%. 53,2% des cas étaient des cas isolés. Les cas groupés sont essentiellement familiaux.
L'origine alimentaire supposée de la contamination est dans 2,67% et provenait dans 40% de consommation de viandes (poulet en majorité).
La résistance à l’ampicilline reste stable pour C. jejuni (33,4%) et dépasse C. coli (28%). C. fetus reste sensible (3,1% de résistance). La résistance à la ciprofloxacine pour C. jejuni (58,7%) est inférieure à C. coli (62,7%). La résistance de C. fetus à la ciprofloxacine est de 21,1%. La résistance à l’érythromycine reste à un niveau inférieur à 1% pour C. jejuni, C. coli étant plus résistant (7,6%).
La résistance à la tétracycline reste à un niveau très élevé notamment pour C. coli (77,8%) et C. jejuni (46,3%). La résistance à la gentamicine reste anecdotique pour Campylobacter.
 

Conclusion
Le CNRCH grâce à ses correspondants est en mesure de suivre les caractéristiques épidémiologiques des infections à Campylobacters en France. Merci pour votre implication dans notre réseau et votre fidélité.

 

Mots cles
Campylobacter, épidémiologie, résistance

Objectif - Introduction
L’évolution récente de l’incidence des infections à Clostridioides difficile (ICD) n’est pas connue en France. L’objectif de cette étude est de déterminer l’incidence des ICD prises en charge en ville et à l'hôpital de 2015 à 2019.

Materiels
Une étude rétrospective a été réalisée à partir des données du système national des données de santé (SNDS). Ont été inclus tous les patients âgés de plus de 18 ans ayant un diagnostic d’ICD entre le 01/01/2015 et le 31/12/2019. Les cas ont été classés selon leur lieu de prise en charge (en ville ou à l'hôpital) et leur origine (« communautaire » versus « associée aux soins »). Le diagnostic d’ICD a été établi soit par le codage PMSI (code A04.7) pour les patients pris en charge à l’hôpital soit par la recherche de toxine bactérienne (acte 0237 ou 1033 selon la NABM) associée à la dispensation de métronidazole dans les 14 jours suivant ou précédant le test biologique pour les patients pris en charge à en ville.
 

Resultats
Au total, 154964 épisodes d’ICD ont été identifiés entre 2015 et 2019, correspondant à 61,4 cas pour 100000 habitants par an en moyenne. Parmi eux, 49,4%  ont été pris en charge en ville (39% d’origine communautaire et 10,4% associés aux soins), et 50,2% à l'hôpital (8,6% d’origine communautaire et 41,6% associés aux soins). L’incidence des cas pris en charge en ville a évolué de 29,0/100000 en 2015 à 34,0/100000 en 2019 tandis que celle des patients pris en charge à l’hôpital reste relativement constante (31,9/100000 en 2015 versus 29,1/100000 en 2019). Il existe des différences régionales avec une incidence plus importante en région grand Est (214 pour 100000 respectivement en ville et à l’hôpital) et en PACA (185 et 161 pour 100000 habitants respectivement).
L’âge médian des cas pris en charge en ville était de 58 ans et la mortalité à un an était de 2,9% pour les cas d’origine communautaire et de 13,6 % pour les cas associés aux soins. L’âge médian des cas pris en charge à l’hôpital était de 75 ans, les mortalités intra-hospitalière et dans l’année qui suit l’hospitalisation étaient respectivement de 5,2% et 13,7%.

Conclusion
Nos résultats indiquent que la moitié des ICD est prise en charge en ville et que leur incidence a augmenté entre 2015 et 2019. Une meilleure connaissance de ce fardeau doit permettre d’améliorer la prise en charge des patients.
 

Mots cles
Clostridioides difficile ; incidence, communautaire ; nosocomial ; mortalité.

Objectif - Introduction
Le collège de bactériologie virologie hygiène invite depuis 1988 les adhérents à recenser les méningites pour lesquelles un agent infectieux a été identifié dans leur laboratoire. Depuis 2018, une mise à jour du logiciel de recueil des données a permis d’ajouter celles concernant les méningites virales et mycologiques.Ce poster permet de réaliser un point d’étape, l’intégration des virus et données mycologiques modifiant l’épidémiologie recueillie.

Materiels
Le recueil annuel des données est prospectif. Les données recueillies sont : identification de l’agent infectieux, date du prélèvement, sexe et âge du patient, CMI des pneumocoques et méningocoques, techniques ayant permis l’identification de l’agent infectieux.

Resultats
Une augmentation des déclarations a été constatée en 2021: 338 sur 39 sites versus 200 en 2020.En 2021, 164 méningites (48,5%) étaient d’origine bactérienne, 164 étaient d’origine virale (48,5%), 10(2,95%) dues à cryptococcus neoformans. 318(94%) étaient communautaires, 12 nosocomiales (3,5%). L’augmentation des cas déclarés n’affecte pas globalement la répartition en % des principaux agents infectieux impliqués (2021/2020): strepto B(21 (6,2%)/14 (4,4 %)) , listeria monocytogenes (18(5,3%)/6(3%)), haemophilus (12(3,55% )/6(3%)), vzv (36(10,6%)/23(11,5%)), hsv 1 et 2 (49(14,5%)/25(12,5%)); seuls entérovirus (65(19,2%)/16( 8%))  et cryptococcus neoformans (10(2,95%)/1(0,5%)) sont en forte augmentation.

Conclusion
La meilleure participation au recueil des méningites virales constatée en 2021 est en relation avec l’utilisation plus fréquente des PCR multiplex dans les structures hospitalières. Les techniques  les plus utilisées pour l’identification des agents viraux sont : film array (63), genxpert (28), liaison diasorin (13), PCR maison (8), bdmax (7), orgentec (3). En outre de l’apport sur les méningites virales, les techniques PCR ont permis de dépister 21 méningites bactériennes non détectées par les techniques conventionnelles : streptococcus pneumoniae(4) (filmArray(3), bdmax(1)), haemophilus influenzae(3) (film array), streptococcus agalactiae(3) (film array), mycobacterium tuberculosis(2) (genxpert), listeria monocytogenes (4) ((bdmx(2), filmarray(1), Amplex(1)), ecoli (1) (bdmax), klebsiella pneumoniae (1), fusobacterium nécrophorum (1)(arn16s), citrobacter koseri (1) (arn16s), streptococcus gallolyticus (1) (arn16s).

Mots cles
méningite, épidemiologie, biologie moléculaire

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Objectif - Introduction
L’écologie bactérienne urinaire est insuffisamment étudiée en Afrique subsaharienne et les protocoles d’antibiothérapie probabiliste se superposent à ceux des pays du Nord. L’objectif de ce travail était d’étudier les phénotypes de résistance des bactéries isolées sur les ECBU des patients consultants dans le service de néphrologie du CHU Yalgado Ouédraogo (CHUYO) de Ouagadougou.
 

Materiels
Il s’agit d’une étude transversale réalisée du 20 juin au 28 aout 2019 dans le service de néphrologie du CHUYO. L’ECBU systématique fait partie intégrante du bilan initial de tout patient. Ce travail s’est appuyé sur cette pratique de routine en recueillant et analysant tous les résultats obtenus. Ont été inclus les patients adultes âgés de plus de 18 ans, reçus pour une consultation médicale ou nouvellement admis en hospitalisation. L’antibiogramme a été réalisé par la méthode de diffusion des disques en milieu gélosé et l’interprétation selon les recommandations de la de la CA-SFM – EUCAST 2017.

Resultats
Au total, une bactériurie a été documentée chez 106 des 244 patients (43,4%) recensés. L’âge médian des patients était de 54 ans. Des antécédents d’infections urinaires ou des comorbidités étaient présents chez 102 patients (96,2%) dont une insuffisance rénale chronique (74,5%), une hypertension artérielle (54,7%), un diabète (13,2%). Une notion de prise d’antibiotiques dans le mois précédent a été notée chez 29 patients (27,3%). La présence de signes fonctionnels urinaires était rapportée chez 74 patients (69,8%). E coli était la plus fréquente des bactéries identifiées (65,4%), dont 78,6%, 14,3% et 24,2% des souches isolées présentaient une résistance respectivement à l’amoxicilline, à l’amoxicilline/acide clavulanique et aux Céphalosporines de 3ème génération. Environ 2,8% des souches présentaient une résistance à l’imipénème et 58,6% aux quinolones. Les autres bactéries les plus fréquemment isolées étaient Klebsiella pneumoniae (13%), Staphylococcus aureus (11,2%) dont 25% de souches étaient résistantes à la méticilline (2,8%). 

Conclusion
La prévalence de la résistance bactérienne aux antibiotiques usuels, notamment les C3G et les quinolones, est élevée. Cette étude contribuera à mieux définir les choix d’antibiothérapie probabiliste des IU au Burkina Faso.

Mots cles
ECBU – bactériurie – Infection urinaire – antibiothérapie probabiliste

Objectif - Introduction
La tuberculose représentait la première cause de mortalité due à une maladie infectieuse avant l’avènement du COVID.La résistance aux antituberculeux représente un risque de santé publique majeur malgréla connaissance de la pathologie,les protocoles thérapeutiques reconnus et les différents plans de lutte mis en place lors des dernières décennies.D’où l’importance de la mise en culture et la détection de ces résistances.L'objectif de notre étude est d'analyser les caractéristiques épidémiologiques et bactériologiques des patients ayant une culture positive à Mycobacterium tuberculosis.

Materiels
Etude descriptive au service des maladies infectieuses de l’hôpital la Rabta de Tunis sur 10 ans(de2012 à2022),incluant toutes les tuberculoses maladies avec culture positive à Mycobacterium tuberculosis.L’identification bactériologique a été réalisée au service de microbiologie par l’identification de BAAR à l’examen direct(coloration Ziehl-Neelsen),une culture sur milieux spécifiques(LowensteinJensen) et la pratique d’un antibiogramme utilisant la méthode des proportions.

Resultats
Trente et une cultures positives à Mycobacterium tuberculosis ont été recensées.Le genre-ratio(H/F)était de 2,5.L’âge moyen était de 39 ans[20-62 ans].Dix-neuf patients étaient tunisiens dont 9/19originaires de la capitale;12étaient des étrangers(8/12 des ivoiriens);42%étaient d’un milieu défavorisé;42%consommaient de laitage frais;19%avaient un antécédent de tuberculose dont un n’était pas correctement traité.Cinquante deux pour cent avaient une immunodépression(15 infections rétrovirales et 1 adénocarcinome pulmonaire).Parmi les patients infectés par le VIH,13avaient des CD4<200cellules/microlitre.Quarante deux pour cent des patients avaient une forme disséminée,35%avaient une évolution favorable sous traitement.
Dans notre série, seule la résistance à l’isoniazide a été détectée 2/31antibiogrammes.Ces 2 patients étaient des hommes âgés de plus 60 ans dont un était infecté par le rétrovirus et avait un antécédent de tuberculose insuffisamment traitée, l’autre avait une forme disséminée.Les deux sont décédés.

Conclusion
Parmi les patients ayant des cultures positives, la précarité sociale, la consommation de laitage frais et l’immunodépression sont au premier plan.Il est important de détecter les résistances par méthode moléculaire et usuelle pour améliorer le pronostic.

Mots cles
Mycobacterium tuberculosis;Résistance bactérienne

Objectif - Introduction
La tuberculose osseuse (TBO) représente l’une des principales formes extra-pulmonaires de la tuberculose (TB). Elle peut toucher toutes les structures osseuses et articulaires de l’organisme.
Nous rapportons une série de cas survenus au CHU de Nancy pendant une période de 12 ans.

Materiels
Une étude rétrospective portant sur l’ensemble des patients hospitalisés pour TBO (N=34) au CHU de Nancy entre janvier 2010 et décembre 2021 a été réalisée. Les caractéristiques démographiques cliniques, paracliniques, thérapeutiques et évolutives ont été analysées. 

Resultats
La moyenne d’âge des patients était de 53 ans (15 à 88 ans) avec une prédominance masculine (22M/ 12F).
Les patients étaient d’origine étrangère dans 56% des cas. Ces derniers étaient plus jeunes que ceux d’origine française (41 ans vs 65 ans).
Une porte d’entrée pulmonaire a été retrouvée dans 32% des cas.
Le motif de consultation était la douleur dans 62% des cas et/ ou une altération de l’état général associée à un amaigrissement (19% des cas).
Une localisation rachidienne a été observée chez 25 patients (73%), avec par ordre de fréquence décroissante une atteinte lombaire (47%), thoracique (41%), cervicale (12%) ou sacrée (12%).
Des atteintes extra-rachidiennes ont été retrouvées chez 9 (26%) patients [sacro-iliaques (N=2), claviculaires (N=3), costale (n=1), cheville (N=1) et talon (N=2)].
Le diagnostic de TBO a été retenu dans 92% des cas sur la base de preuves bactériologiques établies sur des échantillons osseux (PCR et/ ou examen microscopique et/ou culture positifs). Dans 8% des cas, le diagnostic de TBO a été posé à partir d’échantillons extra-osseux. L’examen histologique a été réalisé dans 70% des cas et était compatible avec une TB dans 59% des cas (granulome avec nécrose caséeuse).
La durée du traitement était variable (6 à 19 mois). L’évolution a été favorable dans 82% des cas. Des séquelles ont été retrouvées dans 15% des cas (compressions médullaires, épidurites, fracture autour du matériel d’ostéosynthèse et séquelles invalidantes). Le taux de mortalité était de 6% (2 patients).

Conclusion
La TBO est une des atteintes les plus fréquente des TB extra-pulmonaires au CHU de Nancy avec une évolution le plus souvent favorable. Cependant, des séquelles fonctionnelles importantes ont été retrouvées.

Mots cles
Tuberculose, atteintes osseuses, évolution

Objectif - Introduction
Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT), pouvant être responsables de pneumopathies, infections cutanées, lymphadénites, ou encore dans de rares cas d’infections disséminées, sont des mycobactéries environnementales, opportunistes de l’homme, sans transmission interhumaine. L’épidémiologie reste mal connue et le diagnostic d’infection complexe. L’objectif de ce travail est de décrire l’épidémiologie des MNT isolées à partir des prélèvements reçus entre 2018 et 2021, au laboratoire Eurofins Biomnis.

Materiels
Les données concernant les cultures positives à MNT ont été extraites à partir du système informatique, pour les années 2018, 2019, 2020 et 2021. Les données démographiques, les résultats d’identifications et les critères biologiques ont été exploités pour distinguer les possibles cas d’infections selon les recommandations ATS/ERS/ESCMID/IDSA.

Resultats
Le pourcentage (%) de cultures positives à MNT (sur le nombre total de cultures) pour les années 2018, 2019, 2020 et 2021 est respectivement de 2,2, 2,4, 2,5 et 2,9%, soit de 1236 à 1679 cultures positives (pour comparaison le % de cultures positives à M. complex tuberculosis est de 2,9, 2,2, 2,5 et 2,3%). Près d’1/3 des cultures positives à MNT concerne l’Ile-de-France, pour plus de 10% la région Rhône-Alpes ; pour 93 à 96% [2018-2021] il s’agit de prélèvements d’origine respiratoire. Pour les espèces identifiées, de façon relativement stable entre 2018 et 2021, pour 2/3 des cultures positives, M. avium complex (MAC) est retrouvé, M. xenopi pour un peu plus de 10%, M. gordonae 7,7%, M. abscessus 4% et M. fortuitum/peregrinum 3,3% [moyenne 2018-2021]. Le nombre de cultures positives à MAC a augmenté passant de 808 à 1089 (nombre total de cultures 2018/2021 ; 57000/48300). Pour la seule année 2018, 1 patient sur 2 (sur 747 patients avec cultures positives à MNT) présentait une infection possible à MNT, selon les critères biologiques : ≥2 expectorations positives à la même espèce <6 mois et cultures positives pour toute autre nature de prélèvement, hors M. gordonae.

Conclusion
L’épidémiologie des MNT est dominée par le complexe MAC avec un nombre croissant de cultures positives au cours des 4 années (malgré la pandémie COVID-19). L’analyse des critères cliniques et l’identification précise au sein du complexe permettraient d’affiner les cas possibles d’infections/rechutes.

Mots cles
Mycobactéries non tuberculeuses ; Infections respiratoires

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Objectif - Introduction
Le projet « Mon test IST » a pour objectif d’accroître le dépistage des infections à Chlamydia trachomatis (CT) et Neisseria gonorrhoeae (NG) chez les 18-25 ans à l’aide d’auto-prélèvements urinaires et vaginaux analysés avec le kit Xpert^® CT/NG (Cepheid^®). Ces auto-prélèvements seront réalisés à domicile, en dehors des recommandations du fournisseur. L’objectif de ce travail est d’évaluer le Self-Vaginal FLOQSwabs^® (Copan) pour l‘auto-prélèvement vaginal et le Self UriSponge™ (Copan) pour le recueil du premier jet d’urine chez l’homme, validés pour une utilisation à domicile, avec la trousse Xpert^® CT/NG.

 

Materiels
Deux matrices naturelles négatives constituées d’écouvillonnages vaginaux cliniques groupés ont été infectées avec une culture de CT génovar D/UW-3/Cx et NG (WHO B) à forte concentration (CT à 10⁶ IFU/mL et NG à 10⁶ CFU/mL) et faible concentration (CT à 10⁴ IFU/mL et NG à 10¹ CFU/mL). Chaque matrice vaginale infectée a été testée avec l’écouvillon du kit Cepheid et l’écouvillon Copan, à différents temps de mesure (J1, J3, J7, J10, J16, M1 et M2) et à différentes températures (ambiante, +37°C et -20°C), afin de valider le transport des prélèvements par voie postale. Deux matrices négatives constituées d’urines d’hommes groupées ont été infectées avec les mêmes souches, aux mêmes concentrations, et testées selon les mêmes conditions que précédemment. Chaque test a été réalisé en triplicate. Pour la comparaison des résultats, nous avons calculé la concordance globale.

 

Resultats
Pour chaque matrice, 84 tests ont été réalisés. Les dispositifs d’auto-prélèvement vaginaux montrent une concordance globale de 98,8% [IC 95%, 93,5-99] pour la détection de CT à chaque concentration testée, 100% [95,6-100] et 98,8% [93,5-99] pour NG à forte et faible concentrations. La concordance globale pour les dispositifs d’auto-prélèvement urinaires est de 100% [95,6-100] pour la détection de CT à chaque concentration testée, 100% [95,6-100] pour NG à forte concentration, et 90,5% [82,3-95] pour NG à faible concentration dû à une plus faible détection de NG avec l’UriSponge à partir de J16 aux températures testées.
 

Conclusion
L’utilisation du Self-Vaginal FLOQSwabs® présente d’excellents résultats avec toutes les conditions testées. Avec l’UriSponge, il est recommandé de réaliser l’analyse dans les 16 jours après la réalisation du prélèvement.

Mots cles
Xpert^® CT/NG, auto-prélèvement génito-urinaire, domicile.
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
BDMAX, chlamydiae, gonocoque, délai, préanalytique, trichomonas

Variation des Ct (cycle thresold) en fonction du délai préanalytique

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles

Délais médians de positivité des hémocultures et intervalles de confiance selon différentes espèces et impact du volume de remplissage

Objectif - Introduction
Bartonella henselae (Bh) est l’agent de la maladie des griffes du chat (MGC), Bartonella quintana (Bq) celui de la fièvre des tranchées. Le diagnostic biologique d’une infection à Bartonella repose essentiellement sur la sérologie (recherche d’IgG) par immunofluorescence indirecte (IFI). Réalisée manuellement, l’IFI est une technique fastidieuse, chronophage et sujette à une importante variabilité inter-opérateur. Le préparateur de lames Sprinter XL (Euroimmun®) couplé au microscope à fluorescence automatisé EUROpattern® (Euroimmun®) permet une automatisation quasi complète de cette analyse. L’objectif de ce travail est de vérifier les performances de cette méthode en respectant les exigences de la norme NF EN ISO 15189.

Materiels
La sérologie Bartonella avec le kit Mosaïques^TM de BIOCHIP associé à la technologie TITERPLANE^TM d’Euroimmun® permet une recherche conjointe des IgG anti-Bh et Bq. La préparation des lames est réalisée sur le Sprinter XL®, le microscope à fluorescence automatisé EUROpattern® réalise la lecture des lames et les images sont visualisées et lues sur le logiciel EUROLabOffice® par un opérateur. Les essais ont été réalisés en suivant les recommandations fournisseur: dépistage au 1/320ème et titrage en cas de positivité (dilution de 2 en 2). Il s’agit d’une vérification de méthode de type portée A quantitative. En amont, une maîtrise des risques a été réalisée selon la méthode des 5M. L’évaluation des performances de la méthode est synthétisée dans le tableau 1.

Resultats
L’ensemble des points vérifiés (répétabilité, fidélité intermédiaire, variabilité inter-opérateur, exactitude, comparaison de méthode et essais de contamination) était conforme. La sensibilité diagnostique était de 100% (IC95 = 82,35 – 100), parmi ces sérums 95% avaient des titres ≥ 1280.

Conclusion
Les essais réalisés nous permettent d’affirmer que les performances attendues sont atteintes. La démarche globale d’accréditation donne confiance au technicien, au biologiste et en conséquence au clinicien.  L’automatisation de cette analyse apporte de nombreux avantages : traçabilité totale, gain de temps, diminution de la variabilité inter-opérateur, archivage des images. En développement, une lecture automatique des images permettra à terme de s’affranchir définitivement de la variabilité inter-opérateur.

Mots cles
Immunofluorescence indirecte, Bartonella, sérologie, automatisation

Tableau 1. Evaluation des performances de la méthode

Objectif - Introduction
Evaluer les performances du milieu chromogène sélectif CHROMagar™ LIN-R (CHROMagar/Mast) pour la détection et la différenciation des bactéries Gram+ résistantes au linézolide (LNZ-R) possédant différents mécanismes de résistance et niveaux de CMI.

Materiels
42 souches ont été ensemencées sur milieu LIN-R et gélose au sang avec un inoculum fort (IF : 0,5McF, 10µL) et/ou dilué (ID : 0,5McF à 1/10⁵, 100µL ; ≈20-100UFC) :
- 4 souches à IF pour contrôle de sélectivité du milieu (Bacillus LNZ-S, Corynebacterium LNZ-S, E. coli ATCC25922, P. aeruginosa ATCC27853) ;
- 32 souches de staphylocoques (Sta) à IF et ID : LNZ-S, n=10 ; LNZ-R, n=22, dont 12 ayant seulement le gène cfrA ou cfrB et 10 présentant des mutations ribosomales +/- cfrA ou optrA ;
- 6 souches d’entérocoques (Enc) à IF et ID (LNZ-S : E. faecalis ATCC29212 ; LNZ-R : n=5, dont optrA+, n=2, poxtA+, n=2 et cfrB+, n=1).
La croissance sur LIN-R a été observée à 24 et 48h d’incubation à 37°C (taille/couleur des colonies). La CMI LNZ des souches a été déterminée par E-test (bioMérieux) à 24 et 48h d’incubation (concentration critique = 4mg/L).

Resultats
Les 4 souches utilisées comme contrôle de sélectivité du milieu n’ont présenté aucune croissance sur LIN-R en 48h.
Parmi les 11 souches LNZ-S (10 Sta, 1 Enc), de fines colonies ont été observées à 48h pour 2 souches (faux-positifs, présentant des CMI LNZ limites à 48h à 4-6mg/L). 
Les 27 souches LNZ-R (22 Sta, 5 Enc) poussaient sur LIN-R dès 24h avec l’IF alors qu’avec l’ID, seules 21/27 étaient positives à 24h. Les 6 autres souches ne poussaient à ID qu’après 48h ; ces souches avaient des CMI catégorisées S à 24h (5/6 possédaient le gène cfrA). La taille et le nombre de colonies observées étaient corrélées à la CMI LNZ des souches.
Les colonies sur LIN-R avaient une couleur conforme aux attentes (Sta / rose et Enc / bleu), sauf 2 staphylocoques présentant une teinte bleutée (S. cohnii et S. sciuri).

Conclusion
Le milieu LIN-R présente une excellente sensibilité, y compris pour des souches présentant un mécanisme de résistance au LNZ conférant une CMI basse. Pour cela, comme recommandé par le fabricant, il est indispensable d’incuber 48h, puis d’identifier et vérifier la CMI LNZ des souches. Ce milieu se révèle donc être un outil performant de dépistage des bactéries Gram+ LNZ-R, quelque soit leur niveau de résistance et le mécanisme impliqué.

Mots cles
Linézolide, staphylocoques, entérocoques, milieu sélectif.

Tableau 1 : Nombre de souches ayant poussé sur milieu LIN-R en fonction de l’inoculum utilisé et de la durée d’incubation.

Objectif - Introduction
Les entérobactérales productrices de béta-lactamase à spectre étendu (BLSE) sont multi-résistantes et peuvent être responsables d’infections nosocomiales. La détection précoce de leur portage est particulièrement importante pour la prévention et le suivi de l’antibio-résistance. L’utilisation de géloses chromogènes contribue à cette surveillance active. Cette étude compare leurs performances sur une collection de souches variées.

Materiels
Les milieux chromID® ESBL (bioMérieux), CHROMagarTM ESBL (CHROMagar), BrillianceTM ESBL (Oxoid Thermo SCIENTIFIC) et HardyCHROMTM ESBL (HARDY DIAGNOSTICS) sont constitués d’un mélange d’antibiotiques permettant la croissance sélective d’entérobactérales productrices de BLSE et de substrats chromogènes l’identification directe des espèces les plus fréquemment isolées.
Des souches de E. coli, KESC ( Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Citrobacter) et P. mirabilis issues de la collection de bioMérieux. ont été sélectionnées pour couvrir une diversité de profils métaboliques et de mécanismes de résistance : génotypes ctx-m, tem, shv pour les BLSE, céphalosporinases de haut niveau, hyperproduction de pénicillinase de type K1.
Les milieux ont été ensemencés en parallèle avec une suspension standardisée de chacune des souches, incubés une nuit à 35-37°C et examiné visuellement conformément aux instructions des fabricants.

Resultats
Toutes les souches productrices de BLSE se sont développées avec la coloration caractéristique sur l'ensemble des milieux, sauf une souche d'E. coli qui n'a poussé que sur le milieu CHROMID® ESBL. La souche hyperproductrice de pénicillinase s'est développée sur tous les milieux. Les souches productrices de céphalosporinase de haut niveau n'étaient pas inhibées sur les milieux BrillianceTM ESBL et HardyCHROMTM ESBL. Pour ces souches, la sélectivité du milieu CHROMID® ESBL était supérieure à celle du miliieu CHROMagar.
Sur le milieu BrillianceTM ESBL certaines souches d’E.coli ont montré une coloration caractéristique de KESC.

Conclusion
La sensibilité des milieux chromogènes testés pour la détection des entérobactériales productrices de BLSE était similaire. La spécificité vis-à-vis des céphalosporinases de haut niveau était nettement supérieure sur le milieu CHROMID® ESBL que sur les milieux BrillianceTM ESBL et HardyCHROMTM ESBL.

Mots cles
Milieux chromogènes, Entérobactérales, BLSE

Objectif - Introduction
Même si la Spectrométrie de masse (SM) est devenue la méthode de référence pour l’identification bactérienne, il subsiste des difficultés pour certaines espèces, en particulier Streptococcus pneumoniae (SP) qu’il est parfois difficile de différencier des autres streptocoques viridans (SV). Notre objectif était d’identifier des pics discriminants au sein des spectres de masse obtenus, permettant de différencier de façon fiable et efficace SP des autres SV.

Materiels
Une collection de SP (n=136), identifiés et sérotypés au sein de l’ORP Bretagne, a été testée par SM MALDI-TOF SMART (Brucker Daltonics) avec la base de données V11. Les colonies ont été analysées après dépôt direct avec de l’acide formique. 40 SV ont été analysés selon le même protocole. Ces SV répondaient tous aux critères suivants : résistants à l’optochine, résistants à la bile, identifiés par SM avec un LogScore>2  et sans aucune occurrence de SP proposée. Les spectres ont été analysés sur FlexAnalysis et la présence/absence des pics de masse 3436 et 3420 daltons a été observée. 105 isolats cliniques de streptocoques alpha-hémolytiques (SP et SV) ont ensuite été analysés pour validation.

Resultats
Les 136 SP avaient 1 pic dans la zone 3436d et 0 pic dans la zone 3420d et es 40 SV 1 pic à 3420d et 0 pic à 3436d. Nous avons appliqué cet algorithme aux souches de routine : 0/3436 = SP et 3420/0= SV. 105 souches, qui donnaient en SM 52 SV et 53 SP, ont été analysées. Les 52 SV étaient 3420/0 pour 50, 0/0 pour 1 et 3420/3436 pour 1. Les tests complémentaires font de ces 2 souches des SV. Pour les 53 SP, 49 étaient 0/3436, 1 était 0/0. Ces 50 souches possèdent toutes les caractères de SP (optochine et bile sensibles). 3 SP étaient 3420/0 : la SM proposait un mélange d’occurrences de SP et S.pseudopneumoniae. Ces souches sont optochine sensibles en aérobie mais résistantes en CO2 et non lysées par la bile. L’algorithme les a donc parfaitement différencié de SP.

Conclusion
Notre algorithme trouve tout son intérêt lorsque les propositions sont mélangées, souvent pour des colonies prises directement sur les boites d’isolement et dont on voudrait savoir rapidement s’il s’agit de SP ou de SV. Seules 3 des 281 souches testées ne sont pas classées avec notre technique. Elle s’applique aussi parfaitement aux S.pseudopneumoniae qui sont très mal différenciés par la SM.

Mots cles
MaldiTof, pneumocoque, S.viridans, Pics de masse

Objectif - Introduction
Actuellement il n’existe pas de consensus pour la méthodologie d’analyse microbiologique des cathéters. Le REMIC 2018 recommande une étape de vortex ou de sonication, alors que les recommandations américaines conseillent en plus de l’agitation, le recours à la sonication pour favoriser la libération des bactéries du biofilm. Outre le surplus de temps de cette étape, l’usage d’un appareil de sonication implique des contrôles d’hygiène et de fonctionnements réguliers contraignants. L’objectif de cette étude était de déterminer si la méthode quantitative par vortex-sonication-vortex (VSV) présente une meilleure détection des bactéries que la méthode par agitation simple (V).
 

Materiels
Les 2 méthodes ont été comparées sur des biofilms cultivés in vitro (S. aureus, K. pneumoniae, P. aeruginosa) sur cathéter. Les deux méthodes ont également été comparées sur 308 cathéters reçus au laboratoire. Chaque fragment de cathéter a été transféré dans un bouillon cœur cervelle. Le bouillon a été agité au vortex 1 minute puis ensemencé sur milieu solide (méthode V). Une étape de sonication de 3 minutes à 42 000 Hz a été ensuite effectuée sur le bouillon résiduel suivie d’une agitation au vortex pendant 1 minute avant ensemencement sur milieu solide (méthode VSV). Les colonies ont été dénombrées après 24 heures d’incubation.
 

Resultats
La comparaison des méthodes V et VSV sur les biofilms cultivés n’a démontré aucune différence significative quelle que soit la souche utilisée.
Concernant l’analyse effectuée sur les cathéters de patients, les 2 techniques sont concordantes (κ de Cohen). Parmi les 308 cathéters, 12.8% ont eu un résultat de culture positif. Les espèces les plus fréquemment rencontrées étaient S. epidermidis (47.4%), K. aerogenes (7.8%), S. aureus (5.4%), P. aeruginosa (5.4%), K. pneumoniae (5.4%). Trois cathéters ont présenté une culture positive en méthode VSV et négative en méthode V. A l’inverse, une culture a été retrouvée positive selon la méthode V alors qu’elle était négative en VSV. Si l’on s’intéresse à la significativité des taux de culture, 5 prélèvements sont discordants : 3 sont positifs significatifs (>10³ UFC/cathéter) uniquement en méthode VSV et 2 uniquement en méthode V.
 

Conclusion
La méthode quantitative par VSV ne permet pas une meilleure détection des bactéries par rapport à la méthode par vortex seul dont la mise en œuvre est plus simple.
 

Mots cles
  Culture, Cathéters, Sonication
 

Objectif - Introduction
Certaines études ont révélé un lien entre l'évolution des lésions intra-épithéliales induite par les virus HPV et la présence d'une vaginose bactérienne. Le but de l ‘étude était d'évaluer la faisabilité de la réalisation conjointe de la cytologie cervicale réflexe et du microbiome endocervical chez les patientes HPV+.
 

Materiels
Les échantillons ont été prélevés sur le milieu Preservcyt (Hologic) et les PCR ont été déterminées à l'aide de la technique Roche. Chez 15 patientes HPV+, une cytologie-réflexe a été réalisée conformément aux recommandations HAS de 2019. Dans le même temps, une aliquote a été utilisée pour étudier le microbiome endocervical. La composition du microbiome a été analysée en utilisant le séquençage de l'amplicon du gène de l'ARN du ribosome 16S. Le kit QIAamp DNA Blood Mini (Qiagen, Hilden, Germany) a été utilisé pour l'extraction de l'ADN. Les librairies ont été réalisées en utilisant le kit QIASEQ 16S/ITS (V3-V4, Qiagen). Après séquençage Illumina, les fichiers fastQ ont été analysés à l'aide du logiciel CLC genomic workbench (Qiagen), Nanobiome (Life and soft), et Smartgene.
 

Resultats
Les 15 échantillons ont été classés selon la Terminologie Bethesda 2014: 3 cytologie normale, 3 ASC-US, 3 LSIL et 6 HSIL, le microbiome a pu être réalisé chez 9/15 patientes en raison d'un matériel ADN suffisant après extraction. Les résultats sont présentés dans le tableau 1. Les espèces les plus répandues étaient Gardnerella vaginalis (2 ASC-US, 1 LSIL, 2 HSIL), Lactobacillus crispatus (1 ASC-US, 1 LSIL), Lactobacillus iners (1 HSIL) et Fuseaubacterium nucleatum (1 cytologie normale).

Conclusion
Cette étude a validé la faisabilité d'effectuer simultanément le dépistage du cancer du col de l'utérus et l'analyse de microbiome endocervical. Des cohortes plus importantes sont nécessaires afin d'étudier une éventuelle corrélation entre cytologie cervicale et vaginose bactérienne.

Mots cles
cytologie réflexe, HPV, microbiome, vaginose

Fig.1: Espèces mis en évidence dans les échantillons en fonction de la cytologie retrouvée (Bethesda) NIL= negative for

Objectif - Introduction
L’étude de la sensibilité aux antituberculeux est réalisée par l’antibiogramme en 3 à 4 semaines. Les tests moléculaires prédisent rapidement la résistance à la rifampicine à partir de prélèvements examen microscopique positifs (EM+). Récemment, les techniques de séquençage à partir d’une souche ont permis la prédiction de la résistance aux antituberculeux, notamment ceux recommandés dans la tuberculose multirésistante (MDR). Une alternative est le séquençage ciblé de gènes impliqués dans la résistance. Une étude a été réalisée afin d’analyser les performances de la trousse CE-IVD Deeplex®Myc-TB (Genoscreen) sur souches et prélèvements.
 

Materiels
Echantillons
Nous avons testé 11 souches MDR et les 11 prélèvements dont sont issus ces souches (4 EM+, 7 EM-), ainsi que 5 souches sensibles (1 EM+, 4 EM-) et leurs 5 prélèvements. Dix contrôles externes de qualité ont aussi été analysés (QCMD et Cap Survey).
Méthodes
Après décontamination, l’extraction de l’ADN est réalisée sur Janus®/Chemagic™ 360 (Perkin Elmer). L’ADN des souches est obtenu après lyse et chauffage. L’amplification des gènes associés à la résistance par PCR multiplex est suivie de la préparation des librairies avec le kit Nextera XT (Illumina®), ensuite séquencées sur MiSeq (Illumina®). L’analyse bioinformatique a été réalisée par GenoScreen. Les résultats ont été comparés aux antibiogrammes du laboratoire et ceux de seconde ligne (CNR).
 

Resultats
Les résultats du séquençage des 11 souches MDR et des 4 prélèvements EM+ correspondants étaient concordants avec les antibiogrammes sauf pour le pyrazinamide pour une souche ayant une couverture insuffisante du gène pncA. Seul 1/7 prélèvements EM- a permis un séquençage. Son profil était concordant avec celui de la souche, excepté pour l’éthionamide. Les 5 souches sensibles à l’antibiogramme et le prélèvement EM+ avaient un profil sauvage au séquençage. Seuls 2/4 prélèvements EM- étaient interprétables, mais leurs profils étaient discordants avec les souches correspondantes. Les 10 EEQ testés avaient une quantité d’ADN trop faible pour l’obtention d’un résultat.
 

Conclusion
Le séquençage ciblé est un outil performant pour l’obtention en 4 jours d’un antibiogramme génotypique sur souches obtenues par culture et sur prélèvements EM+. Mais il ne permet pas l’analyse des prélèvements EM- et des EEQ spécifiques seront nécessaires.
 

Mots cles
séquençage ; tuberculose ; multirésistance ; prélèvement

Objectif - Introduction
L’automate de cytologie urinaire Sysmex UN Series™ permet le dénombrement des bactéries et une orientation de la coloration de Gram. L’objectif de cette étude multicentrique était d’évaluer la fiabilité de ces données et de définir une numération bactérienne permettant d’orienter le clinicien au moment de la cytologie urinaire

Materiels
Six laboratoires hospitaliers français ont récolté les données de numération des bactéries des 300 premières urines, quel que soit le service d’hospitalisation et le mode de recueil urinaire, sur un mois alertant l’utilisateur de la "présence de Gram négatif (GN)" par les automates  UF-4000 et UF-5000. Ces données ont été comparées aux résultats de la culture bactérienne obtenue après 20-24h et parfois 48h d’incubation sur les milieux chromogènes urinaires (CPS, Uri4)

Resultats
Le pourcentage de culture positive mono-microbienne à GN variait de 52% à 73% selon les centres lorsque le nombre de bactéries était fixé à >150/µL. L’accroissement du seuil à 1 000 bactéries/µL permettait d’augmenter de manière significative le pourcentage de 57% à 87% avec une majorité des centres au-delà de 70%. A noter, que les cultures étaient négatives uniquement dans 6,2% et 0,7% lorsque les seuils étaient respectivement de 150 et 1 000 /µL. Moins de 2% des cultures étaient positives avec une espèce à coloration de Gram positive. Au total, 92% et 98% des cultures étaient positives avec au moins un GN lorsque le seuil était respectivement de 150 et 1 000/µl.

 

Conclusion
Avec un seuil fixé à 1 000 bactéries/µL et une alerte présence de Gram négatif de l’automate, la probabilité d’obtenir une culture mono-microbienne significative (>104 UFC/ml) était de 71% dans notre étude. Ces données associées à celle de la leucocyturie devraient améliorer l’orientation du clinicien pour la prise en charge des infections urinaires.

Une étude comparable doit être faite sur la détection des bactéries à Gram positif.

Mots cles
Sysmex UN 
Détection des BGN
 

Objectif - Introduction
Les Infections Ostéo-Articulaires sur Prothèses (IOAP) peuvent constituer un challenge diagnostic, notamment en cas de signes cliniques frustres, d’antibiothérapie préalable à la chirurgie, ou de prélèvements bactériologiques non contributifs. Ainsi l’identification de biomarqueurs articulaires permettant d’optimiser le diagnostic apparaît nécessaire. L’objectif de cette étude était d’évaluer les performances de la calprotectine articulaire dans le diagnostic des IOAP.

Materiels
Les liquides articulaires prélevés au CHU de Nantes dans un contexte de suspicion d’IOAP ou de descellement mécanique étaient rétrospectivement inclus (Octobre 2019-Février 2021) et conservés à -20°C jusqu’à analyse. La calprotectine était dosée par technique immunoturbidimétrique (automate Optilite®, Bühlmann). En accord avec la littérature, un seuil de 50 mg/L a été retenu. Les patients étaient considérés infectés ou non infectés selon le score IDSA 2013 (Gold standard). Un test de Mann-Whitney était réalisé pour comparer les taux mesurés dans les deux groupes. La sensibilité (Se), la spécificité (Sp), et valeurs prédictives positive (VPP) et négative (VPN) étaient calculées.

Resultats
27 liquides articulaires (hanche 74%, genou 22% et épaule 4%) étaient inclus, prélevés chez 15 patients infectés et 10 non infectés (IDSA). L’âge moyen des patients était de 70 ans (50-83). Les taux de calprotectine mesurés étaient significativement supérieurs dans le groupe infecté (Figure 1). 5 faux positifs (FP) étaient identifiés et aucun faux négatif. Les Se, Sp, VPP et VPN étaient de 100%, 50%, 77% et 100% respectivement.

Conclusion
Malgré un effectif limité, cette étude préliminaire identifie la calprotectine comme un biomarqueur prometteur dans le diagnostic des IOAP, particulièrement pour exclure une infection (VPN = 100%). La présence d’un syndrome inflammatoire systémique, le caractère hémorragique et/ou la congélation des prélèvements avant analyse semblent augmenter le risque de FP. L’impact du caractère hémorragique pourrait être limité par une centrifugation précoce du prélèvement, comme rapporté pour le dosage de la leucocyte estérase. Une étude prospective en cours devrait permettre d’optimiser les conditions pré-analytiques et ainsi conforter les performances diagnostiques de ce marqueur sur un effectif plus grand.

 

Mots cles
Calprotectine articulaire ; Infection ostéo-articulaire sur prothèse ; diagnostic ; biomarqueur

Figure 1: Concentration de la calprotectine articulaire chez les patients infectés et non infectés

Objectif - Introduction
L’examen cyto-bactériologique des urines (ECBU)  est l’examen de microbiologie médicale le plus réalisé en France.
Il s’agit donc dans cette étude de réaliser son analyse de cycle (ACV) sur différentes modalités permettant la proposition de leviers d’actions incluant une réflexion sur l’innovation, le progrès et la place de la technique dans notre exercice de soin.

Materiels
L’unité fonctionnelle de cette étude est représentée par la réalisation de la partie analytique d’un ECBU positif à Escherichia coli au laboratoire de microbiologie.
Le périmètre lui, va de l'enregistrement du tube au laboratoire jusqu'à l'interprétation technique de l’antibiogramme.
Trois scénarios seront étudiés dans cette étude : une modalité technologique automatisée, une semi-automatisée et une à réalisation manuelle.
Les impacts étudiés sont ceux de la méthode globale « ReCipe 2016 Midpoint (H) », au nombre de 11, sur 100 ans :
Le changement climatique
La réduction de l’ozone stratosphérique
La formation d’ozone photochimique
La formation de particules fines
L’acidification terrestre
L’eutrophisation (eau douce et marine)
La surface de terres occupées
La toxicité sur l’environnement, comprenant les écosystèmes aquatiques (marins et fluviaux) et terrestres
La toxicité humaine, comprenant les effets cancérogènes et non cancérogènes
L’épuisement des ressources non renouvelables, comprenant les minerais et les énergies fossiles
L’épuisement des ressources en eau.

Resultats
L’impact globale est en moyenne plus fort de 1,73 fois selon la modalité semi-automatisé par rapport à la modalité manuelle.
À noter que la différence d’impact la plus importante se retrouve sur l’indicateur des ressources minérales (2,7), donc un indicateur fortement corrélé aux enjeux de résilience de notre modèle technologique.

Conclusion
Cette étude apporte la première évaluation de l’impact environnemental d’une analyse de microbiologie médicale.
Il apparait ainsi que l’impact environnemental d’un ECBU positif à E.coli réalisé selon une modalité technologique manuelle impacte en moyenne 1,7 fois moins l’environnement que selon une modalité technologique semi-automatisée et 1,9 fois moins pour les émissions de gaz à effet de serre responsables du changement climatique, qui sont d’environ 1 kgeqCO2 contre 1,84 kgeqCO2.

Mots cles
ECBU
Escherichia coli
Automatisation
Analyse de cycle de vie
Limites planétaires
CO2 ; Dioxyde de carbone
Impact environnemental
 

Objectif - Introduction
Le diagnostic bactériologique basé sur la culture peut être limité ; le recours à la PCR ADNr 16S peut augmenter les chances de documentation. L’objectif de cette étude est de réaliser une comparaison du séquençage Sanger vs Nanopore et une analyse des résultats obtenus après 6 mois de pratique du NGS, pour la PCR 16S.

Materiels
Après extraction manuelle de l’ADN, l’amplification par PCR du gène de l’ADNr 16S et le barcoding sont réalisés avec le 16S Barcoding Kit (ONT). Une souche ATCC de Clostridium perfringens est utilisée comme contrôle positif. Le séquençage est effectué sur un séquenceur GridION. Les données sont analysées selon les critères : qualité et longueur des séquences ; sous-échantillonnage de 1000 reads ; identification si nombre de reads/cluster >200 ; second sous-échantillonnage). La séquence consensus est confrontée à 2 bases de données (BLAST NCBI/LEBIBI).

Resultats
Comparaison Sanger/Nanopore :
128 échantillons ont été analysés. Pour 70, les résultats obtenus (négatif ou positif) sont concordants entre les 2 techniques. Parmi les discordances i) 5 prélèvements positifs en Sanger mais négatifs/contamination environnementale en Nanopore ii) 11 prélèvements positifs en Nanopore mais négatifs/contamination environnementale en Sanger iii) 35 échantillons avec présence d’une contamination versus négatif. De plus, 7 doubles populations bactériennes ont été identifiées en Nanopore mais pas en Sanger.
 
Données de 6 mois de pratique :
431 échantillons ont été analysés. La moitié correspondait à des prélèvements ostéo-articulaires, venaient ensuite des prélèvements de LCR (8,6%), valve cardiaque (8,1%), disco-vertébraux (7,9%). Pour plus d’1/3 (156/431), la présence d’ADN bactérien était associée à une identification validée biologiquement. Pour 25 échantillons/156 (16%), une double population bactérienne, avec des critères de séquençage/biologiques satisfaisants, a été obtenue. Parmi les 273 résultats négatifs, une contamination était identifiée dans 1 cas/2 mais non validée biologiquement (4/5 bactéries environnementales/digestives et 1/5 bactéries cutanées).

Conclusion
Le séquençage Nanopore, par sa capacité à identifier une double population bactérienne, réduit les résultats ininterprétables en Sanger et améliore la documentation microbiologique. L’identification de contaminations environnementales reste difficile d’interprétation, en Sanger ou Nanopore.

Mots cles
PCR16S
NGS
Sanger
Nanopore

Objectif - Introduction


Materiels
Nous avons analysé rétrospectivement les situations cliniques pour lesquelles une PCR 16S a été prescrite du 1er janvier 2020 au 31 décembre 2021. L’extraction d’ADN a été réalisée sur l’automate SelectNA plus Micro Dx  et la PCR 16S avec les réactifs du kit UMD SelectNA (Molzym, Allemagne) et en temps réel.
Les produits de PCR des échantillons positifs ont été purifiés avec le kit Promega (Promega, France). Les amorces de séquençage incluses dans le kit UMD SelectNA one été utilisées pour le séquençage Sanger, réalisé par le Seqstudio Applied Biosystems (ThermoFisher, France).

Resultats


Conclusion


Mots cles
PCR ADNr 16S, infections osteo-articulaires, diagnostic moléculaire, bon usage des antibiotiques
 

Objectif - Introduction
Les rickettsioses sont des maladies infectieuses réémergentes, cliniquement polymorphes et potentiellement graves. Le diagnostic moléculaire de ces maladies à l'aide d'écouvillons d'escarres est apparu récemment et peut être très utile pour le diagnostic de ces maladies.
Le but de cette étude est de déterminer l’intérêt de la PCR sur les écouvillons d'escarres dans le diagnostic microbiologique.
 

Materiels
Il s'agit d'une étude prospective de type desciptif ayant porté sur des patients admis au CHU de Tizi-ouzou pour une fièvre éruptive, du 1er janvier 2012 au 31 décembre 2014. Un prélèvement cutané à l'écouvillon a été réalisé chez les patients ayant des escarres d'inoculation ( Photo 1). Une étude sérologique a été réalisée chez tous les patients. Le diagnostic de rickettsiose a été retenu devant des arguments sérologiques : immuno fluorescence indirecte (IFI) et/ou par PCR. L'outil statistique a permis l'analyse des différentes variables de manière univariée, une valeur P< 0.05 étant considérée significative.
 

Resultats
Trois cent dix patients ont été inclus dans notre étude répartis en 204 hommes (65.8%) et 106 femmes (34.2%). Le tableau clinique prédominant était une fièvre éruptive ( Photo 2). La sérologie était positive chez 195 patients (62.9%). Les anticorps anti rickettsia conorii, rickettsia felis et rickettsia typhi ont été positifs respectivement dans 127 cas (65.1%), 18 cas (9.2%)  et 5 cas (2.6%). Une réaction croisée a été retrouvée dans 45 cas (23.1%). Les prélèvements d'escarre            ( Photo 2) de 57 (78%) patients se sont révélés positifs en PCR pour rickettsia conorii conorii, dont dix étaient négatifs en IFI.        

Conclusion
Toute fièvre associée à un rash et/ou à une escarre d’inoculation doit faire évoquer le diagnostic de rickettsiose et faire pratiquer, en plus de la sérologie, une PCR sur écouvillon d’escarre, car elle est facile à réaliser et semble très utile pour la détection rapide de Rickettsia dans la phase précoce de l'infection.
 

Mots cles
Rickettsioses, Fièvre éruptive,  Ecouvillon, Escarre d’inoculation, PCR
 

Photo 1 : Escarre d'inoculation

Photo 2 : Eruption maculo-papuleuse

Objectif - Introduction
Le complexe d’espèces Klebsiella pneumoniae (KpSC) regroupe cinq espèces dont les plus fréquentes sont K. pneumoniae, K. variicola et K. quasipneumoniae. Pour ces bactéries ubiquistes, une PCR en temps réel, nommée ZKIR, a été développée par Barbier et al et est spécifiquement dédiée à la détection de KpSC dans les prélèvements environnementaux. Chez l’Homme, ces espèces sont également naturellement présentes au sein de la flore digestive. L’objectif de ce travail était de tester la sensibilité et la spécificité de cette PCR sur des prélèvements d’origine humaine, les selles.

Materiels
Au total, 98 selles de patients hospitalisés en réanimation ont été cultivées en bouillons d’enrichissement additionnés d’ampicilline (10mg/L) et vancomycine (16mg/L) pour 24h. Les ADN totaux des cultures liquides ont été extraits par le kit Instagen®. Les extraits ont été analysés purs, dilués au 1/10e et au 1/100e par PCR en temps réel ZKIR. Le témoin positif était une culture pure de K. pneumoniae ATCC 700603. Les résultats de PCR étaient considérés négatifs si le CT était supérieur à 35. En parallèle, les cultures en bouillon ont été repiquées sur milieux gélosés dans le but d’identifier la présence de KpSC. Une comparaison des résultats de PCR et culturaux a été réalisée.

Resultats
La culture a retrouvé 27/98 échantillons positifs à KpSC. La PCR sur extraits non dilués a retrouvé 22 échantillons positifs sur 98 testés, tous positifs en culture. La sensibilité (Se) était de 81% et la spécificité (Sp) de 77% (Tableau 1). Avec des extraits dilués, tous les échantillons positifs en culture ont été détectés en PCR indifféremment de la dilution. Au 1/10e, le CT médian était de 10,9 [8,9 ; 14,5] avec une Se de 100% et une Sp de 63%. Au 1/100e, le CT médian était de 13,4 [11,4 ; 19,3] avec une Se de 100% et une Sp de 66%. Le fort taux de « faux-positifs » observé, est probablement dû à une plus forte sensibilité de la PCR sur la culture. En revanche, la dilution des extraits d’ADN a permis d’augmenter la sensibilité du test ZKIR qPCR, sans doute en diminuant l’impact des inhibiteurs de PCR responsables des « faux-négatifs ».

Conclusion
La PCR ZKIR est une technique efficace pour la détection de la colonisation digestive à KpSC à partir de bouillons d’enrichissement. Une dilution des extraits d’ADN est toutefois souhaitable pour optimiser la sensibilité de détection.

Mots cles
qPCR, ZKIR, Klebsiella pneumoniae, clinique

Tableau 1

Objectif - Introduction
Sexually transmitted infections (STIs) are a major public health problem worldwide. These diseases have a heavy impact on health but also have serious social and economic consequences. In Europe, there has been a significant increase in these diseases over the last ten years. Among the best known and most important pathogens are chlamydia, trichomoniasis, gonorrhoea and diseases resulting from infections with the bacterium Mycoplasma genitalium.
Reliable, sensitive and rapid diagnosis is very important, indeed, late diagnosis and treatment of STIs can lead to significant health consequences, such as chronic pelvic pain, ascending infection or ectopic pregnancy. In addition, the transmission of these pathologies to the foetus or child can lead to serious neurological sequelae as well as infertility in women and men. 
Polymerase chain reaction (PCR) is the fastest and most reliable diagnostic technique. This study aims to characterize the analytical and clinical performance of the Eurobioplex (EBX) Multi-Fast STI kit (Eurobio Scientific, Les Ulis, France).

Materiels
The EBX Multi-Fast STI kit is a pentaplex fluorescence TaqManTM real-time RT-PCR assay for the qualitative detection of Chlamydia trachomatis (CT), Nesseria gonorrhoeae (NG), Trichomonas vaginalis (TV), Mycoplasma genitalium (MG), and an endogenous control. RT-PCR is used, rather than simple PCR, to obtain a faster and more sensitive result. The evaluation was carried out on a plasmid mix containing CT, NG, TV and MG amplified sequences, and on pre-characterized biological positive and negative samples. Isolated from urine samples, vaginal swabs and cervical swabs, extracted on MaelstromTM 9600 (TANBead).

Resultats
The PCR result on CFX96TM (Bio-Rad) was obtained in 50 minutes from 5 µl of RNA/DNA in a 15 µl PCR reaction. The LOD (Limit of detection) 95 % was 1.3 copies/ml for CT, 2.8 copies/µl for NG, 3.3 copies/µl for MG and 3.2 copies/µl for TV.
Diagnostic specificity were 100% for all targeted pathogens.
Diagnostic sensitivity were 100% for CT, NG and MG, and 91% for TV.

Conclusion
The EBX Multi-Fast STI kit is a fast, sensitive and specific diagnostic test, essential for early and effective therapeutic patient management. It provides a useful tool to study and detect STI’s pathogens.

Mots cles
Chlamydia trachomatis, Nesseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Real time PCR, fluorescence, diagnostic.

Objectif - Introduction
Les gastro-entérites infectieuses sont un problème de santé publique majeur dans le monde, notamment chez les nourrissons et les jeunes enfants. Les agents infectieux sont nombreux et peuvent être sous diagnostiqués par les méthodes conventionnelles.  L’objectif de ce travail est de déterminer l’apport de la PCR multiplex dans le diagnostic des gastro-entérites infectieuses chez l’enfant immunodéprimé au CHU Mohammed VI de Marrakech.
 

Materiels
Pour cela, une étude descriptive a été menée, portant sur une durée de 3 ans et demi (Janvier 2019-juin 2022). Ont été inclus tous les enfants ayant présenté un tableau clinique de gastro-entérite infectieuse (GEI) sur un terrain d’immunodépression et chez qui une PCR multiplex Filmarray ( Biofire GI Panel)  a été réalisée.

Resultats
Ont été colligé durant cette période, 148 enfants âgés de moins de 16 ans, ayant présenté un tableau clinique de gastro-entérite infectieuse sur un terrain d’immunodépression et hospitalisés dans les différents services de pédiatre du CHU Mohammed VI. La prévalence de GEI documentée était de 60.8% (n=90/148). L’âge moyen était de 5 ans, avec une légère prédominance masculine.  Les enfants présentant un déficit immunitaire primitif représentaient 12% des cas.
Escherichia coli entéro-pathogène était le germe le plus incriminé 34%(n=31), suivie d’Escherichia coli entéro-agrégative 31% (n= 28), Escherichia coli entéro-invasive 16.7% (n=15), Clostridium difficile 15.5% (n=14) et Campylobacter 12% (n=11). Les gastro-entérites virales ont été retrouvé chez 25% des enfants, causées essentiellement par le Norovirus (9%). Les mono-infections étaient prédominantes (51%), la co-infection à 2 microorganismes a été retrouvé chez 30% des enfants, et à plus de 2 germes chez 18.9% des enfants. Une prédominance des gastro-entérites au cours de la saison estivale a été constaté (30%). Une prise en charge adapté a été mise en place chez tous les enfants.

Conclusion
Les résultats de cette étude ont montré que les techniques moléculaires en termes d’approche syndromique ont toute leur place dans le diagnostic des gastro-entérites infectieuses chez l’enfant immunodéprimé, permettant un criblage large et rapide et offrant la possibilité d’un traitement précoce et une mise en place rapide des mesures d’hygiène.

Mots cles
Approche syndromique, enfants, Immunodépression, Gastro-entérite, PCR multiplex

Objectif - Introduction
La PCR Helicobacter pylori permet une détection sensible de cette bactérie et des mutations associées à la résistance aux macrolides. Le but de cette étude était d’automatiser et d’évaluer les performances de la PCR RIDA®GENE H. pylori (r-Biopharm) sur automate Ingenius (Elitech) sur biopsies et selles.
 

Materiels
200 biopsies gastriques reçues au laboratoire entre juillet et octobre 2021 ont été testées en rétrospectif. Ces 200 biopsies concernaient 105 femmes et 95 hommes (sex-ratio H/F= 0,48) avec une moyenne d’âge de 49 ans ±16,9. La PCR H. pylori du CNRCH a été utilisée comme référence. En cas de discordance les renseignements cliniques et histologiques ont été considérés.
55 selles reçues au laboratoire en 2014, de statut H. pylori connu ont également été testées selon le même protocole que les biopsies gastriques.
 

Resultats
Sur 200 biopsies, 100 étaient attendues négatives pour H. pylori : 98 biopsies ont été détectées négatives à l’Ingenius. Deux biopsies étaient positives (Ct 35 et 38,4). Aucun antécédent ni notion d’infection à H. pylori était disponible pour ces 2 cas.
Les 100 biopsies attendues positives pour H. pylori ont toutes été détectées positives sur Ingenius. La moyenne des Ct de détection de H. pylori était de 23,0 Ct ± 2,5. Une population sensible aux macrolides était attendue pour 65 biopsies, une infection par un H. pylori avec une mutation A2142-43G pour 30 biopsies, et une population mixte sensible + mutée A2142-43G pour 5 biopsies. Elles ont toutes été parfaitement détectées et catégorisées sur Ingenius.
La sensibilité du kit sur Ingenius était respectivement de 100%, la spécificité de 98-100%, la VPN de 100% et la VPP de 98-100% pour la détection de H. pylori et la catégorisation de la sensibilité aux macrolides.
Les essais de PCR H. pylori sur Ingenius sur échantillons de selles n’ont donné aucun faux positif sur les 30 négatifs attendus et 7 faux négatifs sur les 25 positifs attendus, soit une sensibilité de 72% et une spécificité de 100%. La résistance aux macrolides n’a pas été détectée pour 2 échantillons de selles sur 6 attendus résistants, soit une sensibilité de 66,7% et une spécificité de 100% (pas de faux positifs).
 

Conclusion
Les performances de la PCR RIDA®GENE H. pylori sur automate Ingenius concernant les biopsies gastriques sont excellentes. Les essais sur selles sont moins performants.
 

Mots cles
H. pylori, PCR, automatisation, Ingenius
 

Objectif - Introduction
Les mycobactéries non tuberculeuses (MNT) sont responsables d’infections pulmonaires et extra pulmonaires chez l’Homme. L’identification des MNT est essentielle au diagnostic et au traitement de ces infections. L’objectif de cette étude est d’évaluer les performances du kit FluoroType® Mycobacteria VER1 (Hain, Life Science) pour l’identification des MNT. Ce nouveau kit de PCR en temps réel basé sur l’analyse de courbe de fusion permet d’identifier 32 espèces de MNT et le complexe Mycobacterium tuberculosis (MCTU) à partir des cultures liquides et solides.
 

Materiels
Au total, 46 isolats de MNT et 2 souches de MCTU collectées au CHU de Bordeaux entre 2015 et 2022 ont été sélectionnés. Ces espèces ont été identifiées par les kits GenoType® Mycobacterium CM/AS/NTM-DR/MTBC (Hain, Life Science) ou le séquençage de l’ADNr 16S si les kits rendaient Mycobacterium sp. L’extraction d’ADN bactérien a été réalisée avec le kit FluoroLyse® (Hain, Life Science) à partir de cultures en milieu liquide (MGIT, BD diagnostics) (n=44) et/ou solide (Coletsos ou Lowenstein-Jensen) (n=4). Deux souches de MNT ont été testées à la fois en milieu liquide et solide. L’amplification et la détection ont été réalisées avec le FluoroCycler® XT. Les identifications obtenues avec le FluoroType Mycobacteria ont été comparées aux résultats obtenus avec les kits GenoType ou le séquençage.
 

Resultats
Les identifications étaient concordantes dans 85,4% des cas (41/48) (Tableau 1). Parmi les sept résultats discordants, deux souches ont été rendues Mycobacterium sp par le FluoroType Mycobacteria (M. interjectum et M. gordonae). Pour les 5 autres souches, une autre espèce a été rendue : M. abscessus ssp abscessus dans 3 cas au lieu de M. celatum, M. bohemicum et M. hassiacum, M. segmatis au lieu de M. mageritense et M. simiae au lieu de M. elephantis. Trois autres espèces, non évaluées par le kit, ont été testées dans cette étude : M. canariesense, M. heraklionense et M. novocastrense, ces espèces ont été rendues Mycobacterium sp. par le FluoroType Mycobacteria. A noter que les espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis ne peuvent pas être différentiées par ce kit.

Conclusion
Ce nouveau kit présente d’excellentes performances pour l’identification des MNT. Il est simple d’utilisation avec une disponibilité des résultats en 2,5 heures environ.  
 

Mots cles
Mycobactéries, Identification, Genotype®

Résultats du FluoroType® Mycobacteria VER 1.0 pour la différenciation des espèces mycobactériennes à partir de culture liquide ou solide

Objectif - Introduction
Cutibacterium acnes, acteur clé de l’écosystème cutané, présente un regain d’intérêt. Cette bactérie est impliquée dans les infections ostéoarticulaires et dans les pathologies inflammatoires cutanées chroniques. L’essor de différentes techniques de typage moléculaire a permis de distinguer 6 phylotypes majeurs: IA₁, IA₂, IB, IC, II et III. Les souches osseuses appartiennent aux phylotypes IB/II alors que les souches d’acné sont dans 90% des cas du phylotype IA₁. L’arrivée de la spectrométrie de Fourier Transformation-Infrared (FT-IR) permet d’analyser les spectres IR fournis par l’IR-Biotyper (IRBT de Bruker) à partir d’isolats dont la culture a été standardisée. Nous avons évalué la capacité de l’IRBT à distinguer les 6 phylotypes de C. acnes

Materiels
Des isolats issus de notre collection bien caractérisés au niveau de leur phylotype, complexe clonal et SLST type ont été sélectionnés. 225 souches provenant de différentes natures de prélèvements ont été analysées (75 visages, 34 dos, 57 épaules, 57 rachis, 2 hanches). Pour chaque souche, à partir d’une culture de 72h sur gélose Schaedler incubée en anaérobiose, une suspension homogène était déposée en couche mince sur la cible en triplicate. L’acquisition des spectres IR a été conduit sur l’IRBT avec un focus sur la fourchette spectrale entre 800 et 1300 Cm-1, ciblant la région des carbohydrates. Les spectres ont été analysés par le logiciel OPUS avec un algorithme spécifique

Resultats
Toutes les souches ont généré des spectres de qualité. L’analyse des spectres IR a permis d’obtenir 6 clusters pour l’ensemble du panel de souches représentant la diversité de C. acnes (Figure1).
L’IRBT a créé des clusters surperposables à ceux définis par technique SLST. Il semble plus délicat de séparer les phylotypes IA₁/IA₂ proches. En revanche, l’analyse des sous-types au sein du phylotype IA₁ permet de distinguer les SLST qui produisent plus de biofilm précoce : SLST D vs SLST A, appartenant tous au complexe clonal CC18

Conclusion
Cette étude est la 1ère à analyser de nombreuses souches de C. acnes. L’IRBT permet un typage rapide après culture. Il pourrait permettre d’identifier la présence de différents phylotypes au sein d’un même échantillon. Afin de valider et préciser le pouvoir discriminant de la FT-IR, l’analyse de souches non caractérisées est en cours et sera comparée au SLST

Mots cles
FT-IR, Cutibacterium acnes, Phylogénie, Phylotypes

Objectif - Introduction
Streptococcus pyogenes (Streptocoque du groupe A, SGA) est une bactérie pathogène responsable notamment d’infections invasives de la peau et des tissus mous, d’infections ORL et d’épidémies de cas groupés. Son type emm est relativement corrélé aux répertoires de gènes de virulence. L’IR Biotyper® (Bruker, USA), utilisant la spectroscopie infrarouge, est utilisé pour le typage et la surveillance d’épidémies pour d’autres pathogènes. L’objectif de l’étude est d’évaluer les performances de l’IR Biotyper® pour la surveillance épidémiologique des infections à SGA (type emm et caractère épidémique).

Materiels
Un total de 224 souches de SGA issues de la collection du Centre National de Référence des Streptocoques et préalablement caractérisées a été analysé par le système IR Biotyper®. La classification des souches selon le type emm a été réalisée par analyses en composantes principales (PCA) et via un algorithme d’apprentissage supervisé (fonction « Classifier »). Un total de 199 souches responsables de 66 cas groupés caractérisées par électrophorèse en champs pulsé et réparties dans 8 types emm a été analysé par l’IR Biotyper® par analyse en composante principale et apprentissage autonome avec réalisation d’un dendrogramme.

Resultats
Sur les 224 souches de SGA analysées, 222 types emm (99%) ont été correctement prédits. Une souche de type 1 a été classé en type 89 et une souche de type 89 a été classée en type 28. Pour tous les types emm étudiés, ni le dendrogramme, ni l’analyse en composante principale n’ont permis de séparer les populations en clusters épidémiques.

Conclusion
Le système IR Biotyper® permet de déterminer le type emm des souches de SGA après apprentissage supervisé de façon précise. Ses performances pour la distinction et le dépistage de clones épidémiques de SGA semblent cependant insuffisantes et nécessiteraient des investigations approfondies, ce qui pourrait être facilitée par la nouvelle version logicielle (IR Biotyper version 4) en développement par le fournisseur.
 

Mots cles
Streptococcus pyogenes, Streptocoque du groupe A, IR Biotyper®, typage, clones, épidémie
 

Objectif - Introduction


Materiels


Resultats


Conclusion


Mots cles
Streptococcus agalactiae, Streptocoque du groupe B, IR Biotyper®, typage, CC-17, capsule, épidémie

Objectif - Introduction
Le typage des agents infectieux est important pour identifier des clusters lors de l’investigation d’épidémies hospitalières. Une des méthodes de référence est le typage par électrophorèse en champ pulsé (PFGE) mais cette technique est fastidieuse. Récemment, de nouvelles techniques, plus rapides, ont été développées, comme l’automate IR Biotyper® (Bruker Daltonics, Bremen, Allemagne) qui repose sur une technique de spectrophotométrie infrarouge, avec transformation de Fourrier.
Le but de ce travail est d’évaluer les performances de l’automate IR Biotyper® par rapport à l’électrophorèse en champ pulsé afin de déterminer sa place dans la stratégie du typage bactérien en routine.

Materiels
106 souches ont été analysées. Toutes les souches sélectionnées ont été typées par PFGE (défini comme méthode de référence), avant l’analyse par l’IR Biotyper®. Pour cette dernière, une suspension ethanol/eau a été préparée à partir de cultures de moins de 24h isolées sur gélose au sang, conformément aux recommandations du fabricant. L’absorption a été mesurée en déposant en triplicate chaque souche sur une plaque en silicone.
L’acquisition des spectres repose sur l’absorption dans la zone infra-rouge des polysaccharides (longueur d’onde : 1,300–800 cm-1).

Resultats
La répartition des souches analysées est la suivante : 41 entérobactéries [Klebsiella aerogenes (n=13), Klebsiella pneumoniae (n=20), Serratia marcescens (n=8)], 50 staphylocoques [(Staphylococcus aureus (n=26), Staphylococcus epidermidis (n=24)], Enterococcus faecium (n=8) et Pseudomonas aeruginosa (n=7).
Au total, nous avons obtenu 83 % de concordance entre le PFGE et l’IR Biotyper. Des discordances ont été observées principalement pour S. aureus (6/26) et K. aerogenes (7/13), mais aussi pour S. epidermidis (2/24) , K. pneumoniae (2/20)  et  P. aeruginosa (1/7).

Conclusion
La méthode IR Biotyper montre une bonne concordance avec le PFGE. Les faibles coûts d'exploitation et les délais d'exécution courts (3h) font de l'IR Biotyper un outil prometteur pour le typage des souches et l'investigation rapide des épidémies. Cependant, dans notre expérience, il n'a pas permis une discrimination satisfaisante les souches de S. aureus et de K. aerogenes. Ainsi, d'autres techniques de confirmation peuvent parfois être nécessaires.

Mots cles
Typage bactérien, spectrophotométrie infra-rouge, électrophorèse en champ pulsé

Objectif - Introduction
Les entérobactéries productrices BLSE constituent un problème majeur de santé publique dont Klebsiella pneumoniae BLSE (Kp-BLSE) responsable de nombreuses infections nosocomiales. La maitrise de leur diffusion est donc indispensable, basée sur des critères épidémiologiques et du typage. Historiquement, l’électrophorèse en champ pulsé (ECP) était considérée comme le gold standard mais comportait cependant de nombreux inconvénients techniques. Nous proposons ici l’utilisation d’une méthode alternative simple, l’antibiogramme quantitatif (AQ), pour suivre en temps réel la diffusion de Kp-BLSE.

Materiels
Un panel de 66 souches de Kp-BLSE ont été typées. Elles ont été d’abord typées selon la technique de l’ECP. Les distances entre les souches ont été calculées en utilisant l’indice de Dice avec un seuil retenu de 80%. La méthode de l’AQ a été ensuite testée en calculant la distance euclidienne à partir des diamètres d’inhibition de 6 antibiotiques. Un seuil de 3 mm a été retenu. L’appariement des souches et la représentation sous forme de dendrogramme ont été effectués avec le logiciel Bionumerics®. Après ajout de critères épidémiologiques, le pouvoir discriminant et la congruence des 2 méthodes combinées (typage+ critères) ont été déterminées en calculant respectivement l’indice de Simpson (IS) et l’indice de Wallace ajusté (IWA).

Resultats
L’ECP a permis de discriminer 38 groupes dont 29 souches isolées alors que 29 groupes dont 19 souches isolées ont été déterminés par la méthode de l’AQ. Avec les critères épidémiologiques, l’ECP combiné et l’AQ combiné ont respectivement séparé 47 (dont 35 souches isolées) et 56 (dont 37 souches isolées) groupes. Les deux méthodes de typage combiné ont un fort pouvoir discriminant, avec un IS atteignant respectivement 0,989 et 0,986 pour l’ECP combiné et l’AQ combiné. L’IWA donnait une probabilité de 60,9% [45,7%-76,1%] que 2 souches regroupées par la méthode de l’AQ combiné soient également regroupées par la méthode de l’ECP combiné. Aucune différence significative n’a été observée entre les 2 techniques.

Conclusion
L’AQ constitue une alternative intéressante à l’ECP pour le suivi épidémiologique des Kp-BLSE, avec une congruence acceptable pour une méthode de screening. Sa faisabilité la rende attractive pour tout laboratoire de microbiologie et/ou laboratoire d’hygiène.

Mots cles
Klebsiella pneumoniae, BLSE, champ pulsé, antibiogramme quantitatif

Objectif - Introduction
Evaluer l’évolution entre 2009 et 2021 de la résistance aux bêta-lactamines et de la distribution des sérotypes dans les infections invasives pédiatriques à pneumocoque. Les données analysées ont été générées à partir d’un programme national de surveillance du pneumocoque.

 

Materiels
Les isolats invasifs de S. pneumoniae ont été collectés par le réseau des Observatoires Régionaux du Pneumocoque. Les souches isolées de liquide cérébro-spinal (LCS) et d’hémocultures (HEM) ont été étudiées pour leur résistance à pénicilline G (PEN), amoxicilline (AMX) et au céfotaxime (CTX). Les sérotypes ont été réalisés au CNRP. L’année 2009, précédent l’introduction du PCV13 a été comparée à 2011, 2013, 2015, 2017, 2019 et 2021.

 

Resultats
Durant cette période, 1,965 isolats de S. pneumoniae ont été collectés, 448 de LCS et 1,517 HEM. Entre 2009 et 2013 le nombre de souches est passé de 575 à 224 (-61%). La stabilité observée entre 2013 et 2019 a été suivie par une nouvelle réduction en 2021 passant de 206 à 160 (-22%). La répartition des souches par tranche d’âges était la suivante : 0-23 mois 47%, 2-5 ans 32% et 6-15 ans 21%. La fréquence des souches de sensibilité diminuée (I+R) a augmenté en 2021 atteignant pour la PEN 45%, 19% pour l’AMX et 13% pour le CTX. Le sérotype capsulaire a été déterminé pour 1821 souches. En 2009 les sérotypes du vaccin PCV13 représentaient 76% des IIPP et seulement 13% en 2021. Les sérotypes les plus fréquents dans les IIPP en 2021 étaient les sérotypes non-vaccinaux 24F (16%), 10A (11%) et 15B/C (9%). Parmi les souches de LCS, 7% étaient I+R au CTX appartenant dans 62% des cas aux sérotypes 19A et 19F. Parmi les souches d’HEM, 10% étaient I+R à l’AMX appartenant dans 70% des cas aux sérotypes 14, 19A et 19F. Au sein des sérotypes émergents en 2021 89% des souches 24F étaient I+R à la PEN et 75% des souches 11A étaient I+R au CTX.

 

Conclusion
Les variations de la distribution des sérotypes dans le temps soulignent l’importance de poursuivre la surveillance afin de dépister les évolutions dans la circulation des sérotypes, mais également de surveiller l’évolution de la résistance des souches aux antibiotiques. Cette surveillance est indispensable pour adapter la composition des futurs vaccins.

Mots cles
Observatoires Régionaux du Pneumocoque (ORP) ; CNR des Pneumocoques; pédiatrie, épidémiologie; résistance ; sérotype ; vaccin PCV13